32

Генетическая картина хазар и проблемы древней ДНК

В рамках международной конференции генетики в Москве «100 лет популяционной генетики человека» Татьяна Татаринова , профессор биоинформатики Университета Ла Верн США представила доклад про хазар.

В интервью PCR.News она рассказала о работе.

Интерес к хазарам у меня был давно. В 90-е годы я увлекалась Гумилевым. Хотя сейчас это считается дурным тоном, но мне Гумилев нравился: писал весело, а для человека, который далек от биологической науки, каким я была в 90-х, это звучало очень даже убедительно.

Тогда я прочитала про хазар, отложилось, что интересный народ, пришел ниоткуда, ушел в никуда.Потом мне попалась на рецензию статья, где авторы пытались доказать, что ашкенази-евреи произошли от хазар. Это была не совсем корректная работа.

5 лет назад Татьяна обратилась к археологу-полевику Владимиру Ключникову, который работает с историком-антропологом Еленой Батиевой непосредственно с захоронениями хазар. В состав команды входили и ростовский медицинский генетик Игорь Корниенко, а также А. Михеев из Окинавского Института Науки и Технологии

Мы совершенно точно знаем, что это — правящий хазарский класс, тетьки-дядьки с богатым погребением. У каждого индивидуальный курган, разные могилы вдоль Дона восьмого-десятого веков. Бывало, хоронили с лошадью, особенно богатым клали верблюда. Откуда верблюд в Ростове? Это все-таки знак статуса, они ж не бегают там как бездомные собаки.
Генетическая картина хазар и проблемы древней ДНК Хазары, Генетика, История, Хазарский каганат, Знать, ДНК, Популяционная генетика, Народ, Длиннопост

Оказалось, что у части скелетов осталась только бактериальная ДНК. Кости хранились в разных условиях — важно, где могила залегала, были ли грунтовые воды, замораживались ли и размораживались кости, могилы могли быть разграблены, кости могли вытаскивать дикие археологи - уровень контаминации (загрязнения) древней ДНК может доходить до 99,9%.

Контаминация от археолога будет на поверхности костей. А верхний слой убирается. Внутри есть посторонние бактерии, но не ДНК копавшего. Но может быть, например, ДНК человека, который неаккуратно очищал кость в лаборатории. И если это будут разные люди, мы увидим. Особенно хорошо, если на Окинаве (Япония( будут люди одной национальности, а в России — другой. У них будет разница по снипам, и ты можешь легко увидеть, кто это дело засорил. Или если кость девочкина — пусть мальчики делают. Было бы идеально, чтобы работали с костями азиатов, например, африканцы. Контаминацию от них было бы очень легко определить. Но где найти африканцев в Ростове?

То есть, Татьяна просит своих аспирантов и партнеров провести собственный анализ одного и того же образца, чтобы исключить возможность ошибки.

- Почему коммерческие платформы не подходят для анализа?

Коммерческие платформы хорошо работают в идеальных условиях. Когда у тебя есть идеальный геном и есть идеальный кусок, который идеально на этот геном ложится. Тогда тебе человек уже не нужен. Но древняя ДНК — вещь не идеальная. Она — вещь рваная и убитая. В ней есть куча ошибок. И как ее положить на геном?..
И еще проблема в том, что древняя ДНК фрагментирована и концы этих фрагментов ДНК испорченные... Изначально у нас туго заплетенная ДНК. Со временем ДНК рвется и портится, она на концах расплетенная и незащищенная. На этих концах цитозин деаминируется в урацил и читается как тимин. То есть количество переходов С в Т на концах большое.


На сегодняшний день команда готовит работу по 9 геномам хазар.

Анализ показал огромный азиатский вклад. Один образец тяготеет к арабскому миру, Один, скорее всего, смешанно азиатско-европейский. - В целом это смешение европейских(кавказских) и азиатских групп

Что же с теорией о евреях-ашкеназах? Кто-то из хазар вполне мог принять иудаизм. Но то, что в массе они не могли быть предками ашкенази-евреев — это точно. Они несли слишком большой азиатский компонент, этого компонента в современных ашкенази нет. Была статья несколько лет назад, исследователи выложили специфичные маркеры ашкенази-евреев. У хазар их нет. А если есть, то на уровне случая (для полноты картины нужны данные).. Хазары 400 лет командовали большим куском степи. Скорее всего, они захватили торговые пути и создали разным народам условия для торговли как в свободной экономической зоне. Так как кочевники жили в степях, то городам они не мешали

И вот еще: было 2 типа хазар - белые и черные, о чем писали арабские историки. Мы не знаем, что это значит. Может быть, это были блондины и брюнеты, может быть, подчиненные и хозяева, азиаты и европейцы. Какое-то расслоение хазарского общества по неизвестному признаку. А то, что мы видим по нашему генетическому анализу, по крайней мере по тем скелетам, которые мы смотрели, — это поздний хазарский период — мы видим более-менее гомогенизированное общество. Мы видим смесь европейских и азиатских геномов, они уже сильно перемешались. Интересно, что "тетки" из могил, хазарские принцессы, или, не знаю, как там они назывались, — больше монголоиды.

Хазарский воин. Рисунок Михаила Кристи.

Генетическая картина хазар и проблемы древней ДНК Хазары, Генетика, История, Хазарский каганат, Знать, ДНК, Популяционная генетика, Народ, Длиннопост

Какие народы в теории ближе к хазарам? Это юг Сибири, кочевой пояс. Нет ни одного народа, на который они были бы похожи идеально. Но примерно это якуты, буряты, кто-то похож на киргизов, на казахов... Большой сибирский набор.

Можно ли хоть что-то сказать про фенотип - тот же цвет глаз? Очень скудно, к сожалению. Там же фрагментированные ДНК и их мало. Поэтому про конкретный аллель сказать ничего нельзя.

Сколько стоит организация такой работы? Отсеквенировать весь человеческий геном стоит примерно 1 тысячу $. А для того, чтобы еле-еле секвенировать древний геном, нужно в несколько раз больше, 5–10 тысяч долларов.

Примечание: тест мужской линии сейчас стоит примерно 6-7 тысяч рублей, мужская и женская линии 13-20

Дубликаты не найдены

Похожие посты
430

Древнему королю из ирландской гробницы сделали ДНК-анализ

Ученые из Дублинского Тринити-колледжа исследовали древнюю гробницу Ньюгрейндж в ирландском графстве Мит и обнаружили там останки мужчины, скончавшегося пять тысяч лет назад. Кости сохранились достаточно хорошо, чтобы из них можно было извлечь пригодную для анализа ДНК. Результаты оказались весьма неожиданными. Оказалось, что родители покойного состояли в близком кровном родстве – возможно, приходились друг другу братом и сестрой.

Древнему королю из ирландской гробницы сделали ДНК-анализ Археология, Генетика, Ирландия, Инцест, Правители, История, Древний мир

Такие союзы в древнем обществе допускались только среди правящей элиты, на которую не распространялись привычные правила поведения. Близкородственные браки часто заключали правители инков и египетские фараоны. Ученые предположили, что ирландские короли стремились таким образом сохранить чистоту крови.

Очевидно, эта традиция уходит корнями в очень далекое прошлое – гробница Ньюгрейндж была построена раньше Стоунхенджа и Великих пирамид Гизы. Это каменное сооружение общим весом в 200 тысяч тонн. Но о народе, некогда построившем его, известно очень мало.

Авторы нового исследования решили проанализировать 44 генома древних жителей Ирландии. Среди них был и потомок кровосмесительной связи. Археологи отметили, что он был похоронен в самой богато украшенной камере, что еще раз указывает на его царственное происхождение.


Генетический анализ также указал на родственные связи между человеком из Ньюгрейнджа и древними людьми из гробниц по всей Ирландии, включая мега-кладбища Кэрроумор и Кэрроукил.


«Похоже, в Ирландии существовал некий многочисленный и могущественный семейный клан, членов которого хоронили в элитных гробницах в различных частях страны на протяжении, по меньшей мере, пятисот лет», – заключили авторы исследования.


Кроме того, генетики обнаружили самый ранний пример синдрома Дауна. Это отклонение выявили у мальчика, скончавшегося 5500 лет назад и похороненного в старейшем известном погребальном сооружении Ирландии – гробнице Poulnabrone portal.


В целом, исследование показало, что древние ирландцы были тесно связаны с племенами охотников и собирателей из Великобритании, но длительное время провели в изоляции – после завершения ледникового периода Ирландия оказалась со всех сторон окружена морем.


Источник : https://mir24-tv.turbopages.org/s/mir24.tv/news/16414440/dre...

Показать полностью
41

Пикты. Часть 2. Почётные враги римского народа

Пикты. Часть 2. Почётные враги римского народа Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Народ, Христианство, Длиннопост

Начало истории – здесь


Римская Британия


Римляне завоёвывали Британию сорок лет (43-83 годы). Вроде как завоевали.


Пикты сидели на краю земли, за которым только волны, и слушали рассказы многочисленных беженцев с юга. Римляне – жестокие и похотливые, алчные разнузданные дикари, для которых нет ничего святого.


В 82 году наместник Британии Гней Юлий Агрикола подчинил Нортумбрию и повёл свои легионы дальше на север.


В следующем, 83-м – битва у Граупийских гор (Mons Graupius). Несмотря на то, что армия пиктов представляла собой ополчение, причём разных племён, её командирам удалось организовать регулярный строй и реализовать некоторые тактические ходы.


Но римляне были сильнее и победили. Победили, объявили о полном и окончательном завоевании Острова и отвели войска на юг.

Пикты. Часть 2. Почётные враги римского народа Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Народ, Христианство, Длиннопост
Пикты. Часть 2. Почётные враги римского народа Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Народ, Христианство, Длиннопост

Вождь пиктов Калгак. Речь перед битвой


Агриколу вскоре отозвали в Рим. Чисто формально Каледония считалась римской территорией, но никто из римлян не рисковал там появляться.


Впрочем, история о полном уничтожении или даже исчезновении с концами Девятого легиона – преувеличение многократное, типа «Песни о Роланде». Ещё в 82-м пикты крепко наказали Девятый Испанский за отвратительное несение караульной службы, но до полного разгрома дело всё-таки не дошло.


В 123 году император Адриан вынужден был признать реальное положение вещей и обозначить чёткие границы Империи. Остатки Адрианова вала ещё и сейчас можно увидеть, он проходил от моря до моря в районе нынешних Ньюкасла и Карлайла.

Пикты. Часть 2. Почётные враги римского народа Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Народ, Христианство, Длиннопост

Вал Адриана


Через двадцать лет римляне решили урвать ещё кусочек. Построили вал Антонина, от Форта до Клайда. Но вскоре снова отвели войска за Адрианов вал.


Несколько раз римские императоры заявлялись в Британию и совершали походы в Каледонию. Вроде как победоносные, но без видимого эффекта.


Отряды пиктов регулярно проникали на территорию Римской Британии, невзирая на валы и сидящие на них легионы. Совершали прогулки по Нортумбрии (она тогда называлась Британией Младшей) и к своему стыду занимались грабежами.


Иногда этому предосудительному занятию пикты предавались в компании с искателями приключений из Ибернии (Ирландии). Считается, что именно римляне прозвали ибернийцев, грабивших их города, скоттами.


В конце 367 года пикты, скотты, аттакотты и саксы большими силами вторглись в Римскую Британию и дошли чуть ли не до Лондиния. Одновременно франки и тоже саксы вторглись в Римскую Галлию. Почти год все они бродили по римским провинциям, но закрепляться на этих территориях особо не пытались. То, что одновременное нападение было заранее подготовлено и тщательно скоординировано, сомнений не вызывает. Вполне вероятно, что в заговоре участвовали также и римские легионеры – подозрительно вовремя вспыхнуло восстание в гарнизонах Адрианова вала. Это происшествие называется, в зависимости от точки зрения, «Заговором Варваров» или «Великим Заговором».


Пикты со скоттами ещё долго терроризировали Римскую Британию, даже и после того, как она стала уже и не римской. Конечно, история о том, как в 445 году Вортигерн призвал ютов для защиты Британии от пиктов и скоттов, шита белыми нитками. Но если объективно, то расположившиеся (начиная с 500) в центре Британии воинственные англы заставили пиктов быть поскромнее.


Правда, потом именно пикты англов и окоротили. В 685-м англы понесли от пиктов тяжелейшее поражение в битве при Нехтансмере и потеряли свои лидирующие позиции на Острове. Если бы не Нехтансмер, нынешние жители Англии назывались бы не англосаксами, а просто англами да и вообще непонятно, как бы история повернулась.


Вообще средневековые пикты много разных битв выиграли – со скоттами, с бриттами, с теми же англами. Проиграли тоже. Но это тема не для статьи, и даже не для серии.


Христианство

Ещё святой Ниниан (360-432) достаточно успешно проповедовал христианство среди пиктов. Обращённые были, иначе кто бы церкви строил? А церкви строились.

Пикты. Часть 2. Почётные враги римского народа Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Народ, Христианство, Длиннопост

Святой Ниниан


Около двух сотен лет среди пиктов бытовала свобода вероисповедания, хочешь – будь христианином, хочешь – поклоняйся древним пиктским богам.


Где-то между 570 и 580 святой Колумба убедил Бриде, короля северных пиктов, самого могущественного и, вероятно, Верховного, сделать христианство государственной религией. С этих времён пикты – уже вполне настоящие христиане.


Настоящие, да не совсем.


Пока Рим и Константинополь вырабатывали принципы и символы веры, проповедники проповедовали. Проповедовали, ещё не зная, какие теории будут признаны ортодоксальными, а какие объявлены ересью. Вот и получилось так, что кельтская, а за ней и пиктская церкви разительно отличались от ортодоксальной католической. Это вызвало впоследствии множество проблем и многажды аукнулось.

Пикты. Часть 2. Почётные враги римского народа Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Народ, Христианство, Длиннопост

Святой Колумба

Пикты. Часть 2. Почётные враги римского народа Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Народ, Христианство, Длиннопост

Колумба и Бриде

Пикты. Часть 2. Почётные враги римского народа Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Народ, Христианство, Длиннопост

Во время переправы через реку Несс на людей Святого Колумбы напало ужасное чудовище, но Колумба посредством молитвы заставил монстра отступить


Великая Пиктавия

Римские историки называют двенадцать пиктских племён. Понятное дело, они могут ошибаться, племена могут соединяться и разделяться, уничтожаться и образовываться вновь. Так что, может, и не двенадцать. Но около того.


Иногда эти племена друг с другом воевали и земли соседей захватывали. Тем не менее, в общем и целом, было кое-что, их соединявшее. Среди вождей племён, а потом королей находился один, считавшийся главным или, по крайней мере, самым крутым. От начала времён (насколько позволяют заглянуть письменные источники) лидерами сообщества были северные пикты, каледонии и их потомки.


В конце VII века на первый план выходит королевство Фортри. Или Фортриу (не очень слышная безударная «у» в конце).


Территория Фортриу как-то у историков перемещается по карте, от Пертшира до Морэя, в зависимости от взглядов исследователя, есть такое дело. В исторической науке – случай обыденный. Фортриу – южные пикты или более-менее северные, или вообще переименованные каледонии – вопрос пока открытый. Хотя вот всё-таки королевский дворец, следы которого найдены в Фортевиоте, рядом с Пертом, – за южную версию.


Под эгидой Фортриу в конце VII века, практически сразу после победы при Нехтансмере в 685, начался (или резко усилился) процесс централизации. Пиктавия VIII века – сильное средневековое королевство, немаленькое – от моря до моря и от моря до Форта.

Понятное дело, становление государственности не обошлось без гражданской войны, которая началась в 724-м и продолжалась до 732-го, когда власть окончательно захватил хитрый и агрессивный Ангус мак Фергус. При нём и его преемниках Пиктавия (или Фортриу) всё росла и крепла. Пока викинги не появились.

Пикты. Часть 2. Почётные враги римского народа Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Народ, Христианство, Длиннопост

А что же скотты?


Да, скотты. Но о них – в следующей статье.


Продолжение следует

Показать полностью 8
34

Пикты. Часть 1. Загадочные воины древних времён

Пикты. Часть 1. Загадочные воины древних времён Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Загадки истории, Народ, Длиннопост

Кто такие пикты?


Сразу и отвечу: предки современных шотландцев.


Точно ли? Вроде как предками шотландцев должны быть скотты.


Ну да, скотты. Но и пикты тоже. А ещё бритты из племени вотадинов и бритты из королевства Алт Клут. Потомки норвежских викингов, осевшие на островах, Островах (в Королевстве Островов) и не только на островах. И ещё – фламандские ремесленники, которых тысячами вербовал король Дэвид I для заселения вновь основанных городов. Нормандские и бретонские рыцари, ставшие основателями, по меньшей мере, четверти шотландских кланов. Англы, оставшиеся в Лотиане после того, как эту область завоевал Индульф Агрессор.


Представители многих народов приложили руку к созданию шотландской нации. И не только руку. Но все упомянутые, включая скоттов, появились в этих краях во времена уже вполне исторические. А пикты – раньше.


О происхождении пиктов выдвинуты разные теории. Так они теориями и остаются.


Очень вероятно, что пикты – не кельты, а, может, даже и не индоевропейцы. А если и кельты, то ужасно дальние родственники своих соседей, бриттов и скоттов.


Точно неизвестно, как люди этого народа сами себя называли. Считается, что название «пикты» – латинское, данное римлянами. Римляне самоназвание исказили или сами придумали – непонятно. Имя, зафиксированное ирландскими летописцам раннего Средневековья, – «круитни». Встречается также название «притени».


Во всех случаях неизвестно, как приведённое в источнике название этого народа соотносится с самоназванием.

Пикты. Часть 1. Загадочные воины древних времён Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Загадки истории, Народ, Длиннопост

Как же всё-таки они себя называли?


Боюсь, что никак. По крайней мере, на первых порах.


На территории, ставшей впоследствии Пиктавией, обитало, как минимум, двенадцать родственных племён, и у каждого – своё название. А общего для всех – вроде как и не нужно.


Корнелий Тацит, зять полководца Агриколы, первым из римлян вторгшегося в земли пиктов, называет их каледониями. Но сам же замечает, что это только одно из племён, состав коалиции, противостоявшей римлянам – каледонии, меаты и другие.


Название «каледонии» – тоже вроде как латинское, но всё же маловероятно, чтобы Тацит его выдумал на пустом месте. Скорее всего, это искажённое (латинизированное) самоназвание и есть. Но, опять же, не всех пиктов скопом, а одного из племён.


Пикты были низкорослыми, они сражались голыми и раскрашенными.


Да, раскрашенными.


Ещё наша эра не начиналась, а Гай Юлий Цезарь уже отметил, что британские воины имеют обыкновение раскрашивать себе лицо перед сражением. Цезарь с пиктами не встречался, даже и с кондовыми бриттами не контактировал, только с относительно недавно переселившимися на Остров племенами белгов.


Получается, боевая раскраска была присуща большинству жителей тогдашней Британии. Чем пикты могли особенно выделяться в этом плане?


Тем, что кроме раскраски они наносили на лицо и тело ещё и татуировку? На это есть некие неясные намёки – «железом разрисованное лицо умирающего пикта». Конечно, пикту, смертельно раненому в сражении, могли лицо ещё как разрисовать – противники, в ходе битвы, мечами или копьями.


Ещё вариант. К началу IV века все бритты уже были в большей или меньшей степени римлянами и лица раскрашивать перестали. А независимые пикты продолжали. И латиняне их за это обзывали художниками – пикт. Можно даже в латынь не влезать, не утруждаться. Проще вывести название этого народа из современного английского picture – картинка. Но это в том случае, если надо именно проще и только проще.


Пикты сражались голыми.


Не в том смысле, конечно, чтобы вообще – сильно неудобно да и климат не способствует. Но, понятное дело, пиктский воин в штанах и рубахе – пусть бы даже в костюме и при галстуке – законно считался голым по сравнению с римским легионером в железном панцире или кольчуге.


Низкорослые пикты.


Археологи с антропологами раскопали несколько старых пиктских кладбищ и установили: средний рост взрослого мужчины – 170 сантиметров.


Действительно, не великаны. Могли быть и повыше. Но средний рост жителей Европы очень сильно менялся в разные периоды времени. Вот и пойми, 170 – много или мало.


А если довериться Тациту – пожалуйста – «высокий рост жителей Каледонии».


Ветераны, повоевавшие в Британии, рассказывали байки о голых (бездоспешных) разукрашенных пиктах, которым они своими мечами расцарапали лица, и которые, понятное дело, стояли гораздо ниже граждан Великого Рима. Летописцы записывали, переписывали, компилировали. Свою долю креатива вносили – чтобы интереснее.


Всё это позволило в 1588 художнику Теодору де Бри нарисовать пикта – полностью обнажённого, с телом, густо разрисованным высокохудожественными изображениями, подстриженного и причёсанного по последней парижской моде. Чтобы не скучно было, ещё и пиктскую женщину изобразил – тоже голую, раскрашенную цветочками и звёздочками да вдобавок ещё вооружённую.

Пикты. Часть 1. Загадочные воины древних времён Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Загадки истории, Народ, Длиннопост

Пикты по Теодору де Бри


Ниже - вариация на тему. Ещё круче. Ну вааще.

Пикты. Часть 1. Загадочные воины древних времён Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Загадки истории, Народ, Длиннопост

Пиктская принцесса из современного фильма хотя бы как-то на человека похожа. Хотя только похожа.

Пикты. Часть 1. Загадочные воины древних времён Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Загадки истории, Народ, Длиннопост

А вот пикты-реконструкторы. Это должно быть ближе к исторической правде.


С собачками

Пикты. Часть 1. Загадочные воины древних времён Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Загадки истории, Народ, Длиннопост
Пикты. Часть 1. Загадочные воины древних времён Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Загадки истории, Народ, Длиннопост
Пикты. Часть 1. Загадочные воины древних времён Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Загадки истории, Народ, Длиннопост

Увы мне, увы – реально, с предоставлением железных доказательств, опровергнуть мифы о пиктах невозможно. Как, впрочем, и любые другие мифы.


Сами пикты разъяснений на этот счёт не оставили. Писать-то они умели.


Но вот...


Использовали господа пикты огамическое письмо. Сложная штучка сама по себе. Сначала нужно обычное слово перевести на особый тайный язык и только потом его записать. Изящнее им так, видите ли, казалось. Со временем этот способ письма был модернизирован. Но не сказать, что в сторону упрощения, вихрь какой-тo получился.

Пикты. Часть 1. Загадочные воины древних времён Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Загадки истории, Народ, Длиннопост
Пикты. Часть 1. Загадочные воины древних времён Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Загадки истории, Народ, Длиннопост

Как пиктские правители при таком подходе рассчитывали достигнуть поголовной грамотности? Это знают только загадочные пиктские боги.


Или считали нормальным, что умение писать – только для жрецов и аристократов?


Понятным становится, почему все обнаруженные по сей момент записи на пиктском – совсем короткие. Они все высечены на каменных столбах для всеобщего обозрения. Два-три общеупотребительных слова народ ещё как-то сумеет прочитать, а больше и не надо.


Столбов таких с надписями найдено около сорока. Большинство из них щедро разукрашено рисунками или орнаментом, в дополнение – короткая фраза.

Пикты. Часть 1. Загадочные воины древних времён Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Загадки истории, Народ, Длиннопост
Пикты. Часть 1. Загадочные воины древних времён Пикты, Шотландия, История, Средневековье, Загадки истории, Народ, Длиннопост

Но самый знаменитый памятник пиктской письменности – всё же на бумаге. В том смысле, что до нас он дошёл уже в копии XIV века и на латыни. Всё равно.


Пиктская хроника. По большому счёту – список королей с небольшими комментариями. Начиная с V века и заканчивая Кеннетом II (правил в 971-995).


Кеннет уже назывался королём Албы, государства, в основном, гэльского, но почитал себя наследником и продолжателем дела пиктских королей. И прав был, однако.


Сведения Пиктской хроники подтверждаются другими источниками, по крайней мере, с VI века и дальше, так что она может считаться достоверным документом, а не собранием баек и легенд.


Такие вот они, пикты.


Но это не всё!


Продолжение следует

Показать полностью 11
964

Дореволюционный Туркестан

Смотрины жениха у казахов

Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост

Обряд сватовства у евреев Центральной Азии .

Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост
Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост
Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост

Узбечка 14 лет .

Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост

Еврей 60 лет .

Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост

Молодая Киргизка

Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост

Заводской склад в Чарджуе (Чарджоу)

Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост

Таджикские женщины за гаданием

Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост

Приготовление конопляного пива

Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост

Военный смотр в Бухаре .

Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост

Дервиши на базаре в Ташкенте .

Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост

Соколиная охота (состязание ловчих птиц ) .Среди участников — сокольничие хивинского хана.

Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост

Девочка из Ташкента играет на музыкальном инструменте.

Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост

Индийцы в Ташкенте .

Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост
Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост

Три жены одного киргиза

Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост

Базар в Самарканде

Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост
Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост

Еврейка, 22 года. Зеравшанский округ

Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост

Индус, 20 лет. Зеравшанский округ

Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост

Афганец, 18 лет. Зеравшанский округ

Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост

Кураминка, 19 лет. Ташкент

Дореволюционный Туркестан  Этнография, Туркестанская область, Народ, Люди, Фотография, История, Российская империя, 19-20 век, Длиннопост

Источники : https://m.russiainphoto.ru/search/years-1840-1918/?query=Тур...

https://author.today/post/54862?c=2434311&th=2434090

https://www.wdl.org/ru/item/3934/

https://foto-history.livejournal.com/4965489.html

https://foto-history.livejournal.com/5432090.html

https://foto-history.livejournal.com/5465918.html

https://humus.livejournal.com/5850169.html

https://rus-turk.livejournal.com/tag/.Британская Индия

https://limon.kg/news:65549

https://krsk.au.ru/11388890/

https://pastvu.com/p/659290

https://grazy-gunner.livejournal.com/3288197.html

https://grizzly-bag.livejournal.com/514455.html

https://humus-livejournal-com.turbopages.org/s/humus.livejou...

Показать полностью 21
50

Хан Аспарух

Хан Аспарух Хан, Болгария, Болгары, Хазары, История, Средневековье

Присекин С.Н. Да будет здесь земля Болгария. Хан Аспарух.


Аспару́х (болг. Аспарух, также Исперих, Есперих, Испор, Еспор, Есперерих, Аспар-хрук) (ок.640—701) — хан болгар из династии Дуло. Аспарух был третьим сын хана Великой Булгарии Кубрата (государства между Волгой и Доном). После его смерти в 665 году унаследовал часть булгарской орды, а именно племя оногондуров, и был вынужден вести войну с хазарами, которые воспользовались ослаблением болгар вследствие раздела.

Булгарская орда была разделена между пятью сыновьями Кубрата. Аспарух понимал, что его ослабленный разделением народ нуждается в людских ресурсах. Такую поддержку он нашёл за Дунаем, в славянских племенах на территории Фракии, Валахии и прилежащих к ним землям около Чёрного моря. Брат Аспаруха Котраг откочевал на север и основал другую Булгарию между Волгой и Камой.

После завоевания Добруджи у Византии в 679 году Аспарух основал Первое Болгарское царство. Между болгарами и славянами был заключен союз — славяне в битве с Византией выступили пехотой, болгары как конное войско. После тщетных попыток византийского императора Константина IV покорить болгарские земли, он признал Болгарское царство в 681 году. В Болгарском государстве протоболгары в начале исполняли воинские обязанности, а славяне в начале осуществляли бытовую деятельность. Тем самым опираясь на поддержку славян внутри государства, Аспарух с протоболгарами мог успешно воевать с хазарами на востоке и с Византией на юге.

Предводитель болгар пал в неравной схватке в сражении против хазар. Произошло это приблизительно в 701 году. Первое Болгарское царство просуществовало до XI в.

К концу IX в. в социальном и государственном строе Болгарии произошли серьезные изменения: болгары были ассимилированы славянами, сформировалась феодальная знать (боляре), главным органом центрального управления стал «Совет великих боляр», было принято христианство (865), власть на местах сосредоточилась в руках воевод. В конце IX века официальным алфавитом в Болгарии стала кириллица.

Показать полностью
122

Выбор веры у хазар

Выбор веры у хазар Хазарский каганат, Хазары, История, Иудаизм, Арабы, Византия, Длиннопост

Историк Владимир Петрухин о соперничестве Хазарии с Византией, арабо-хазарских войнах и положении иудеев


Пожалуй, первой страной, которая должна была заняться этим «выбором веры», выбором языка, на котором она должна разговаривать с миром цивилизации, в пределах нынешней Российской Федерации оказалась Хазария — та Хазария, которая объединяла Северный Кавказ, причерноморские степи, чьи владения доходили до Среднего Днепра, до нынешнего киевского Поднепровья на Украине и почти до Подмосковья, до Оки в верховьях Воронежа. Большая страна, которую объединяла довольно сильная тюркоязычная элита. Хазары появились где то в VI веке н.э. в районе Северного Кавказа, скорее всего в предгорном Дагестане, к северу от Каспийских ворот и Дербента. Одним из первых — в середине VI века — о хазарах упоминает хронист Захария Ритор. По его сведениям, хазары были кочевниками, которых тогда традиционно относили к гуннам, потрясшим в IV-V веках всю Евразию.

В действительности же хазары были одним из небольших тюркоязычных народов и, видимо, подчинялись поначалу власти тюркского кагана, владыки огромной степной “кочевой” империи, зародившейся на просторах Центральной Азии. Благодаря своему строю, кочевники-тюрки были в состоянии быстро организовать огромную мобильную армию, в результате чего контролировали колоссальные территории, претендуя на дань, которую они брали как с Китая, так и с Ирана. Кроме того, каганат активно вмешивался в отношения между Ираном и Византией. В конце концов, дело дошло до того, что тюрки стали претендовать на контроль над Боспором. Вот в составе этой империи и развивались хазары, которые поначалу ничем не были знамениты.

Однако когда распалась Тюркская империя, хазары оказались свободными от своих обязательств в отношении к центральной власти. Кроме того, во главе хазар скорее всего встал предводитель из аристократического тюркского рода Ашина, из которого, по всей видимости, мог происходить и тюркский каган. Как мы знаем, каган — титул, который приравнивался в раннем Средневековье к императорскому, то есть это был правитель, который правил не одним племенным объединением и не одной страной, а многими народами. Вот этот самый каган и возглавил хазар в предгорьях и степях Дагестана.

Местоположение его орды было чрезвычайно выгодным. Рядом был проход в Закавказье с его богатейшими провинциями, степи и горные пастбища, где можно было спокойно пасти скот, что было немаловажным для кочевников. Наконец, неподалеку обитали народы, которые давно уже владели не только искусством земледелия, но и искусством строительства крепостей. В основном это были аланы, обитавшие на западе Северного Кавказа. Впоследствии хазары заключили с аланами прочный союз, сохранявшийся на протяжении почти всей истории Хазарского каганата... В общем, воспользовавшись своим положением, выгодным как экономически, так и географически, хазары продолжили ту экспансию, в которой они участвовали, будучи еще подданными тюркского кагана, и оказались в состоянии не только влиять на внутреннее положение дел в Закавказье, потеснив там Сасанидский Иран, но и опять-таки вмешиваться в постоянные распри Ирана и Византии. Одним из важнейших стратегических пунктов для каганата стало Северное Причерноморье.

В первой трети VII века эту территорию контролировала Болгарская Орда. Болгары были такими же кочевниками, как и хазары, об этом говорят даже их созвучные тюркские имена. Уже к середине VII века болгары были разгромлены, и часть орды во главе с Аспарухом по разрешению Византии переселилась на территорию нынешней Болгарии. Другая же часть ушла в междуречье Волги и Камы, где образовала Волжскую Булгарию, знаменитое раннесредневековое государство, просуществовавшее до XIII века и павшее под ударами войск Чингисхана. Но, тем не менее, большая часть болгар осталась на прежних кочевьях, влившись в состав победившего их народа. Так, в войнах, прошел VII век, в ходе которого хазарам удалось овладеть Боспором и даже угрожать Херсонесу. В результате этой экспансии и возник Хазарский каганат, и надо сказать, что каган действительно соответствовал этому имперскому титулу.

Тюркоязычные кочевники всегда были сильны тем, как и все кочевники, что они хорошо организованы, без этого невозможно заниматься кочевым скотоводством: у тебя угонят скот или просто его перебьют, и твой народ погибнет. Надо было иметь мощную военизированную культуру, чем славились кочевники, в том числе и хазары, которые поначалу воевали, пытались добыть мечом то, что не удавалось добыть трудом или наукой. Но в конце концов хазары оказались в сложном положении, ибо помимо Византии, с которой приходилось иметь дело в Причерноморье, в том же Крыму, — все это вечные горячие точки российской истории: Северный Кавказ, Крым, нынешняя Украина вплоть до Киева. Левобережная Украина входила в состав Хазарии, на правом берегу расселялись независимые от хазар славянские племена. Но, так или иначе, хазарам приходилось иметь дело с христианской Византией, приходилось договариваться, хотя и хотелось просто отнять то, что было в Крыму, что издревле, со времен Геродота, принадлежало грекам, основному населению Византии. Может быть, хазары бы и справились с этим, но всегда на одного такого агрессора во всемирной истории находится другой, посильнее.

Вскоре после ряда удачных завоеваний хазары столкнулись в Закавказье с хищником пострашнее и посильнее, чем этот в общем-то рядовой тюркоязычный народ. В этот период арабы под зеленым знаменем пророка Мухаммеда начали священную войну, стремясь обратить в истинную веру язычников и потеснить христиан, в первую очередь Византию. Они вторглись в Закавказье, где и столкнулись с хазарами. Хазары были хорошими воинами: арабы обладали мощной экономической базой, имели богатый опыт боевых действий и регулярную армию, но смогли справиться с хазарами только в первой трети уже VIII века. Это произошло после того, как армию мусульман возглавил великий полководец и будущий халиф Мерван. Ему удалось разгромить войска каганата, ворваться в его северокавказские земли и захватить столицу — Семендер. Хазарский каганат потерпел сокрушительное поражение. Хазарский правитель, который именовался каганом, ханом ханов, — у него было много народов в подчинении, поэтому он был почти что равным императору, — бежал в дельту Волги, где найти его было невозможно, потому что в этих 70 ериках Волги можно погубить не одну армию, пока будешь искать там своего противника. А арабы вышли в степь и увидели, что ничего здесь сделать нельзя, но хазары вынуждены были все-таки говорить с ними о мире.

Чтобы договориться с арабами, которые вели священную войну, нужно было принять их веру, иначе они бы не поняли, о чем вообще идет речь.

Язычник, если он не поклоняется единому богу, — а хазары были язычниками, поклонялись многим племенным богам — с ним нельзя договариваться, ведь он поклоняется бесам. Боги язычников считались бесами у всех носителей монотеистических религий. Так что пришлось кагану принять ислам — об этом сообщают арабские авторы, правда, поздние. И что там было — это одна из загадок нашей истории, да и всемирной истории тоже, потому что, как выяснилось через некоторое время, никакого ислама хазарский каган не принимал, а должен был дальше договариваться с арабами и византийцами-христианами о том, как он будет жить между двух огней, между довольно агрессивными, по-прежнему ведущими священную войну арабами и греками, которые не хотели делиться с хазарами своими причерноморскими владениями. Так что надо было заниматься тем, чем пришлось заниматься многим правителям нашей страны, — выбирать веру, с кем ты будешь.

Можно было, конечно, быть с арабами и даже воевать с греками на стороне арабов или же со своими же близкородственными тюрками, которые обретались в степях Северной Евразии. Но этого, конечно, кагану делать не хотелось, ему хотелось мира, договориться со всеми и получать выгоду ото всех.

Поэтому каган пошел на поразительный выбор веры, который до сих пор вызывает недоверие у историков, — он выбрал веру иудеев. Как только он заявил, что склоняется к вере иудеев, к нему прибыли посольства и от арабов-мусульман, и от греков-христиан, которые сказали, что он безумен, ибо иудеи повсюду гонимый народ, и сам он, если примет их веру, станет гонимым, почитаемым за раба, а не за равноправного правителя. Тогда каган пошел на хитрость — документы сохранили этот исторический анекдот. Сначала он вызвал муфтия, специалиста в области мусульманского канона, и спросил у него, объяснивши ему тет-а-тет, что он, конечно, склоняется к исламу, но все-таки какая вера более истинна: вера иудеев или вера христиан? Муфтий ответил, что, конечно же, вера иудеев более истинна, потому что сам Мухаммед — один из пророков, который продолжил пророчества иудейских ветхозаветных пророков. Тогда каган вызвал к себе христианина и спросил, какую веру тот считает более истинной, чтобы он мог спокойно принять христианство. Христианин сказал, что, конечно, более истинной он считает веру иудеев, но не веру мусульман, потому что мусульмане — враги Византии, Мухаммед, с точки зрения христиан, — лжепророк, так что, конечно, иудейская религия была лучше.

Спорящие, конкурирующие партии, таким образом, единодушно признали, что иудейская религия — лучший выбор. Каган сохранил свою приверженность иудаизму. Это было не случайно, иудеев признавали и христиане, и мусульмане как носителей Священного Писания и верящих в единого бога, они не были язычниками, они

были «людьми Книги», Священного Писания. Поэтому они имели свои права — ограниченные, но защищаемые законом права и в мусульманском Арабском халифате, и в Византии. Так что понятно, что нужно было сделать кагану. И здесь можно считать, что он повел себя как хитрец, но вполне оправданно.

Думали, что это исторический анекдот и что доверять ему невозможно. Но не так давно археологи нашли довольно далеко от Хазарии, на острове Готланд клад восточных арабских монет, которые, как только хазары заключили мир с арабами, хлынули потоком в Восточную Европу и дошли до Скандинавии. В этом кладе были обнаружены монеты, где арабским куфическим шрифтом была выбита легенда «Муса расул Алла» — «Моисей — пророк Аллаха». Это была очередная хитрость хазарского кагана, который демонстрировал свою приверженность законам Моисея и при этом не собирался вступать в конфликт с арабами. Эта монета должна была ходить на международных рынках, поэтому он и пошел на хитрость: арабскими буквами он заявил о приверженности законам Моисея. Арабы не могли ничего возразить, потому что Моисей с точки зрения Корана — один из пророков, Мухаммед — наследник его пророчеств.

Так что так история подтверждает справедливость древних исторических документов, которые вызывали сомнение у историков.


Владимир Петрухин

доктор исторических наук, профессор кафедры истории России средневековья и раннего нового времени факультета архивного дела Историко-архивного института РГГУ, ведущий научный сотрудник Института славяноведения РАН

Показать полностью
840

О генетических тестах и расшифровке вашего ДНК. Для тех, кто хочет узнать о себе больше и сэкономить

UPD к посту есть вопросы: #comment_163870237

_____________

Случилось так, что прошлом году я озаботился вопросом своего происхождения и решил сделать расшифровку своего ДНК через сервис MyHeritage.com.


От заказа набора по сбору ДНК до момента его расшифровки прошло около 2 месяцев. В этот срок входит доставка пакета из США - 2 недели, доставка пакета из Москвы в США - 10 дней, 2 недели на расшифровку ДНК в лаборатории и еще 7-10 дней у меня заняло дойти до почты, собрать образец и отправить его обратно. Возможно, у вас это выйдет немного быстрее. Кстати, проблем с отправкой образцов слюны по почте не возникло никаких, вопросов со стороны сотрудников не было.

Важный UPD. На текущий момент (14.03.2020) ни сайт MyHeritage.com, ни сайт 23andme.com не отправляют наборы по сбору ДНК в Россию. Скорее всего, это случилось после обращения депутата Госдумы РФ от Единой России в Генпрокуратуру. https://www.kommersant.ru/doc/4277236, статья от 5.03.2020.

О генетических тестах и расшифровке вашего ДНК. Для тех, кто хочет узнать о себе больше и сэкономить ДНК, Днк-Тест, Днк-Генеалогия, Здоровье, Генетика, Медицинская генетика, Длиннопост

В итоге, за 74 доллара я получил расшифровку своего ДНК и анализ происхождения. Из полученного анализа я узнал, что я на 55,7% Прибалт, на 35,1% Восточноевропеец и на 2,4% Ашкеназский еврей (таки да). А также, что из 3000 найденных людей с совпадениями по ДНК, 800 человек проживает в США (скорее всего потому, что там делается наибольшее количество тестов).

UPD 2. Полученные данные по происхождению, похоже, сомнительны. Ссылку на отличный разбор алгоритмов, применяемых в ходе подобных тестов предоставил в ходе нашего спора пикабушник @Jockel, за что ему большое спасибо. https://biomolecula.ru/articles/samaia-bolshaia-semia

О генетических тестах и расшифровке вашего ДНК. Для тех, кто хочет узнать о себе больше и сэкономить ДНК, Днк-Тест, Днк-Генеалогия, Здоровье, Генетика, Медицинская генетика, Длиннопост

https://www.23andme.com/, кстати, берет за это подобное исследование - 199$.


На этом я тогда и остановился, так как дополнительная расшифровка по здоровью стоила еще баксов 70, а большого смысла я ней не видел.


Но недавно российский конкурент MyHeritage и 23andMe, компания Genotek, запустила акцию, в рамках которой, можно загрузить на их сайт данные расшифровки своего ДНК и получить информацию по нескольким разделам - здоровье, питание и характер по очень вкусной цене - 2495 рублей за раздел, что по нынешним временам составляет ~35$. Это при том, что обычно Genotek гораздо более жадные и за расшифровку каждого раздела берут по 9995 рублей.

О генетических тестах и расшифровке вашего ДНК. Для тех, кто хочет узнать о себе больше и сэкономить ДНК, Днк-Тест, Днк-Генеалогия, Здоровье, Генетика, Медицинская генетика, Длиннопост
О генетических тестах и расшифровке вашего ДНК. Для тех, кто хочет узнать о себе больше и сэкономить ДНК, Днк-Тест, Днк-Генеалогия, Здоровье, Генетика, Медицинская генетика, Длиннопост

Данные уже расшифрованного ДНК легко сгружаются в формате .csv из вашего личного кабинета MyHeritage, расшифровка на сайте Genotek занимает немногим менее суток

И вуаля, меньше чем за 100$ (с учетом текущих скидок у MyHeritage) вы получаете и анализ происхождения и анализ генетических рисков по 123 заболеваниям.

О генетических тестах и расшифровке вашего ДНК. Для тех, кто хочет узнать о себе больше и сэкономить ДНК, Днк-Тест, Днк-Генеалогия, Здоровье, Генетика, Медицинская генетика, Длиннопост

Примерно такой же анализ на MyHeritage стоит сейчас в районе 60$ и гораздо менее информативен, но более интересен тем, кто хочет проверить себя на наличие наследственных передающихся заболеваний типа муковисцидоза или болезни Канавана.

О генетических тестах и расшифровке вашего ДНК. Для тех, кто хочет узнать о себе больше и сэкономить ДНК, Днк-Тест, Днк-Генеалогия, Здоровье, Генетика, Медицинская генетика, Длиннопост

Данные, как тот или иной вариант гена влияет на здоровье, Genotek берут в том числе с сайта https://www.snpedia.com, это такая Википедия по человеческому геному, с выводами и предположениями по генам, основанными на опубликованных научных работах (зарубежных в основном), там вообще много интересной информации в открытом доступе, для тех, кому интересно.

О генетических тестах и расшифровке вашего ДНК. Для тех, кто хочет узнать о себе больше и сэкономить ДНК, Днк-Тест, Днк-Генеалогия, Здоровье, Генетика, Медицинская генетика, Длиннопост

Но все это меркнет по сравнению с тем, какую бездну информации по вашему ДНК (у меня около 20 тыс записей) выдает сайт https://promethease.com, где в формате удобного кастомизируемого отчета можно увидеть описания различных генов и их вариантов как с сайта https://www.snpedia.com, так и открытые данные из базы 23andme.


Анализ уже расшифрованного ДНК с сайтов 23andme, MyHeritage и тд стоит у них всего 12$.


В отчете можно обнаружить какие-то базовые вещи - вроде цвета кожи и глаз, так и предрасположенности к заболеваниям типа рака или диабета. Также есть и совсем интересные вещи типа гена чувствительности к кислому вкусу, которая нормализуется с возрастом или, что стало для меня неожиданностью - вариант сочетания 5 генов, при котором достигается в 2,5 раза более эффективный сброс веса с помощью диеты с низким содержанием жиров (а не углеводов, как рекомендуют практически все фитнес-тренеры).

О генетических тестах и расшифровке вашего ДНК. Для тех, кто хочет узнать о себе больше и сэкономить ДНК, Днк-Тест, Днк-Генеалогия, Здоровье, Генетика, Медицинская генетика, Длиннопост
О генетических тестах и расшифровке вашего ДНК. Для тех, кто хочет узнать о себе больше и сэкономить ДНК, Днк-Тест, Днк-Генеалогия, Здоровье, Генетика, Медицинская генетика, Длиннопост

Рекомендую сразу скачать отчет от https://promethease.com себе на компьютер и запускать его в отдельном браузере, так как может время отклика может сильно увеличиться


Кто хочет тотально погрузиться в тему расшифровки ДНК вот https://isogg.org/wiki/Wiki_Welcome_Page целая база ресурсов по этой области знаний


Для меня это был полезный опыт, я обнаружил несколько рисков, которые буду еще дополнительно проверять - в тч низкая усвояемость железа (в связи с чем пониженный гемоглобин), повышенная чувствительность к кофеину а также информация по правильной диете с низким содержанием жиров.


Все вышеописанное - результат моего личного опыта и ни в коем случае не реклама, скорее полезный контент для интересующихся.


Для ЛЛ.

Расшифровку своего ДНК, анализ происхождения и генетические риски по здоровью можно осуществить примерно за 2 месяца времени и с бюджетом от 80$ через расшифровку ДНК на сайте MyHeritage (59$ сейчас) и дальнейший подробный анализ на сайтах компании Genotek (по 35$ за отчет) (если мало времени и не владеете английским) и https://promethease.com (12$ за отчет, гораздо больше информации и интересных моментов, но только на английском). Так что если вы давно об этом задумывались, но до сих пор не решались - сейчас отличный момент для этого.


Отдельная благодарность за пост Как я плевал в банку, чтобы познать себя камраду @gdemoyaboroda, который разбирал вопросы расшифровки ДНК гораздо более подробно, и где я и обнаружил в том числе информацию по https://promethease.com и по https://isogg.org/


Скрины мои, фотографии набора MyHeritage и схема по определению лучшей диеты и графика упражнений - взяты из интернета.

Итоговый UPD. В ходе дискуссии со специалистами в комментариях выяснилось следующее.


1. Проводимое компаниями типа MyHeritage, 23andMe, Генотек и тд генетическое тестирование затрагивает только 0,1% вашей ДНК (примерно 600 тыс генетических вариантов). Полученные в результате данные научно не достоверны, так как далеко не факт, что эти компании изучают важные участки генома. Практически полная расшифровка ДНК (95%) называется расшифровкой генома (590 миллионов генетических вариантов) и стоит гораздо дороже. Полную расшифровку генома в коммерческих целях не делают еще никому.


2. Полученные данные по вашему происхождению, похоже, сомнительны. Ссылку на отличный разбор алгоритмов, применяемых в ходе подобных тестов предоставил в ходе нашего спора пикабушник @Jockel, за что ему большое спасибо. https://biomolecula.ru/articles/samaia-bolshaia-semia.


3. Все общедоступные тесты, в данном случае и в наше время, пока что еще являются обычной профанацией. Да, они дают некоторое представление о потенциальных группах риска, но только и всего.


4. Исследования на конкретные предрасположенности к заболеваниям и наследственные заболевания пока еще стоят дорого. Примеры

https://www.kdlolymp.kz/pricelist/petropavlovsk

https://genetico.ru/prices?id=124


5. Открытые базы данных генетических вариантов SNPedia и https://promethease.com НЕ ЯВЛЯЮТСЯ достоверным источником информации, правильно соотнести полученные генетические варианты с их интерпретацией не представляется возможным.


6. Более достоверные открытые базы данных для изучения генетических вариантов - это ncbi, ensembl, genecards, geneontology, www.lrg-sequence.org - в них можно смотреть без биологического образования, но с хорошим английским и консультацией грамотного специалиста.


Итоговые выводы: Данные генетические тесты можно использовать только в развлекательно-познавательных целях, если не жалко денег. Для медицински достоверных результатов пока еще нужно идти в клиники и делать исследования на отдельные заболевания и панели. Можно сделать частичную расшифровку генома, но это будет гораздо дороже генетического теста и потом вам все равно придется дополнительно платить за интерпретацию данных в сторонних клиниках.


А пока ждем дальнейшего удешевления секвенирования и развития новых методов ускоренной генетической диагностики.

Показать полностью 8
55

Сложная популяционная история и модели примеси в роду людей. Неандертальцы, денисовцы, эректусы и др

Примесь является доминирующей в формировании моделей генетической изменчивости. А сравнение последовательностей геномов древних и современных людей зафиксировало многочисленные случаи скрещивания, включая поток генов от неандертальцев и денисовцев, а также от ранних современных людей к неандертальцам. Тем не менее, относительно редкие находки и трудности с получением древней ДНК затрудняют анализ вклада древних популяций в генетическое разнообразие людей. Но тут на помощь приходят новые методы, которые позволяют определять древние примеси, и с каждым годом эти методы становятся всё точнее.

В этой статье собраны некоторые самые новые данные из работ этого года. Речь пойдёт как об анатомически современных людях из относительно недавнего прошлого из Западной Африки, так и о неандертальцах, денисовцах и их предках со странным названием - неандерсовцы, которые в свою очередь смешивались с более древней популяцией, вероятно эректусов, заселившей Евразию 1,9 млн лет назад.

Начну с менее далёкого прошлого.

Сразу отмечу, что многие люди, часто делают одну и ту же ошибку, неверно представляя себе климат в прошлом и Африка не исключение. В качестве примера можно привести, новые данные, полученные благодаря анализу фауны возрастом от 10200 до 4650 лет из пещеры Такаркори в пустыне Сахара на территории Ливии. Где были обнаружены останки рыб, таких как цихлиды и сомообразные, а также животных, которых употребляли в пищу обитатели пещеры.

Сложная популяционная история и модели примеси в роду людей. Неандертальцы, денисовцы, эректусы и др Наука, Антропогенез, Эволюция, Генетика, Происхождение человека, Видео, Длиннопост, ДНК, Гифка

Поэтому представляя регионы Африки стоит делать поправку на разницу в климате в разные периоды, ведь некоторые регионы когда-то были влажными и богатыми как водой, так и жизнью, о чём свидетельствуют находки многочисленных поселений людей и разнообразия фауны.


Древние западноафриканские охотники и собиратели в контексте истории африканского населения


В работе, опубликованной в феврале этого года, авторы приводят данные ДНК всего генома четырех детей возрастом от 8000 до 3000 лет из пещеры Шум Лака в Камеруне, одного из самых ранних известных археологических памятников в пределах вероятной родины языковой группы банту — бенуэ-конголезской семьи. Хотя всего было проанализировано 18 человек, ДНК только 3-х мальчиков от 4 до 15 лет и одной девочки 4-х лет, оказалась пригодной для дальнейших анализов. В любом случае это первые геномы с этой территории.

Сложная популяционная история и модели примеси в роду людей. Неандертальцы, денисовцы, эректусы и др Наука, Антропогенез, Эволюция, Генетика, Происхождение человека, Видео, Длиннопост, ДНК, Гифка

У более древних ребят была гаплогруппа мтДНК L0a2a1, довольно распространённая в Африке и гаплогруппы Y-хромосомы В и A00. Гаплогруппа В распространена у современных охотников и собирателей Центральной Африки, а A00, является древнейшей линией, которая появилась от 200 до 300 тыс. лет назад.

Результаты анализов показали, что современные охотники и собиратели не являются потомками популяции, чьи представители захоронены в пещере Шум Лака, как и большинство современных носителей языков банту. Представители Шум Лака генетически ближе к носителям грассфилдской группы бантоидных языков. И они проживали в регионе, как минимум 5 тыс. лет, после чего были заменены разнородными группами людей, чьи потомки и населяют эти территории в настоящее время.

Сложная популяционная история и модели примеси в роду людей. Неандертальцы, денисовцы, эректусы и др Наука, Антропогенез, Эволюция, Генетика, Происхождение человека, Видео, Длиннопост, ДНК, Гифка

Были определены 3 основных центра разветвления популяций с 4 отдельными линиями, которые проще воспринимать на графике. Стоит отметить, что узловые точки не означают одновременное расхождение и последовательность, а лишь схематически обозначают относительно небольшой интервал времени.

Сложная популяционная история и модели примеси в роду людей. Неандертальцы, денисовцы, эректусы и др Наука, Антропогенез, Эволюция, Генетика, Происхождение человека, Видео, Длиннопост, ДНК, Гифка

Ключевыми моментами являются:


1. Раннее разделение людей на популяции, связанные с центральноафриканскими охотниками-собирателями около 300-200 тыс. лет назад (черный цвет), на южноафриканских охотников-собирателей около 250-200 тыс. лет назад (красный цвет), на другие популяции современных людей (оранжевый цвет), и на неизвестную популяцию, по которой нет данных (голубой). Линия, связанная с центральноафриканскими охотниками-собирателями в свою очередь делится на восточную и западную, а последняя и ведёт к представителям Шум Лака.


2. В этом узле происходит разделение на базальную западноафриканскую линию (зелёный цвет), на популяцию людей, которые в последствии вышли за пределы Африки (желтый), на восточноафриканских скотоводов-земледельцев (сиреневый), и на популяцию, связанную с обитателем эфиопской пещеры Мота, возрастом 4500 лет. Выделение популяции, связанной со всеми неафриканцами, произошло между 80 и 70 тыс. лет назад. Что согласуется с филогеографией мтДНК-в частности, с выделением гаплогруппы L3, которая, вероятно, возникла в Восточной Африке около 70 000 лет назад. А также согласуется с выделением гаплогруппы Y-хромосомы CT в тот же период. Эти мутации присутствуют во всех современных мужских линиях человека, за исключением A и B-M60.


3. Узел связан с расширением родословной, связанной с носителями языков банту.


В целом результаты подтверждают недавние аргументы генетиков и археологов по поводу того, что происхождение человека в Африке могло включать глубоко расходящиеся, географически разделенные популяции. Но также стоит отметить наличие в районе расхождения с неандертальцами ещё одной неизвестной предковой линии людей.


Выявление и интерпретация явной неандертальской родословной у африканцев


Суть этого исследования заключается в описании новой методики, которая позволяет обнаружить древние примеси в геномах современных людей. Самым интересным было обнаружение 0.3% неандертальского генома у африканцев.

Сложная популяционная история и модели примеси в роду людей. Неандертальцы, денисовцы, эректусы и др Наука, Антропогенез, Эволюция, Генетика, Происхождение человека, Видео, Длиннопост, ДНК, Гифка

Хотя ранее считалось, что примесь неандертальцев есть только у неафриканских популяций, около 2%. Примечательно, что некоторые из обнаруженных гаплотипов связаны с реакцией на ультрафиолет. Но ведь африканцы не могли встречаться с неандертальцами. Также 94% неандертальской примеси у африканцев присутствует и у людей за пределами Африки. Результаты дополнительных исследований показали, что имела место обратная миграция в Африку, людей уже с неандертальской примесью. Но также, в меньшей степени, была примесь от сапиенсов к неандертальцам до того, как современные люди вышли из Африки. Также новый метод показал, что следов неандертальцев у азиатских популяций больше всего на 8% чем у европейских, хотя ранее считали, что эта разница составляет 20%.

В целом метод довольно интересный, но он работает только в случае с поиском генетического вклада известных древних популяций, чей геном уже секвенирован.

Но в следующей работе, опубликованной, менее чем через 2 недели, после вышеописанной, для определения уже использовался метод, при помощи которого можно идентифицировать сегменты ДНК древнего происхождения без наличия секвенированного образца генома их носителей.


Восстановление сигналов неизвестной древней примеси в африканских популяциях


В этой работе исследователи предоставили дополнительные линии доказательств архаичной примеси в четырех популяциях Западной Африки. Эти популяции представлены народом Ишан из Южной Нигерии, населением Гамбии, народностью менде в Сьерра-Леоне и группой родственных народов йоруба из Нигерии. Анализ показал, что эти популяции получили от 2 до 19% своего генетического происхождения от древней популяции, которая происходит от общей линии до разделения неандертальцев и современных людей.

Сложная популяционная история и модели примеси в роду людей. Неандертальцы, денисовцы, эректусы и др Наука, Антропогенез, Эволюция, Генетика, Происхождение человека, Видео, Длиннопост, ДНК, Гифка

А также этот вклад был обнаружен и у европейских популяций, что подтверждает время примеси до выхода анатомически современных людей из Африки. Используя метод, который может идентифицировать сегменты древнего происхождения без необходимости ссылаться на секвенированные древние геномы, авторы построили карты геномного происхождения перечисленных ранее популяций. Их анализ и выявил сегменты неизвестного древнего происхождения с высокой частотой.

Сложная популяционная история и модели примеси в роду людей. Неандертальцы, денисовцы, эректусы и др Наука, Антропогенез, Эволюция, Генетика, Происхождение человека, Видео, Длиннопост, ДНК, Гифка

Результаты показывают существенный вклад древнего происхождения в формирование генофонда современных западноафриканских популяций. Но на графике примесь от древней популяции была перед выходом людей из Африки.

Сложная популяционная история и модели примеси в роду людей. Неандертальцы, денисовцы, эректусы и др Наука, Антропогенез, Эволюция, Генетика, Происхождение человека, Видео, Длиннопост, ДНК, Гифка

Одна из интерпретаций недавнего времени примеси, которую документируют исследователи, заключается в том, что архаичные формы сохранялись в Африке до сравнительно недавнего времени. С другой стороны, древняя популяция могла ранее внести генетический вклад в современную человеческую популяцию, которая затем скрещивалась с предками популяций проанализированных в этом исследовании. Хотя эти модели не являются взаимоисключающими, и вполне вероятно, что история африканцев включает генетические вклады от множества отличающихся популяций, о чем свидетельствует большой эффективный размер популяции, которая генетически связана с архаичной. В то время как анатомически современные люди появляются в ископаемой летописи около 200 тыс. лет назад, относительно молодые окаменелости с сочетанием архаичных и современных анатомических особенностей были найдены в Африке к югу от Сахары и на Ближнем Востоке.

Примерами таких окаменелостей являются череп из Иво Элеру, на юго-западе Нигерии, возрастом 13 тыс. лет и человеческие останки из Ишанго в современной Демократической Республике Конго, дотированные около 20 тыс. лет, которые не вписываются в рамки изменчивости современного человека. А это может указывать на то, что ещё относительно недавно по Африке бродили люди, отличающиеся от современных и вносили свой вклад в геномное разнообразие африканцев, демонстрируя сложную историю взаимодействия современных и архаичных людей в Африке. Неафриканские популяции также демонстрируют аналогичные смеси, предполагая, что компонент архаического происхождения присутствовал до разделения африканского и неафриканского населения. Детальное понимание архаичной генетической примеси и ее роли в адаптации к разнообразным условиям окружающей среды потребует анализа современных и древних геномов по всему географическому диапазону Африки.


Предки неандертальцев и денисовцев скрещивались с дальними родственниками людей


Авторы этой работы "копнули" ещё глубже чем предыдущие, на сотни тысяч лет назад, когда представители рода людей с более крупным мозгом появляются в окаменелостях Европы вместе с ашельскими каменными орудиями. Существуют разногласия по поводу того, как следует интерпретировать этих первых европейцев. Некоторые видят в них общих предков современных людей и неандертальцев, другие - в качестве эволюционного тупика, которых позже заменили выходцы из Африки, а третьи - в качестве первых представителей линии неандертальцев. Новые оценки наиболее соответствуют последним из этих взглядов. Они подразумевают, что 600 тыс. лет назад неандертальцы были уже отдельной линией, отделенной не только от линии современных людей, но и от денисовцев. Эти результаты разрешают противоречия с окаменелостями гейдельбергского человека из Сима-де-лос-Уэсос, которые вначале были датированы как минимум в 350 тыс. лет. Генетические данные показали, что они были представителями более ранней популяции предков до неандертальцев и, следовательно, после разделения неандертальцев и денисовцев. Однако генетические данные указывали на то, что этот раскол произошел около 381 тыс. лет назад. Это было трудно согласовать с предполагаемым возрастом окаменелостей из Сима-де-лос-Уэсос, но позже нестыковка увеличилась, ведь усовершенствованные методы датирования показали возраст окаменелостей, около 600 тыс. лет и намного старше молекулярной даты разделения денисовцев и неандертальцев. Это несоответствие частично объясняется различными калибровками скорости мутаций. Исследователи кафедры антропологии, университета Юты, также отмечают, что новые результаты по численности неандертальцев отличаются от тех, которые они опубликовали в 2017 году и которые были подвергнуты критике их коллег. Кстати это хороший пример признания учёными своих ошибок. По новым оценкам авторов исследования, этот конфликт разрешается, переносом даты разделения далеко за пределы возраста окаменелостей из Сима-де-лос-Уэсос, используя геномы с более высоким покрытием - неандертальца из пещеры Виндия в современной Хорватии, а также алтайских денисовца и неандертальца. При этом неандертальцы, которые поделились своей ДНК с современными европейцами, генетически были больше похожи на неандертальца из пещеры Виндия, чем на неандертальца из Денисовой пещеры. Здесь стоит отметить, что на Алтае жили разные неандертальцы. Относительно недалеко от Денисовой пещеры, расположена Чагырская пещера, где жили неандертальцы из второй волны заселения, которые отличались от своих более древних соседей, как по каменной индустрии, так и генетически.

Сложная популяционная история и модели примеси в роду людей. Неандертальцы, денисовцы, эректусы и др Наука, Антропогенез, Эволюция, Генетика, Происхождение человека, Видео, Длиннопост, ДНК, Гифка

Новая реконструкция включает в себя три волны миграции рода людей из Африки в Евразию:


1. Миграция ранних Homo или "супердревней" популяции около 1,9 млн. лет назад. Что совпадает с датировкой дманисских гоминидов.


2. Миграция около 700 тыс. лет назад предковой линии неандертальцев и денисовцев до их разделения. Именно эту популяцию исследователи для простоты назвали, совместив два слова - неандертальцы и денисовцы. Для нас это что-то на подобие "неандерсовцев".


3. Миграция современных людей около 50 тыс. лет назад.


При этом, результаты показывают, что "неандерсовцы" скрещивались с представителями "супердревней" популяции в начале среднего плейстоцена, вскоре после их прихода в Евразию. Скорее всего это были евразийские эректусы. Это самая ранняя известная смесь между популяциями из рода людей. Кроме того, эти две популяции были более отдаленно связаны друг с другом, чем другие популяции, из известных на данный момент, которые скрещивались между собой. Они были разделены по происхождению на 1,2 млн лет. Позже, когда представители "супердревней" популяции людей обменивались генами с денисовцами, эти две популяции были еще более разделены во времени. Для сравнения, неандертальцы и денисовцы, которые скрещивались с современными людьми, были отдалены друг от друга менее чем на 700 тыс. лет. Вполне вероятно, что "супердревние" люди произошли от первоначальной популяции людей в Евразии, чья расчётная численность составляла от 20 до 50 тысяч человек. Такой размер указывает на то, что эта популяция включала по меньшей мере две глубоко разделенные подгруппы, одна из которых смешана с неандерсовцами, а другая - с денисовцами. Исследователи предполагают, что около 700 тыс. лет назад неандерсовцы вышли из Африки в Евразию, испытали эффект бутылочного горлышка или сокращение генофонда, скрещивались с древними популяциями людей Евразии, которые уже там жили более миллиона лет, а потом в значительной степени заменили их в свою очередь разделившись на восточные и западные субпопуляции - денисовцев и неандертальцев. Похожие события произошли 50 тыс. лет назад, когда анатомически современные люди вышли из Африки и сменили неандертальцев и денисовцев.

Эта работа также примечательна тем, что демонстрирует, сколько нужно времени, чтобы изолированные друг от друга популяции людей всё ещё могли скрещиваться. Получается, что как минимум 1,2 млн лет в тех же условиях.

В завершении хочу акцентировать внимание на том, что все упомянутые работы были опубликованы с небольшим перерывом в этом году. Поэтому представьте, как много информации появляется в различных направлениях науки каждый месяц.

Источники:
1. Lipson, M., Ribot, I., Mallick, S. et al. Ancient West African foragers in the context of African population history. Nature 577, 665–670 (2020). https://doi.org/10.1038/s41586-020-1929-1 Identifying and Interpreting Apparent Neanderthal Ancestry in African Individuals
2. Lu Chen, Aaron B. Wolf, Wenqing Fu, Liming Li, Joshua M. Akey, Show footnotes Published:January 30, 2020 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.01.012
3. Recovering signals of ghost archaic introgression in African populations Arun Durvasula and Sriram Sankararaman https://doi.org/10.1126/sciadv.aax5097
4. Neanderthal-Denisovan ancestors interbred with a distantly related hominin Alan R. Rogers*, Nathan S. Harris and Alan A. Achenbach https://doi.org/10.1126/sciadv.aay5483 5. Van Neer W, Alhaique F, Wouters W, Dierickx K, Gala M, Goffette Q, et al. (2020) Aquatic fauna from the Takarkori rock shelter reveals the Holocene central Saharan climate and palaeohydrography. PLoS ONE 15(2): e0228588. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0228588

Показать полностью 8
192

Интересное о ДНК

Можно ли отличить близнецов по ДНК? А составить портрет преступника? Найти дальних родственников?

Интересное о ДНК Биология, Генетика, Биотехнологии, ДНК, Наука, Длиннопост, Фонд эволюция, Гены

Оборудование для чтения генома становится все изящней и совершенней. Например, маленькое устройство, подключенное к ноутбуку на фотографии – это секвенатор третьего поколения, нанопоровый MinION, способный прочитать до 2 млн нуклеотидов за один проход. А как это можно применить, например, в криминалистике?


Однояйцевые близнецы развиваются из одной клетки, разделенной пополам, и изначальный набор генов у них был одинаков. Но в ДНК происходят мутации еще с самых первых дней зародыша, и продолжаются всю жизнь. Полногеномное сканирование может выявить отличия всего в несколько нуклеотидов! Так можно выявить преступника. Правда, в случае установления отцовства это не поможет)


Чтобы иметь возможность составить портрет по ДНК, нужно собрать огромные массивы данных. Геном не сканируется полностью в каждом случае, лишь анализируются характерные кусочки и сопоставляются с внешними признаками. Есть сложность: для каждой популяции надо создавать свою базу. В итоге можно определить пол, цвет кожи, предположить рост и склонность к полноте, примерный возраст и генетические заболевания. Для черт лица пока что есть лишь вероятность в процентах. Но какие-то признаки могут быть «точно не»: не карие глаза и не вьющиеся волосы, к примеру. В США с помощью этой технологии уже удавалось найти преступников. В странах СНГ с 2017г. тоже работает аналогичный проект «ДНК-идентификация».


Генетика помогает не только криминалистике, но и истории. Y-хромосома, в отличие от других, почти неизменная передается по мужской линии. Исключение – совсем небольшие участки, где происходит обмен, и точечные мутации, которые накапливаются из поколения в поколение. С ее помощью можно отследить родственные связи аж на несколько тысячелетий! А общие характерные признаки (гаплотип) могут рассказать, какой группе принадлежит эта хромосома – европейцы, африканцы, азиаты… Правда, если чей-то забытый прапрапрадедушка приехал издалека, его потомков будет ждать сюрприз) Но в областях, где народ жил обособленно на протяжении долгого времени, может сформироваться свой уникальный гаплотип. Это помогло в 2011 г. узнать имя террориста-смертника, взорвавшего бомбу в Домодедово.


А что у нас по женской линии? А по ней есть митохондрии – энергетические станции клетки, имеющие свой небольшой геном (около 16 тысяч нуклеотидов, в отличие от ядерного генома, в котором около 3 млрд). В большинстве случаев они все передаются от матери вместе с яйцеклеткой. Таким образом, родственные связи по женской линии тоже можно отследить.


Данная статья представляет собой краткий обзор книги Е.В. Клещенко "ДНК и ее человек", 2019г. Уточнение по наследованию митохондий: в 2018 г. был установлен факт возможности их наследования от обоих родителей в редких случаях: https://www.pnas.org/content/115/51/13039

Показать полностью
77

Томас Кран о секвенировании генома

Томас Кран, генетик, руководитель лаборатории YSEQ участвовал в организованной ИОГен РАН международной конференции "Столетие популяционной генетики человека" в Москве и любезно согласился дать нам интервью. Мы спросили, что такое гаплотипы, как их определяют и зачем это нужно.

Благодарим за предоставленное помещение библиотеку "Научка".


Оператор: Алла Пашкова.

Интервьюер: Андрей Шкиперов.

Перевод: Олег Науменко, Андрей Шкиперов.

Озвучка: Андрей Шкиперов, Павел Камушкин.

Дизайн: Алла Пашкова.

Монтаж: Александр Афанасьев.

Интервьюер: Здравствуйте, Томас. Рады возможности пообщаться с вами здесь, в Москве. Первый вопрос — мы называем большие группы людей, которые имели очень давнего общего предка, гаплогруппами. Они так называются, потому что их гаплотипы очень похожи…


Томас Кран: Да, на самом деле они не только похожи, но и в определенной степени идентичны. Раньше мы использовали STR-маркеры, краткие тандемные повторы, но у них очень высокая скорость мутаций. Поэтому результаты получались немного расплывчатыми — мутации были и прямыми, и возвратными тоже. Но сейчас мы все больше и больше погружаемся в SNP-филогению (SNP – single nucleotide polymorphism, однонуклеотидные замены, также в русскоязычной среде часто используется жаргонизм “снип” – прим. ред.) и можем даже говорить о гаплотипах, состоящих из снипов — и вот они не только похожи, но и в значительной степени идентичны для разных индивидов в одной группе.


Интервьюер: Вы сейчас затронули два вопроса, так как мой второй вопрос касался STR-маркеров — почему они слабы для наших целей? Тогда следующий вопрос — почему именно STR-гаплотипы раньше были главной характеристикой хромосомы?


Томас Кран: Раньше нам были доступны только STR-маркеры, потому что эта технология гораздо проще для тестирования, и вы всегда проверяете одни и те же маркеры. Но сейчас появились новые способы секвенирования и значительно более совершенные процессы для тестирования SNP. Мы приближаемся к точке, когда сможем проводить тесты SNP, снипов в Y-хромосоме, с той же точностью за ту же цену, даже скорее с гораздо большей точностью.


Интервьюер: Спасибо. При генотипировании в своей лаборатории вы используете снипы, панель маркеров SNP. Но вы не используете олигонуклеотидные полиморфизмы — когда несколько снипов идут подряд. Также вы обычно не используете вставки и делеции для своих тестов. Почему?


Томас Кран: Не совсем так. Прежде всего, вставки и делеции могут быть очень хорошими, надежными и стабильными, если есть только два-три нуклеотида, которые удаляются или вставляются, и нигде в этой последовательности нет повторов. Однако если один и тот же кусок повторяется, скажем, восемь раз или больше, то это становится проблемой. Тогда у нас есть по сути настоящий участок STR, который может мутировать взад-вперёд — и таких участков мы стараемся избегать ради стабильности филогенетического дерева. Поэтому мы пытаемся использовать повторы вплоть до, может быть, четырёхкратных, а если больше — считаем, что дерево становится слишком нестабильным. Но в целом вставки и делеции НЕ ненадежны или плохи, их просто сложнее протестировать используемыми технологиями, и обычно для их оценки требуется человек, работающий вручную, потому что их можно описать совершенно по-разному. И очень трудно найти для этого устойчиво качественный метод.


Интервьюер: Спасибо. И когда вы читаете снип, как вы находите точное место во всей ядерной ДНК, где находится этот снип? То есть, речь идет о технологии: как вы читаете конкретный участок молекулы?


Томас Кран: Сейчас это очень распространённая процедура — мы применяем методы NGS (секвенирование нового поколения). По сути NGS — это нарезка всей ДНК на короткие фрагменты и их секвенирование, а затем сборка паззла на референсной последовательности с помощью компьютера. Это то, что мы обычно делаем. И если мы видим разницу с референсной последовательностью, то как правило это означает, что есть какая-то вариация. Конечно, нам нужно рассортировать и каталогизировать все эти вариации и посмотреть, какие из них являются общими для нескольких людей, а какие — просто индивидуальная мутация у конкретного человека. Сейчас мы занимаемся доработкой филогенетических деревьев до мельчайших деталей, поэтому индивидуальные мутации очень ценны для человека, который сдал новый тест. Мы пытаемся определить для него новые маркеры, помещаем их в каталог, чтобы другие люди могли сравнить себя с ним. И когда два человека находят у себя одну и ту же мутацию, это говорит о том, что они — родственники, и мы находим новый узел дерева — это то, что нам нужно.

Томас Кран о секвенировании генома Генетика, Популяционная генетика, Секвенирование, ДНК, Генеалогия, Видео, Длиннопост

Интервьюер: Но если кто-то просит всего один SNP, вы делаете праймеры или…?


Томас Кран: Да, обычно у нас есть результат анализа всего генома или NGS-секвенирования, в котором люди находят новый маркер. Но проводить исследование всего генома для каждого члена большой семьи — это очень дорого. Поэтому мы думали о том, как всё удешевить. Если вы уже знаете мутации, характерные для вашей семейной ветви, нет необходимости исследовать Y-хромосому целиком. Вы просто смотрите на один маркер, и он уже есть в нашей лаборатории. Часть процесса — это проверка маркера: надёжен ли он, можем ли мы сделать праймеры? И если можем, мы ставим маркер в очередь, всё занимает буквально несколько недель — и вот у нас есть праймеры, которые мы сразу же можем включать в тесты.


Интервьюер: Тогда вопрос — как разрабатываются праймеры? Если можно, пару слов об этом. Какие с этим бывают трудности?


Томас Кран: Мы уже разработали около сорока тысяч пар праймеров. Обычно мы берем участок из референсного генома вокруг снипа, плюс-минус, например, пятьсот пар оснований, и пытаемся найти идентичные области в другом месте генома. Например, мы просто... удаляем Y-хромосому из референсной последовательности, что делает ее женской референсной последовательностью, а затем сопоставляем нужный кусок ДНК с остальной частью генома, и мы очень часто видим: о, он совпадает с X-хромосомой, он идентичен на — может быть 90%, может 95, иногда бывает даже 100% — вообще различий нет. И чем выше сходство, тем выше вероятность того, что на этом участке была рекомбинация хромосом друг с другом, что плохо для филогенетического дерева, потому что тогда у нас будут обратные и параллельные мутации. Мы стараемся избегать такого. И у нас есть более или менее случайная, но довольно чёткая грань, где это действительно становится проблематичным — это 95%. Конечно, можно возразить, что это число взято с потолка, но таков наш опыт работы со многими, очень многими созданными нами праймерами, и мы пришли к выводу, что слишком обидно разрабатывать пограничные праймеры, платить за них деньги и видеть, что они не работают. Вот так мы пришли к этому числу.


Интервьюер: Что касается сложностей, также существуют палиндромные участки. Может быть, какие-то ещё есть трудности? Расскажите об этом.


Томас Кран: Ну, я только что упомянул, что мы сопоставляем с женской эталонной последовательностью, но, конечно, есть повторяющиеся единицы, участки и на самой Y-хромосоме. Y-хромосома имеет самую большую палиндромную последовательность, и у нас есть, например, палиндром P1 — 1,6 миллиона оснований — которые, я бы сказал, более чем на 99% идентичны с обеих сторон. Это по сути последовательность, которая идёт вперед, разворачивается и возвращается с обратной комплементарной последовательностью.

Томас Кран о секвенировании генома Генетика, Популяционная генетика, Секвенирование, ДНК, Генеалогия, Видео, Длиннопост

Таким образом, вы можете себе представить, что практически идентичные участки некоторых палиндромов также рекомбинированы друг с другом, мы видели это и в прошлом с маркерами STR. Так что да, эти участки, конечно, являются проблемой для филогении. Но они хороши для выживания Y-хромосомы, потому что она может сама себя восстановить, и эти участки следуют очень сложной логике. Но самое интересное, что некоторые гаплогруппы — как J1 — имеют огромную делецию в этой палиндромной области, поэтому в их большом палиндроме не хватает одного плеча. Так что для них мы можем использовать эту последовательность, так как она не рекомбинирована, а уникальна. Таким образом, последовательности для некоторых гаплогрупп на Y-хромосоме могут быть использованы для филогенетического дерева, в то время как в других гаплогруппах этот же участок не пригоден для таких целей.


Интервьюер: Интересная информация. Вы сказали, что палиндромные участки могут быть огромными, но целая хромосома во много раз больше, поэтому вы получаете огромное количество данных. Как вы управляетесь с ними? Какие инструменты вы используете для работы с этими данными?


Томас Кран: Конечно, секвенирование нового поколения даёт массу данных. Интересно, что это только один процент генома, Y-хромосома. Так что, по сути, мы стреляем из пушки по воробьям. В любом случае, это все еще двадцать миллионов оснований, на которые мы смотрим. И эти двадцать миллионов оснований... Мы по существу из них извлекаем различия с референсной последовательностью, что сводит информационное содержимое только к важным вещам — по сути, к снипам, которые мы наблюдаем. Инструменты, которые мы используем — это BWA-MEM для мэппинга, стандартная программа для мэппинга, поэтому у нас уже есть только те участки, которые можно наложить на Y-хромосому. Далее, мы используем samtools, vcftools для извлечения мутаций, необработанных мутаций. Затем нам нужно сравнить их с базой известных SNP — по сути, это база данных, которую мы публикуем под названием Ybrowse. И из этой базы данных мы уже знаем, какие из них находятся в предковом (отрицательном) или мутировавшем (положительном) статусе. И по этой информации мы можем точно определить, где именно на дереве находится человек. И теперь любая другая найденная в ДНК мутация, которой нет в каталоге, является потенциально новой. И да, это собственно то, что мы делаем: просто регистрируем её в нашем каталоге, в нашей огромной базе данных как новую мутацию. И мы надеемся, что когда-нибудь кто-нибудь другой придет и будет иметь те же мутации, тогда мы сможем развить Y-хромосомное древо, улучшить его разрешение.


Интервьюер: Тестирование с помощью методов NGS стало существенным шагом в уменьшении цены на полногеномные исследования. А какие ещё перспективы удешевления существуют? Или, может, быть, какие-то ещё варианты, как сделать исследование всего генома более доступным для большого числа людей?


Томас Кран: Существует известное предположение, что секвенирование становится дешевле, дешевле и дешевле. Так что люди даже не определились, имеет ли смысл оставить информацию в пробирках с извлечённой ДНК, и секвенировать позже, потому что так будет дешевле, или даже повторное секвенирование станет дешевле, чем дисковое пространство для хранения результатов. Хотя я думаю, что нам ещё далеко до этого. Так что да, секвенирование становится дешевле, появляются новые технологии. Теперь у нас есть секвенирование нового поколения методом синтеза, где доминирует компания Illumina. Есть несколько других компаний, занимающихся, по сути, очень похожим бизнесом, не так хорошо известных — как, например, Ion Torrent Technology, которые измеряют результаты секвенирования по изменению pH. Китайцы придумали протокол секвенирования методом синтеза «nano-balls», ДНК-наношарики.

Томас Кран о секвенировании генома Генетика, Популяционная генетика, Секвенирование, ДНК, Генеалогия, Видео, Длиннопост

Далее, есть очень интересная технология «nanopore» — ДНК просто проталкивают через мельчайшую пору, и пока ДНК проходит через это маленькое отверстие, сопротивление меняется в зависимости от основания... Аденин, гуанин, цитозин и тимин — все они имеют различные сопротивления. И от той маленькой закорючки, которую мы получаем, мы можем с помощью значительных вычислительных мощностей рассчитать последовательность, которая прошла через эту пору. Так что это технология, где вы можете по сути.... Со всеми остальными технологиями вам понадобятся некоторые сложные измерения флюорисценции или pH, а с нанопорами вы непосредственно секвенируете ДНК.

Томас Кран о секвенировании генома Генетика, Популяционная генетика, Секвенирование, ДНК, Генеалогия, Видео, Длиннопост

Интервьюер: Мы слышали такие слова, как секвенирование и генотипирование. В чем разница между генотипированием и секвенированием?


Томас Кран: Ну, генотипирование заключается в том, что вы специально смотрите на мутации, позиции которых уже известны, тогда как при секвенировании вы проходите через всю последовательность ДНК, не зная, есть ли мутация или нет. И вы можете найти уже известные мутации, но вы также можете найти новые мутации.


Интервьюер: Вторая часть беседы — о популяциях и так далее. В каких областях знаний мы можем использовать данные о ДНК, применять результаты нашей работы с геномами? Допустим, медицина, где-то ещё?


Томас Кран: Где ещё можем использовать? Как я уже говорил, медицинская и популяционная генетика, безусловно, являются одними из основных целей этой технологии. Но, допустим, вы можете использовать ДНК для хранения цифровых данных. Вы можете синтезировать ДНК сегодня и использовать её в качестве жёсткого диска. Вы можете заглянуть в окружающий мир, в микробиологию, и это очень интересно. При полногеномном секвенировании всегда присутствует около пяти процентов последовательностей из бактерий, из тех видов микроорганизмов, которые мы носим с собой — это часть нас на самом деле. Мы состоим не только из ядерной ДНК и митохондрий, но и из микробиома, который, конечно же, различен во рту и в других частях организма. Это ещё один аспект. Так что да, ДНК — это про биологию в целом.


Интервьюер: Какие обычно цели у людей, делающих тесты в вашей лаборатории?


Томас Кран: Я думаю, YSEQ немного отличается от привычных компаний потребительской генетики. Мы находимся более или менее в той сфере, которая поддерживает «гражданскую науку». Клиенты, которые приходят к нам, как правило, уже тестировались в одной из крупных американских компаний, или имеют некоторые результаты STR, или начинают с уровня, где они пытаются уточнить свои находки. Хорошо, что каждый может сам решить, каким путём он хочет идти и какой из них наиболее эффективен для ответа на его вопросы. У нас, конечно, много генеалогов, которые, по сути, хотят создать родословную своих близких и родственников. Они хотят получить подтверждение своих записей, или даже выйти за рамки того, что даёт им бумажная генеалогия. Также к нам приходят просто частные исследователи, которые очень интересуются гаплогруппами, к которым они принадлежат. Они пытаются определить происхождение своей гаплогруппы. И что самое интересное, многие наши клиенты фактически выходят за рамки того, что написано в научных публикациях. Они с энтузиазмом читают все публикации, принимают то, что делается в науке, но стараются внести свой вклад в это дело, и действительно находят очень интересные вещи. Без генеалогов гаплогруппа А00 не была бы открыта. Просто один чернокожий американец хотел узнать о своём происхождении. Мы не смогли ничего сказать и провели дополнительные исследования. Много таких «гражданских учёных» внесли свой вклад и даже потратили деньги на эти исследования — потому что это приносит определённое удовлетворение: о, то, что мы делаем, влияет ещё и на науку вообще.


Интервьюер: Может быть, некоторые люди задают вопросы, выходящие за рамки ДНК, вопросы, на которые невозможно ответить с помощью ДНК-тестов, но они думают, что смогут найти ответы?


Томас Кран: К сожалению, граница между тайнами и реальностью очень тонкая. Так что, конечно, иногда желаемое принимается за действительное, и иногда люди очень разочаровываются, когда результаты ДНК не подтверждают их ожидания или даже идут вразрез с их ожиданиями. Конечно, иногда результаты разочаровывают, но, знаете, я раньше проводил тесты на отцовство, и всегда очень трудно сказать отцу: "Это не ваш ребёнок". В итоге это практически та же самая ситуация, но мы должны быть честными, это продвигает нас вперёд. А иногда разочарование в дальнейшем оборачивается очень захватывающим открытием. Например, мы поехали на Камчатку и взяли образцы. И мы надеялись найти связи с американскими индейцами, поэтому просмотрели все образцы. И у нас было только два образца, которые могли иметь какое-то отношение к Америке. Но оказалось, что они были, по существу, в два раза дальше, за два шага до того, что было известно как типичная американская ветвь гаплогруппы Q. Мы только руками развели: ну, очень жаль — мы что-то нашли, но это нам почти ничего не говорит. В итоге всё же это была интересная ветвь, и мы секвенировали весь геном. И обнаружили много новых снипов и решили: хорошо, отложим эту находку в сторону. А потом, всего два месяца назад, мы нашли в Америке древний образец ДНК, который был секвенирован не нами, а другой группой — и они также испытали некоторое разочарование, они тоже сказали: о, наш образец не соответствует ни одной из известных нам американских филогенетических клад. Так что они были разочарованы, я был разочарован. Но потом мы сравнили эти два гаплотипа, эти два набора снипов, и вдруг поняли: о, двадцать из сорока найденных нами и ими мутаций — совпадают. Таким образом, это говорит нам, что была другая линия, которая пришла в Америку, а затем в Америке просто исчезла. Так что это очень интересная находка, которая является результатом двух разочарований.


Интервьюер: А какие ещё линии вы нашли на Камчатке? Может быть, какие-то интересные этнические группы или что-то в этом роде?


Томас Кран: Камчатка — это пример практически неизученной местности. Я не знаю... Многие из русских даже не были там. Так что это был очень интересный опыт. Я бы сказал, что каждый образец, который мы тестировали, буквально привёл нас на неизведанную землю. Это были редкие гаплотипы, которых мы никогда раньше не видели, хотя мы могли их определить и сказать: "о! они из той ветви", но на этих ветвях раньше было максимум по одному образцу. Нужно проделать ещё много работы, чтобы по-настоящему понять связи с южнокитайскими линиями гаплогруппы С и так далее… гаплогруппы О. И мы даже нашли на Камчатке человека из гаплогруппы D, который, вероятно, имеет некоторые связи с Японскими островами. Так что предстоит узнать много нового, того, что мы пока не знаем.


Интервьюер: Возможно ли что однажды все люди будут секвенированы?


Томас Кран: Я думаю, это просто здравый смысл. То есть, когда-то мы ездили на лошадях и представить себе не могли, что повсюду будут машины. И тут точно так же. Я думаю, что в определённый момент каждый человек на этой планете будет секвенирован — например, чтобы с медицинской точки зрения просто убедиться, что заранее известно, с какими рисками вы столкнётесь. И, возможно, в будущем мы сможем принять эффективные меры, чтобы избежать хотя бы некоторых из этих опасностей. Может быть, это будут простые методы, может быть, будут прекрасные фантастические методы, которые мы откроем в будущем. Я всегда говорю, что лучше знать своего врага, чем быть неподготовленным. Так что, при действительно дешёвом секвенировании — конечно. Я думаю, рано или поздно так и будет. И в этом есть смысл. Конечно, когда секвенированы будут все, появится много ответственности, вопросов конфиденциальности, и их необходимо будет решать. Но их нельзя решить запретом на секвенирование вашей собственной ДНК, или запретом на секвенирование вашей ДНК для всех остальных. Так не работает. Поэтому нам нужно принять законы и найти приемлемые для общества правила. Это не та проблема, которую мы можем просто отложить в сторону, мы должны признать её и искать решения.


Интервьюер: Вы говорили о человеке из гаплогруппы A00, но вы и сами бывали в Африке и тестировали там людей. Может быть, вы можете рассказать об этой работе?


Томас Кран: Да, обычно я использую любую возможность, чтобы попасть в другие страны и связать это с чем-то полезным, что может помочь нам лучше понять филогенез Y-хромосомы. «Моё хобби — это моя работа», да, но мне это интересно, я не собираюсь проводить отпуск на круизном лайнере, где всё вокруг происходит ради меня. Я хочу действовать, быть активным. Так, я ездил в Камерун, Судан, на Камчатку. Мы побывали в Мексике и собрали образцы — в основном, у людей, которые действительно хотели внести свой вклад в исследования. И, конечно, мы платим за их тестирование, они получают результаты. Это своего рода диалог. И у нас есть очень хорошие друзья во всех этих странах, хорошие отношения. Это здорово, и это пополняет копилку наших знаний.


Интервьюер: Как вы думаете, какие этнические группы или гаплогруппы будет интереснее всего исследовать, изучать в дальнейшем?


Томас Кран: Вообще, каждая гаплогруппа интересна, особенно для тех, кто принадлежит к этой гаплогруппе. Кроме того, есть вопросы, из-за которых у нас в дереве огромные пробелы. Подумайте: у гаплогруппы D и E есть общий предок. D чаще всего встречается в Японии, E чаще всего встречается в Африке. Так как же они связаны друг с другом на самом деле? Что же произошло в эти тёмные века, около восьмидесяти тысяч лет назад, что случилось в то время, из-за чего люди перемещались на громадные расстояния? С одной стороны, они заселили большой остров, с другой — огромный континент. Как всё это связано? Конечно, туда трудно попасть, но нужно ехать туда, где всё случилось. Естественно, мы не знаем, где именно жил общий предок: в России, в Казахстане, в Индии — где-то в этом регионе. Может быть, в Гималаях. Так что именно туда нам нужно ехать и собирать больше образцов, потому что зачастую это бедные страны, люди не могут себе позволить ДНК-тестирование, у них другие проблемы: они просто выживают, а не тратят свои деньги на ДНК-тесты.


Интервьюер: Кстати, вчера мы узнали, что в Китае нашли образец DE*.


Томас Кран: На самом деле Китай — это очень интересно. Это полное изменение перспектив геномики. Так, я посетил конференцию по судебному ДНК-тестированию в Китае, они начали с нуля и обогнали все другие страны. Китайцы уже протестировали больше образцов ДНК, чем все другие страны. Конечно, данные не являются общедоступными, и они только начинают. Работы свидетельствуют, что они много секвенировали для медицинских целей. И некоторые данные сейчас всё-таки становятся достоянием общественности, что, я уверен, коренным образом изменит наше понимание Центральной Азии.


Интервьюер: Также сложилась интересная ситуация с гаплогруппой Q в Норвегии...


Томас Кран: Да, это ещё одна интересная находка, к которой мы приложили некоторые усилия. Мы на самом деле ездили в Норвегию и взяли там образцы, но, к сожалению... по-моему, мы нашли только один новый образец гаплогруппы Q, и он рассказывает нам историю, которую мы уже слышали. Но о чём эта история? Обычно гаплогруппа Q встречается в Америке, особенно та часть дерева, в которой доминируют последовательности американских индейцев. Как из Северной, так и из Южной Америки. Но эта конкретная ветвь является более поздней, чем переход через Берингов сухопутный мост. Но! Её больше нет на американском континенте, зато есть в Норвегии... Если посмотреть на людей группы Q-L804 — в Земле фьордов, в Скандинавии или на Британских островах (это всё регионы, где такие группы встречаются), у всех этих людей был общий предок. Но этот предок восходит, вероятно, к трём-четырём тысячам лет назад — в таком промежутке. И это большой вопрос. Если вы сперва подумаете: «О, да, конечно, это викинги отправились на Ньюфаундленд, взяли там людей — мужчин — и привезли их в Европу», то так не объяснить эти четыре тысячи лет, такое случалось где-то тысячу лет назад. Так что мы рассматриваем некоторые несоответствия в этой модели. Существует мнение, что, может быть, в это время Q пришла из Центральной Азии. Но тоже нет следов! Нигде в России, нигде в Финляндии нет промежуточных гаплотипов — только в Норвегии и несколько в Швеции. Но шведские, на самом деле, из более поздней ветви. В любом случае нам нужно придумать более сложные модели. Если мы будем следовать тезису, что Q попала из Америки в Норвегию с викингами, то мы получим вымирание этой группы в Америке, потому что больше мы её там не находим. Это не лишено смысла, потому что европейцы принесли болезни и многие линии — особенно в восточной части континента — вымерли. Однако в таком случае, мы можем считать, что в Норвегию тогда прибыли не меньше чем двое-трое разных мужчин из похожих, но не идентичных линий, последний общий предок которых жил, скажем, за две тысячи лет до того, как они попали на корабль к викингам. Так что иногда всё не так-то просто объяснить.


Интервьюер: Может, инуитские корни — это возможно?


Томас Кран: Да, мы знаем, что инуиты — это гаплогруппа Q, но это другая линия гаплогруппы Q, в действительности независимая от них.


Интервьюер: Когда мы говорим о всяческих миграциях, у нас возникают общие вопросы о том, откуда вообще люди взялись. Наверное, вы можете высказать какие-то соображения по этому поводу?


Томас Кран: Ну, тогда давайте от истоков. Итак, вы в курсе, что существует Денисовская пещера на Алтае, в России. И мы уже знаем некоторые ранние виды людей, которые были в какой-то степени развитыми: они были охотниками, жили в пещерах, у них была какая-то культура, может быть, примитивные рисунки — не знаю точно, спросите у антропологов. Но, в общем, они были людьми. Долгое время геном неандертальцев не был полным, потому что все секвенированные неандертальцы были девочками. Так что у нас была некоторая проблема, и это наблюдалось пару лет: «следующий опубликованный геном — снова неандертальский. Проклятье, опять девочка!» Это не давало никакого вклада в моё исследование Y-хромосомы. Но, к счастью, в прошлом году появилась пара мужских последовательностей из разных стран. Кроме этого, удалось получить очень разреженные мужские последовательности денисовской ДНК. Похоже, там копали ещё и ещё и нашли несколько костей и идентифицировали их по ДНК. Так что, случаются интересные вещи. Так, теперь... Мы стараемся использовать эти очень скудные данные. Это как если человек, посмотревший свой BAM-файл, остался недоволен десятикратным покрытием, то он бы очень удивился, узнав, что в денисовском или неандертальском образце покрытие менее чем однократное. Очень сложно определить, где шум, а где — реальная информация. К сожалению, мы очень мало знаем об этом — о химии деградации ДНК. Итак, мы видели признаки деградации ДНК в этих мутациях. Если есть мутация из цитозина в аденин, всегда нужно быть осторожным. Это значит, что полимераза отремонтировала последовательность неправильно, так как на самом деле основание отсутствовало, деградировало. Таким образом мы можем определить, какая ДНК — старая, а какая — современное загрязнение, бесполезная ДНК. И, опять же, для оценки мутаций в этой последовательности мы можем взять только неповреждённую ДНК. И когда есть разреженное распределение прочитанных участков по референсной последовательности, только короткие сегменты там и сям, нужно быть очень, очень удачливым, чтобы найти случайное место, где в денисовской и неандертальской последовательностях сегменты ДНК совмещаются друг с другом и чтобы именно в этом месте была ещё и мутация. Так, на всех этих двадцати миллионах оснований Y-хромосомы мы нашли всего горстку, где-то двадцать мест, где мутации у денисовцев и неандертальцев могли бы совпадать. И тогда мы берём человеческую референсную последовательность, последовательность шимпанзе, может быть, гориллы, и сравниваем: есть ли между ними некоторая преемственность? Видим ли мы определённое направление? Во всех этих огромных [референсных] участках есть множество мутаций, потому что между ними десятки тысяч лет. Найти общие мутации — это как искать иголку в стоге сена. Но последовательно группы, которые опубликовали данные ДНК, и мы, анализируя эти последовательности на наших референсах, используя наши сравнительные данные, в том числе с нашей последовательностью A00, мы нашли одинаковые структуры. Что говорит нам о том, что денисовцы и неандертальцы — это не одна группа, но происходят из одной ветви. Сначала отделились денисовцы, и у нас осталась ветвь сапиенсов и неандертальцев. Потом неандертальцы и люди разделились.


Интервьюер: Так что, денисовцы отделились раньше?


Томас Кран: Намного раньше, чем неандертальцы от нас, от нашей главной линии.


Интервьюер: Спасибо, Томас. Я думаю, это всё.

Показать полностью 4
97

Пересадка почки: от«сборища дураков» до Нобеля

Пересадка почки: от«сборища дураков» до Нобеля Трансплантация, Почки, Генетика, ДНК, Анестезия, Биотехнологии, Видео, Длиннопост

23 декабря 2019 года исполнилось 65 лет с тех пор, как доктор Джозеф Мюррей в госпитале Питера Бента Бригэма в Бостоне, штат Массачусетс, впервые провел успешную операцию по трансплантации почки. В 1990 году Мюррей получил за это Нобелевскую премию по медицине. Об истории трансплантации органов, об эскулапах -бессребрениках,  и о том, зачем людям свиные сердца, - в этом посте.


Благодаря революционному методу доктора Мюррея удалось спасти более полумиллиона жизней. Тогда, в 1954 году, наблюдая за врачами, готовящимися провести первую пересадку почки от здорового брата-близнеца больному, коллеги называли их за глаза «сборищем дураков». Но Джозеф Мюррей не обращал на них внимания – и оказался прав. «Если вы будете беспокоиться о том, что говорят люди, вы никогда не добьетесь прогресса», — сказал 90-летний Мюррей, выступая на мировом симпозиуме трансплантологов.


Наверное, таким отважным людям, как этот бостонский хирург, мы обязаны многими новшествами, которые вначале страшат и изумляют, а потом становятся частью повседневной жизни. К счастью, новаторы существовали даже в очень далекие времена.


История трансплантологии: от святых Козьмы и Дамиана до наших дней.


По преданиям, в 4-м веке до н.э. китайский врач Пиен Цяо обменивал друг с другом сердца человека с сильным духом, но слабой волей, и человека со слабым духом, но сильной волей в попытке достичь равновесия в них обоих. О том, как он измерял силу воли и духа, остается только догадываться. Как и о результатах смелого эксперимента.

Козьму и Дамиана – братьев, святых-бессребреников, живших в конце 3-го – начале 4-го века н.э., также причисляют к отцам трансплантологии, хотя, согласно легенде, эти целители проявили искусство пересадки частей тела через тысячу лет после своей смерти. Житие святых гласит, что они явились во сне дьякону Юстиниану, у которого сильно болела нога – никакие лекарства не помогали. Святые отрезали его больную ногу и пришили вместо нее конечность умершего мавра. Наутро Юстиниан проснулся здоровым – хотя и двухцветным..

Пересадка почки: от«сборища дураков» до Нобеля Трансплантация, Почки, Генетика, ДНК, Анестезия, Биотехнологии, Видео, Длиннопост

Основатель индийской медицинской школы Сушрута, живший предположительно в 8-м веке н.э., не во сне, а наяву использовал аутотрансплантацию кожи при пластической операции носа. В 16-м веке итальянец Гаспар Тальякоцци также успешно применял ринопластику.


Достижение Джозефа Мюррея базировалось на более чем столетнем опыте его коллег —чеха Эдуарда Цирма, в 1837 году пересадившего роговую оболочку глаза, швейцарца, нобелевского лауреата Теодора Кохера, впервые в 1883 выполнившего трансплантацию щитовидной железы, американца Чарльза Гатри, который с коллегой-французом Алексисом Каррелем пересаживал вены и артерии.

Анестезия: Made in МА.

Все эти эксперименты, конечно, были бы невозможны без анестезии. 16 октября 1846 года массачусетский дантист Томас Мортон впервые применил эфир в качестве обезболивающего средства.

Как отмечает энциклопедия Брокгауза и Эфрона, «пациент начал испытывать приятное чувство благости и легкости в теле» и не реагировал на боль. Аудитория в местной больнице, где была сделана операция, занесена в Национальный реестр исторических памятников США.

Слово «анестезия» тоже родом из Массачусетса: его придумал бостонский писатель Оливер Холмс. Вскоре появилась врачебная специальность — анестезиология, а День анестезиолога во всем мире отмечают 16 октября (теперь вы знаете, почему).


Но вернемся к первому реципиенту донорской почки Ричарду Хэррику. Он прожил еще почти 10 лет, женился на операционной медсестре и стал отцом двоих детей.Конечно, оперировавшего его и его брата доктора Мюррея терзали сомнения: «Нас, врачей, учили не причинять вреда. Но, оперируя здорового человека, извлекая у него почку пусть даже с его согласия, мы делаем это без пользы для донора», — рассказывал он. На вторую операцию по пересадке почки в 1956 году потребовалось разрешение Верховного суда Массачусетса. Сегодня это уже история трансплантологии: в США трансплантацию органов по жизненным показаниям покрывает медицинская страховка, врачи успешно пересаживают не только почки, но и сердце, печень, легкие, поджелудочную железу, кишечник, сетчатку глаза и даже лицо.


В 2009 году хирурги в больнице Brigham and Women’s Hospital выполнили вторую в мире пересадку лица, которая понадобилась человеку после укуса гориллы. Операция проходила одновременно в двух операционных и длилась 17 часов. В 2011 году там же 14 хирургов при поддержке 36 анестезиологов, рентгенологов, медсестер в течение 12 часов работали над трансплантацией обеих рук 65-летнему мужчине, потерявшему руки в результате инфекции.


Massachusetts Eye and Ear Infirmary также успешно пересаживает роговицу глаза, возвращая людям зрение. Долгие годы этот медицинский центр был в числе мировых лидеров по данной специализации, которая возвращает зрение 150 тысячам людей в год; сейчас центр занимает 4-е место в мире по проводимому количеству таких операций. С накоплением клинического опыта трансплантация органов становится все более обыденной процедурой. И, хотя в Соединенных Штатах ежегодно проводится более 30 000 трансплантаций, в списках ожидания — 113 000 пациентов, а 20 человек ежедневно умирают, так и не дождавшись операции.

Пересадка почки: от«сборища дураков» до Нобеля Трансплантация, Почки, Генетика, ДНК, Анестезия, Биотехнологии, Видео, Длиннопост

3D-печать органов: сердце можно напечатать или одолжить у свиньи


Поскольку будущее — за биотехнологиями, ученые видят выход в 3D-печати органов. До сих пор, однако, это было из области научной фантастики — что-то вроде очередной серии из «Черного зеркала». Ведь все человеческие ткани с 3D-печатью не имели необходимой клеточной плотности.


И вот в апреле 2019 года исследователи из Института биоинженерии клеток при Гарвардском университете (Wyss Institute for Biologically Inspired Engineering) и Школа инженерии и прикладных наук Гарвардского университета (John A. Paulson School of Engineering and Applied Sciences) применили новую технологию печати клеток SWIFТ. Она включает в себя двухэтапный процесс, который начинается с формирования сотен тысяч агрегатов, полученных из стволовых клеток пациента, в плотную, живую матрицу OBBs, содержащую около 200 млн клеток на миллилитр.


На втором этапе матрица внедряется в организм человека, образуя новый орган. Внутри матрицы, созданной с помощью SWIFТ-технологии, можно напечатать широкую сеть каналов, имитирующих кровеносные сосуды. Таким образом печать органов на 3D-принтере достигла совершенно нового уровня.

Еще один стартап, еGenesis из Кембриджа с профессором генетики Гарвардской медицинской школы Джоржем Черчем (George Church) в качестве соучредителя, пытается с помощью CRISPR-технологий изменить геном свиней и сделать их органы совместимыми с человеческими. Тогда можно будет, например, пересаживать свиные сердца непосредственно людям, не боясь их отторжения. По словам Черча, необходимо провести еще множество испытаний, прежде чем это станет возможным, и ученые работают над этим.

Показать полностью 2 1
323

От ДНК до белка. Базовые вещи

Очередная озвучка. Анимационный ролик о процессе считывания генетической информации из ДНК и последующем процессе синтеза белка. Всё на базовом уровне, без лютой биохимии, под забавную музыку. Расслабляйтесь, на следующей неделе будет уже серьёзный ролик.


Перевод и озвучка мои.

Исходник видео: https://www.yourgenome.org/video/from-dna-to-protein (лицензия Attribution 4.0 International (CC BY 4.0))

Музыка: Andrew Huang - Accordion.

271

Операция All clear — когда король сражается бок о бок с народом

В наше время многие лидеры стран по конституции являются верховными главнокомандующими своих армий. Однако, большинство стран не ведут военных действий, а присутствие прочих глав государств ограничивается рукопожатиями с военными. Кажется, времена, когда правитель скакал на лошади впереди своих солдат, безвозвратно ушли. Но нет. Король Бутана Джигме Сингье Вангчук является примером, как нужно в неспокойные времена оказывать поддержку своему народу.


В общем, операция All clear — это борьба Бутана против ассамских сепаратистов (ULFA). А кто это такие вообще? Ну, на северо-востоке Индии есть штат Ассам, населенный 118 национальностями, крупнейшими из которых являются, как ни странно, ассамцы и народность бодо, родственная тибетцам и бутанцам. И вот они с 70-х годов воюют с Индией за свою свободу. Конфликт тлеет до сих пор, а вот в 80-е и 90-е разгорался очень серьезно. Отдельные группировки повстанцев скрывались на территории Бутана (ещё бы, труднопроходимые горы и отсутствие населения) с конца 80-х. Поначалу король был как бы и не против, поскольку боевики помогали оказывать давление на особо недовольные категории населения (непальцев, например).


Однако к 1995 году стало понятно, что ситуация зашла слишком далеко, поскольку, во-первых, Индия, основной экономический и политический партнёр Бутана, намекнула на крайнее недовольство сложившейся ситуацией, а во-вторых, боевики занимались типичными делами: грабежом и убийствами, ну как полагается. А количество лагерей сепаратистов, где проходили тренировка бойцов и закупка оружия, росло. В один момент король заставил ассамцев убрать часть лагерей, однако затем выяснилось, что их просто перенесли. И тут лидер страны принял смелое решение: он передал бразды правления парламенту... а сам отправился на юг страны, лично исследовать обстановку. При этом он взял с собой министра обороны и пару солдат. Все они были одеты в простую форму.


Подготовка операции заняла 6 лет. За это время король и министр обороны лично обошли большинство горных троп и составили подробный план операции. Но проблема: ассамские сепаратисты — опытные бойцы, имеющие многолетний опыт сражений с индийской армией. Армия Бутана же составляла не более 6000 человек, а войны не видели ни они, ни их отцы, ни даже деды — последний военный конфликт Бутана датируется 1841 годом (с британцами). Тогда король распорядился (тайно) натренировать 1500 ополченцев, а затем разместить их на южной границе.


Операция началась 14 декабря. Майор Королевской Армии Бату Церинг съездил в лагерь боевиков и сказал, что на следующий день король нагрянет с дружеским визитом. 15 декабря был нанесен визит. Не такой дружеский. Поскольку ассамцы привыкли к атакам в час ночи (культура боевых действий в Индии), было принято решение напасть в девять часов утра. Королевская армия Бутана нанесла повстанцам тяжелые потери, среди погибших был командир ULFA Рахул Датта. Всего сдалось 90 повстанцев. К 18 декабря было уничтожено 10 лагерей, а к 20 декабря — все 30, находившиеся на территории Бутана. После того, как додавили боевиков в лесах, лидеров движения на вертолете отвезли в Индию, где ассамцев бросили в тюрьму, а королю на государственном уровне выразили респект. Сама операция обеспечила национальную безопасность страны и прочные взаимоотношения с соседними государствами.


Немаловажная деталь — вместе с солдатами находился не только король, но и двое его сыновей, прошедших обучение в Королевской Академии в Лондоне. Вот уж действительно достойное и строгое воспитание.

Операция All clear — когда король сражается бок о бок с народом Cat_cat, История, Длиннопост, Бутан, Король, Народ, Война, Кулстори

Для любителей карт и схем

Операция All clear — когда король сражается бок о бок с народом Cat_cat, История, Длиннопост, Бутан, Король, Народ, Война, Кулстори

Бойцы ULFA

Операция All clear — когда король сражается бок о бок с народом Cat_cat, История, Длиннопост, Бутан, Король, Народ, Война, Кулстори

Королевская армия Бутана

Операция All clear — когда король сражается бок о бок с народом Cat_cat, История, Длиннопост, Бутан, Король, Народ, Война, Кулстори

Нет, это не Уго Чавес, а Бату Церинг, один из лидеров операции

Операция All clear — когда король сражается бок о бок с народом Cat_cat, История, Длиннопост, Бутан, Король, Народ, Война, Кулстори
Операция All clear — когда король сражается бок о бок с народом Cat_cat, История, Длиннопост, Бутан, Король, Народ, Война, Кулстори

Сыновья короля, Кхесар Нагьел и Джигьел Угьен, воевавшие против ассамцев


Источник: Сat_Cat. Автор: Михаил Павлов.


Личный хештег автора в ВК - #Павлов@catx2

Показать полностью 6
153

Владимир Волков об исследовании генетики Рюриковичей

Волков Владимир Геннадьевич рассказал об участии в проекте, посвящённом исследованию родословной и генетических данных Рюриковичей.

Благодарим за предоставленное помещение библиотеку "Научка".

Интервьюер: Если мы говорим о миграции гаплогруппы N в данный момент, то, как известно, в том числе из Ваших работ и преимущественно из Ваших работ, наш княжеский род Рюриковичей имел именно эту гаплогруппу, и Вы определили, как же продвигались и откуда пришли предки этого рода. Можете поподробнее рассказать о Рюриковичах, о том, как Вы собирали образцы, как Вы их сравнивали и к каким выводам Вы пришли?

Владимир Волков: Работа была долгая: начали здесь в Москве. Журналист Никита Максимов –первый, кто придумал этот проект интересный. А меня уже пригласили как специалиста, который может разобраться в хитросплетениях, кто кому ближе, кто кому дальше и откуда могли прийти предки Рюриковичей.

Владимир Волков об исследовании генетики Рюриковичей Генетика, Популяционная генетика, Рюриковичи, Видео, Длиннопост, Научпоп

Работа с 2006 года идёт, уже значительное количество времени. Помаленьку собирали образцы. Скажем так, знакомились с князьями, с представителями княжеских родов, которые по родословной восходят к Рюрику. Проверили достаточное количество людей уже. Договаривались с ними, получали согласие, знакомились тщательно с их родословной, чтобы выбирать тех, у кого родословная действительно хорошая, непрерывная, доходящая до самого Рюрика, документально подтверждённая. И уже потом мы в лаборатории Family Tree DNA в Хьюстоне сначала делали менее точные анализы. Соответственно, первая статья основана на менее точном анализе, который не совсем точно показал, соответствие документальной родословной генетическим данным. Потом мы сделали достаточно полные анализы большому количеству лиц, особенно представителям гаплогруппы N1c, так называемой, потому что она оказалась доминирующей среди Рюриковичей. Кроме этого, к ней принадлежат представители разных линий Рюриковичей, потомков Ярослава Мудрого от двух разных сыновей. Все другие линии (R1a и прочие гаплогруппы) не объединялись в какие-то определённые группы, это были единичные образцы, которые не вписывались в генетическое древо. Только одна небольшая группа из гаплогруппы R1a, которая стояла отдельно. Самое важное, что не от одного сына мы проверяли потомков князей, делая им генетический анализ, а от разных сыновей – Черниговская линия, так называемые Ольговичи, и Мономашичи. Генетически они являются родственниками, примерно в такой же степени родства, как и по родословной, то есть 1000 лет расходились. И мы уже анализировали корреляции между реальным документальным древом Рюриковичей, князей Масальских, князей Гагариных… Действительно совпадает ли генетическое древо с документальным? Для основных ветвей, самых документированных, получено полное совпадение. Для некоторых ветвей, где родословная даже была предположительная, было показано, как вписываются в эту родословную, в это генетическое древо, представители других линий, например, Татищевы.

Интервьюер: Следующий вопрос касается третьей линии Рюриковичей. На Вашей схеме есть ещё отдельно протестированные Корибут-Воронецкие, которые отличаются от двух линий сыновей Ярослава Мудрого. К потомкам кого их можно отнести? Насколько они близки к этим двум ветвям?

Владимир Волков об исследовании генетики Рюриковичей Генетика, Популяционная генетика, Рюриковичи, Видео, Длиннопост, Научпоп
Владимир Волков об исследовании генетики Рюриковичей Генетика, Популяционная генетика, Рюриковичи, Видео, Длиннопост, Научпоп

Владимир Волков: Во-первых, надо сказать, что Корибут-Воронецкий по родословной считались исследователями Гедиминовичами, потомками князя Гедимина, а не Рюриковичами. Там было разное несоответствие в родословной, сложности… Предками являлись некие князь Несвицкие. От кого они происходили, тоже не совсем всё понятно было. Собственно, что мы видим? Мы видим, что генетически Корибут-Воронецкие однозначно Рюриковичи. С большой долей вероятности они являются потомками какого-то третьего сына Ярослава Мудрого, судя по расхождению. Какие-то выводы, к какой именно линии князей, известных истории, они принадлежат, сложно сделать. Скорее всего, они близки князьям Вишневецким, этой группе, проживавшей в Галицкой Руси. Может быть, Галицких князей потомки, вероятно, этой ветви. Пока не появится древняя ДНК из этой ветви, либо мы не найдём удалённых потомков (а их осталось очень мало: и князья Вишневецкие, и другие близкие давно вымерли, не оставив мужских потомков), здесь сложно подтвердить какую-то версию. Но, тем не менее, это Рюриковичи, ещё одна, третья, ветвь Рюриковичей, несомненная. Но в связи с перипетиями документальными они поменяли свою генеалогию. А вот, например, Татищевы, которые тоже сомнительные были Рюриковичи, всегда ссылались на то, что у них недостаточно доказательств, что [они] предположительно Рюриковичи… Тем не менее, показали однозначно, что они действительно Рюриковичи и принадлежат Смоленскому дому, как и предполагалось по большинству родословных. Немножко похожая ситуация с Ржевскими: они тоже оказались из Смоленского дома и тоже однозначно являются Рюриковичами. Князья Путятины, судя по генетике, принадлежат совсем другой линии, как предполагали Долгоруков и другие исследователи. В источниках указано, что у них сложная родословная была. Но некоторые исследователи, уже нашего времени, предполагали, что они из другой линии происходят, что и показала генетика, великолепно доказала это предположение.

Интервьюер: Генетические результаты дали не только группу Рюриковичей N1c, но и небольшую группу R1a. Что Вы можете про неё рассказать?

Владимир Волков: Ну вот та же ситуация, близкая, что по документам и по мнению исследователей Рюриковичей родословная не совсем соответствует реальным историческим документам, упоминаниям, они и в летописях не упоминались. Поэтому не совсем ясно было с их родословной. Это потомки Юрия Тарусского из Черниговского дома, якобы потомки Михаила Черниговского. Несколько человек мы проверили, князей Волконских, Оболенских и Барятинских, они все явно между собой генетические родственники, предок их жил достаточно давно, как раз во времена Юрия Тарусского… Вот это особая группа. Как получилось так, что линия сменилась? Не исключено, что по наследству досталась. Времена были сложные, как раз перед этим началось очень сильное влияние Литвы, а дальше, в более поздние эпохи, уже через сто лет мы видим уже смены династий, то Гедиминовичи, то ещё кто-то уже восседает на престоле бывшего княжества Рюриковичей. Это всё уже было заметно, а здесь ещё не совсем ситуация ясная, ещё такого не фиксировалось, а тут – пожалуйста – выходит другая генетическая линия. Но тем не менее, столетиями были Рюриковичами юридически, то есть в этом смысле мы даже можем говорить, что существуют Рюриковичи разных генетических линий: R1a выделилась или какая-то ещё, если она выделится. Не исключено, что какие-то княжеские династии, существовавшие до Рюриковичей, продолжали носить титул князей и могли быть включены потом тоже в состав Рюриковичей. Это также не исключено. Генетика покажет, документы, конечно, не всё могут рассказать.

Интервьюер: Выходит, что основная масса Рюриковичей всё-таки N1c. Они сходятся к одному предку, которым, судя по всему, был Ярослав Мудрый. Как мы могли бы для этой ветви определить территорию её происхождения? Откуда к нам эта ветвь пришла?

Владимир Волков: Таким образом, мы можем рассудить, что Ярослав Мудрый тоже принадлежал той же самой линии. Разные мутации мы определили, выявили. Конечно, встаёт вопрос о связи Ярослава Мудрого с Рюриком. Родословная достаточно хорошо изложена в «Повести временных лет», далее она и документально подтверждается, по крайней мере, от Игоря родословная подтверждается данными византийских и других источников, то есть достаточно надёжная родословная. Мы можем предполагать, что и Рюрик принадлежал той же самой генетической линии, что и его потомки по родословной. И здесь, конечно, интересно было сравнить с разными данными представителей других народов, насколько Рюриковичи генетически близки и каким народам конкретно.

Владимир Волков об исследовании генетики Рюриковичей Генетика, Популяционная генетика, Рюриковичи, Видео, Длиннопост, Научпоп

Долго пополнялась база, в течение нескольких лет, она всё росла и росла, база гаплотипов, так называемых, база по мутациям... И изначально было уже видно, что наиболее близкие генетические родственники [Рюриковичей] проживают, в основном, на территории Швеции, немножко в Финляндии. И сейчас, особенно по современным данным, большая часть генетических родственников Рюриковичей проживает именно в Швеции. В разных местах Швеции, но, в целом, мы насчитали примерно 52%, остальные в Финляндии 14%, в России поменьше, хотя в России встречаются дальние генетические родственники Рюриковичей этой линии принадлежащие. На Украине немного встречаются, немножко в Норвегии, немножко в Карелии.

Владимир Волков об исследовании генетики Рюриковичей Генетика, Популяционная генетика, Рюриковичи, Видео, Длиннопост, Научпоп

Но тоже хорошо заметна, особенно для линии, которая проживает на Украине или в России, их прямая связь со шведами. Везде к ним близки шведы. Берёшь русских из этой линии – ближайший родственник швед; берёшь карельских представителей N1c – ближайшие родственники тоже шведы; берёшь британцев из этой линии – тоже ближайшие родственники шведы. Всё концентрируется в Швецию.

Владимир Волков об исследовании генетики Рюриковичей Генетика, Популяционная генетика, Рюриковичи, Видео, Длиннопост, Научпоп

И самые близкие родственники, это было совсем недавно открыто, окончательно подтверждено, проживают на востоке Швеции, на той территории, где располагалась древняя столица Швеции – Упсала. Там сидели древние короли, первые короли Швеции, пока столицей не стал Стокгольм. И считается, что из Упсалы даже происходят короли Норвегии. Это древняя столица, и там же рядом проживали предки ближайших генетических родственников. Кроме того, был проведён анализ древней ДНК жителя одного из городов, который рядом с Упсалой находится. И была показана не прямая близость к Рюриковичу, но к той же самой группе, что и у всех остальных жителей Швеции. Хотя там просто мутации некоторые не проверены, кто его знает, может быть как раз очень близким к Рюриковичам он является.

Интервьюер: Захоронение Сигтуна…

Владимир Волков: Сигтуна, да. Сигтуна это уже XI век, то есть позже Рюрика. Это уже является доказательством того, что эта линия хорошо была представлена и в древние времена в Швеции.

Интервьюер: Была ли она автохтонна в Швеции или она пришла в Швецию с других территорий?

Владимир Волков: Мы видим, что эта линия, которая обозначается, например, Y4339 (это её маркёр), видим, что общий предок жил примерно две с небольшим тысячи лет назад, и так как все основные группы-потомки этого предка живут в Швеции, мы можем предполагать, что уже 2300 лет назад он уже обитал на территории Швеции. Скорее всего, пришла какая-то группа, которая вошла в состав местного населения и потом уже проживала достаточно долго на этой территории. И, несомненно, ближайшие предки Рюрика являются германоязычными. Скорее всего, также были близки к предкам других шведов по языку, по культуре, то есть их можно называть скандинавами, однозначно. О свеях или каком-то племени здесь говорить не будем, здесь более подходит, конечно, племя русь, потому что оно действительно существовало. Это особое племя, отличное от свеев или от готов, которые тоже на территории Швеции проживали. Скорее всего, русь тоже существовало, и из этого племени происходил Рюрик. А если мы рассматриваем более дальнюю историю этой линии, более 2500 лет назад, мы хорошо видим, что более далёкие родственники Рюриковичей проживают в Финляндии, прежде всего, в южной Финляндии, затем видим миграцию этой линии, она уходит в северо-западную Россию, возможно, возле Новгорода эта линия возникает и разделяется на разные подлинии.

Владимир Волков об исследовании генетики Рюриковичей Генетика, Популяционная генетика, Рюриковичи, Видео, Длиннопост, Научпоп

И далее: с востока приходили тысячелетиями за тысячелетиями… Недавно мы делали передачу, я говорил, что может быть с финно-угорскими культурами. Несомненно, на этой территории были как раз культуры, которые являются предками для финно-угорских народов, особенно, северо-западная Россия. Какие-то сомнения ни лингвисты, по топонимике судя, ни археологи не высказывают, что какие-то другие народы могли занимать эту территорию. Если Рюрик 3000 лет назад проживал где-то недалеко от Новгорода, скажем так, на этих древних землях, то, скорее всего, предки его были финно-угры, какие-то древние финно-угры. Точнее назвать племя сложно, культуру сложно назвать, хотя там в этот момент существовали похожие культуры. А более дальняя история предков также связана с Востоком, с Уралом. Как я уже говорил, проникает гаплогруппа N1c на территорию Европы, оттуда с Урала и средней Сибири.

Показать полностью 6
53

Как новые петли в ДНК помогают создавать разнообразные антитела? (Научная Россия, 13 сентября)

Издание Научная Россия приводит сообщение Eurekalert.org об исследовании Бостонской детской больницы, объясняющем процесс достижения иммунной системой разнообразия антител (Eurekalert.org ссылается на Nature).


Разнообразие - это хорошо, особенно когда речь идет о антителах. Давно известно, что процесс сборки генов, называемый рекомбинацией V(D)J, позволяет нашей иммунной системе смешивать и сопоставлять фрагменты генетического кода, генерируя новые антитела для преодоления возникающих угроз. Но как эти генные сегменты собираются вместе для соединения, остается загадкой. Новое исследование дает ответ.


Наши нити ДНК вместе с определенными белками организованы в упаковку под названием хроматин, которая содержит несколько петель. Когда клетке необходимо построить определенный белок, петли хроматина приводят два относительно удаленных сегмента ДНК в непосредственную близость, чтобы они могли работать вместе. Многие из этих петель зафиксированы на месте, но клетки могут иногда переставлять петли или создавать новые петли, когда это необходимо, особенно раковые клетки и иммунные клетки.


Новое исследование под руководством Фредерика Альта - директора Программы клеточной и молекулярной медицины в Бостонской детской больнице - показывает в мельчайших деталях, как В-клетки нашей иммунной системы используют процесс образования петель для создания новых видов антител.


Исследователи показывают, что пара ферментов, называемых RAG1 и RAG2, соединяется с механизмами, участвующими в создании петель хроматина, чтобы инициировать первый этап рекомбинации V(D)J - соединение сегментов D и J. Комплекс RAG 1/2 сначала связывается с участком гена антитела, известным как «центр рекомбинации». Когда ДНК прокручивается в процессе формирования петли («экструзия»), комплекс RAG сканирует сегменты D и J, которые клетка хочет объединить. Другие факторы затем препятствуют процессу экструзии, останавливая прокрутку ДНК в центре рекомбинации, чтобы RAG мог получить доступ к нужным сегментам.


«Процесс экструзии петли используется локусами гена антитела, чтобы правильно представить сегменты гена субстрата в комплексе RAG для рекомбинации V(D)J», - говорит Альт.


Хотя многие из проводных петель хроматина образуются и закрепляются фактором, известным как CTCF, лаборатория Alt показывает, что другие факторы участвуют в динамических ситуациях, таких как образование антител, которые требуют новых петель на лету. Исследование также устанавливает роль белка под названием кохезин в управлении процессом экструзии петли/RAG-сканирования.


«Хотя эти результаты были сделаны в контексте рекомбинации V(D)J при образовании антител, они имеют значение для процессов, которые могут быть вовлечены в регуляцию генов в более общем плане», - говорит Альт.

Как новые петли в ДНК помогают создавать разнообразные антитела? (Научная Россия, 13 сентября) Наука, Новости, Генетика, ДНК
Показать полностью 1
185

Порошок наследников: охота на отравительниц в эпоху Людовика XIV

Эпоха Людовика XIV — блестящая и пышная, как и сам «король-солнце», но под внешним блеском дворцов кипели страсти и лежал целый мир, где жены травили мужей, отцов и братьев, а «порошок наследника» был самым ходовым товаром у многочисленных ворожей и колдунов. Аббаты служили «черные мессы» над обнаженными женскими телами, а офицеры гвардии открывали алхимические лаборатории, продавая отраву всем желающим.


Знаменитое «Дело о ядах» с 1675 по 1682 годы наделало столько шума, что даже Александр Дюма-отец напишет о нем в своем произведении «История знаменитых преступлений».



Маркиза-отравительница

Порошок наследников: охота на отравительниц в эпоху Людовика XIV Париж, Сатанисты, Черная месса, Людовик XIV, Знать, История, Длиннопост

Портрет Маркизы де Бренвилье



«В этой женщине было одновременно нечто и от Локусты, и от Мессалины; даже в древности мы не находим ничего подобного». Так описывает Дюма маркизу де Бренвилье, с которой и началось «Дело о ядах».


Мари-Мадлен-Маргарита — так звали будущую маркизу — родилась в 1630 году в семье весьма влиятельного и богатого судьи. Как утверждает британская исследовательница Анна Сомерсет в своей книге «Дело о ядах: убийства, инфантицид и сатанизм при дворе Людовика XIV», детство у будущей маркизы не задалось.


В семилетнем возрасте она потеряла девственность, а позже, уже в возрасте десяти лет, сожительствовала со своими родными братьями, как она утверждала в своих воспоминаниях: «совершала инцест три раза в неделю, возможно, триста раз». Неизвестно, насколько об этом был осведомлен ее отец, но когда ее выдали за маркиза де Бренвилье, Мари продолжила вести распутный образ жизни, поощряемая супругом — таким же распутником и мотом.

Порошок наследников: охота на отравительниц в эпоху Людовика XIV Париж, Сатанисты, Черная месса, Людовик XIV, Знать, История, Длиннопост

Когда пошли слухи о том, что замужняя дочь в открытую появляется в обществе со своим новым любовником, гвардейским офицером, капитаном Жаном де Сент-Круа, ее отец решил устроить парочке размолвку, и посадил молодого человека в Бастилию.


Там капитан познакомился с итальянским алхимиком по имени Антонио Экзили, также известныма как Николо Эгиджио, профессиональным отравителем, ранее служившим шведской королеве Кристине. Обучившись во время заключения мастерству изготовления ядов, после освобождения Жан собрал свою алхимическую лабораторию.


Правда, Анна Сомерсет в своей книге подвергает это сомнению: за шесть недель в тюрьме де Сент-Круа не овладел бы тонкостями такого искусства. В большей степени обучению мог способствовать придворный ученый Кристоф Глазер, с которым по службе мог пересекаться гвардейский офицер. Глазер был видным ученым своей эпохи. Он известен как автор книги с безобидным по нашим меркам названием «Справочник по химии» (1663), пережившей множество изданий. В ней он предлагал рецепты исцеляющего порошка из черепа человека, умершего от насильственной смерти, или мази из раствора, извлеченного из свежей мочи детей в возрасте от восьми до двенадцати лет. Также в его честь назван минерал глазерит.


Любовница Сент-Круа быстро прознала о его умениях, а по слухам, даже помогала в тестировании действия ядов, давая их своим слугам и пациентам городских лечебниц для бедняков. Позже мадам де Бренвилье утверждала, что Глазер разработал уникальную формулу, которая намного превосходит более легкодоступные яды и которую Сент-Круа приобрел у него.


Набравшись опыта, маркиза через своего доверенного слугу по имени Гаскон начала травить своего отца. Лакей подмешивал небольшие дозы яда в еду в течение восьми месяцев, а когда отец уже лежал на смертном одре, дочь сама ухаживала за больным, подмешивая последние дозы яда ему в бульон. Став наследницей немалого состояния и быстро его промотав, маркиза взялась за братьев, устроив к ним на службу другого доверенного слугу, Жана Амелена со странным прозвищем Лашоссе (фр. «тротуар»).

Порошок наследников: охота на отравительниц в эпоху Людовика XIV Париж, Сатанисты, Черная месса, Людовик XIV, Знать, История, Длиннопост

Маркиза травит отца



Тот отлично втерся в доверие, и совершал свою черную работу так, что в конце, последний из умирающих братьев, уже понимая, что его травят, все еще доверял Амелену. Когда оба брата скончались в мучениях, маркиза решила избавиться и от сестры-монахини, а заодно и от дочери. Но тут вмешалась случайность.


Дело в том, что ее любовник, де Сент-Круа уже давно побаивался своей возлюбленной, поэтому собирал на всякий случай доказательства ее дел. В небольшой шкатулке он хранил письма, где маркиза признавалась в убийстве отца, а также флаконы с ядом. По одной из версий, однажды в процессе очередного алхимического эксперимента капитан надышался испарений и умер; полиция обнаружила в его лаборатории доказательства преступлений, от которых вздрогнул весь Париж. Правда, Сомерсет утверждает, что все было гораздо прозаичней: горе-алхимик просто умер после болезни — а вот история со шкатулкой, кажется, правдивая.


Маркизу подвела её же собственная глупость. После смерти Сент-Круа никто не собирался проводить какое-либо расследование. В самом начале процесса в руке мертвого был обнаружен бумажный свиток с надписью «Мое признание». Поскольку капитана тогда не подозревали ни в каких преступлениях, было решено, что тот просто признается в мелких грешках — а значит, бумага попадает под тайну исповеди — и по общему согласию ее сожгли.


И никто не стал бы интересоваться шкатулкой, если бы не пришел лакей маркизы, и не стал требовать ее, вызвав таким образом подозрение полицейских. Которое еще больше укрепилось, когда сама маркиза прибыла к начальнику полиции с требованием отдать ей эту самую шкатулку.


После такого интереса маркизы, у которой недавно так удачно для нее скончался отец и два брата, полицейские решили проверить, что лежит в заветной шкатулке. И обнаружили там обличающие маркизу документы и некие вещества во флаконах.


Решили проверить флаконы на животных. Кошка, собака и петух скончались в мучениях, подтвердив, что там были яды, и полиция, арестовав слугу и пытав его, выяснила про дела маркизы, а та, ударилась в бега.

Порошок наследников: охота на отравительниц в эпоху Людовика XIV Париж, Сатанисты, Черная месса, Людовик XIV, Знать, История, Длиннопост

Арест маркизы



Ее арестовали через некоторое время в монастыре, где она написала «Исповедь», в которой рассказала и о сексуальной связи с братьями, и об убийствах. Во время конвоирования до Парижа она много раз пыталась покончить с собой, неоднократно глотая стекло и булавки, а также, как пишет в своей книге Анна Сомерсет, пыталась пронзить себя острой палкой, вставленной во влагалище.

Порошок наследников: охота на отравительниц в эпоху Людовика XIV Париж, Сатанисты, Черная месса, Людовик XIV, Знать, История, Длиннопост

Пытка маркизы: отравительницу заставили выпить 16 пинт воды


После расследования и многочисленных пыток в июле 1676 года король приказал казнить маркизу, несмотря на ее высокое положение — и палач обезглавил ее на площади. После этого тело сожгли, а пепел развеяли над городом, и вроде бы все должно было успокоиться.



Париж сатанистов и отравителей

Порошок наследников: охота на отравительниц в эпоху Людовика XIV Париж, Сатанисты, Черная месса, Людовик XIV, Знать, История, Длиннопост

Перед тем как отправиться на эшафот, на суде маркиза де Бренвилье заявила следующее: «Половина тех, кого я знаю, — людей знатных — занята тем же, что и я… Я потяну их за собой, если решу заговорить». Она вполне могла это знать, так как вращалась в высоких кругах — среди этой самой знати. Король, взбудораженный этим заявлением, приказал генералу-лейтенанту парижской полиции Габриэлю Никола де ла Рейни вплотную заняться расследованием. Генерал занялся, раскопав немало любопытной информации.


Адвокат по фамилии Перрен донес генералу, что на одной из пирушек встретил гадалку по имени Мари Босс: та хвалилась, что к ней ходят многие знатные дамы за ядами. К ней была отправлена жена одного из полицейских. Та пожаловалась на мужа, и гадалка вручила ей баночку с ядом, после чего была арестована — и начала сдавать своих подельниц и соперниц по опасному бизнесу.


Оказалось, что весь Париж опутан сетью колдунов, астрологов и ворожей, которые по заказу занимаются гаданием, а если клиенту хочется — и подправлением судьбы с помощью колдовских ритуалов и яда. И что самое неприятное — к ним часто обращаются женщины из высшего света, которым надоел муж или богатенький отец. Парижане даже с иронией стали называть яд «порошком наследников», настолько этот способ решения финансовых проблем был популярен.


Страх перед отравителями был так велик, что как писал современник, в городе стояла атмосфера полного недоверия окружающим: «Каждый глаз не спускал с соседа, и даже члены одной семьи подозревали друг друга… Брат или сестра не решались есть или пить то, что им подавали другой брат или другая сестра».


Да и сами ворожеи друг друга отнюдь не жаловали. Например, когда гадалка по имени Монтиньи гостила у коллеги по имени Ла Шерон, она вытерла лицо платком, оставленным Мари Босс — и у нее начало резко опухать лицо. Колдуньи решили, что платок был пропитан токсичным веществом, и Ла Шерон спасла подругу, помочившись в туфлю, и заставив ее выпить, вызвав таким образом рвоту.


По приказу короля для расследования подобных преступлений была создана «Огненная палата». В 16-м веке аналогичный трибунал учреждали для рассмотрения дел о ереси. По традиции он заседал в Арсенале, в комнате, обтянутой черной тканью и освещенной факелами.

Порошок наследников: охота на отравительниц в эпоху Людовика XIV Париж, Сатанисты, Черная месса, Людовик XIV, Знать, История, Длиннопост

Людовик XIV



Гадалки и ворожеи занимались и другими услугами для знатных дам — изготавливали приворотные зелья и принимали караемые в то время смертной казнью аборты. Причем это не мешало им считать себя образцовыми христианками. Например, одна из них, мадам Лепер, заявляла, что она спасала души зародышей, так как крестила их и хоронила на освященном кладбище, хотя многие просто закапывали их в саду или сжигали в печи.


После ареста многих гадалок, вскрылись другие подробности их деятельности. Оказалось, что кроме простого отравления, знатные дамы иногда заказывали «черные мессы» — обряды сатанистов, в которых участвовали некоторые священники.


Арестовав одного из них, некоего аббата Гибура, полицейские узнали, как проходили такие мессы. Для этого нужна была девушка и часто это были сами гадалки, но иногда пользовались проституткой, а были случаи, когда сами благородные дамы участвовали в подобном ритуале.

Порошок наследников: охота на отравительниц в эпоху Людовика XIV Париж, Сатанисты, Черная месса, Людовик XIV, Знать, История, Длиннопост

Черная месса



Обнаженная женщина лежала на матрасе, опираясь на два стула, расположенных довольно близко друг к другу. Голова высовывалась назад через одну сторону, находясь на подушке, помещенной в другое немного более низкое кресло, в то время как на другом конце ноги оставались висящими. На ее живот клали крест и чашу и над ним читали заклинание, принося в жертву ребенка, которого обычно покупали у нищих. Кровь ребенка сливали в чашу, а из внутренностей и сердца делали магические эликсиры.


Рассказывая о «черных мессах», Гибур упомянул такие подробности, от которых уже сам король Луи пришел в замешательство.



Всесильная фаворитка

Порошок наследников: охота на отравительниц в эпоху Людовика XIV Париж, Сатанисты, Черная месса, Людовик XIV, Знать, История, Длиннопост

Соседка



Как утверждал аббат-сатанист, в нескольких ритуалах участвовала мадам де Монтеспан, фаворитка Людовика-XIV, родившая ему семерых детей, и долгое время имевшая на него неограниченное влияние. При этом, Гибур утверждал, что дама во время ритуала была обнажена, и лишь лицо и одну грудь она закрыла вуалью. Целью же «черной мессы» было вернуть утраченное на короля влияние.


Тряхнув других арестованных ворожей, выяснили, что к одной из них, наиболее знаменитой Катри́н Монвуазе́н по прозвищу «Соседка», не раз приходила служанка фаворитки, мадемуазель Дэз-Ойе, и заказывала приворотные зелья.


А тот же аббат Гибур рассказал о ритуале, в котором участвовала мадемуазель Дэз-Ойе, целью которого была смерть короля. В чашу налили ее менструальную кровь, затем некий англичанин, имени которого аббат не назвал, мастурбировал в сосуд, после чего туда добавили кровь и муку из сушеных летучих мышей и прочитали над этим заклинание.

Порошок наследников: охота на отравительниц в эпоху Людовика XIV Париж, Сатанисты, Черная месса, Людовик XIV, Знать, История, Длиннопост

Более того, дочь этой самой «Соседушки», призналась, что ее мать хотела по заказу мадемуазель Дэз-Ойе отравить короля, передав ему прошение, написанное на бумаге, пропитанной токсичным веществом. Также она планировала убить новую фаворитку любвеобильного Луи, Анжелику де Фонтанж, продав ей отравленные перчатки и кусок ткани.


После таких открытий король, не желавший выносить сор из избы, лично изъял и уничтожил все признания, бросавшие тень на его фаворитку, а все, кто давал показания против нее, были отправлены в дальние крепости, и так и сгнили там. Деятельность же «Огненной палаты» была постепенно свернута.


Самое же любопытное, что несмотря на то, что по делу отравителей проходили принцесса, три герцога, три маркиза, четыре герцогини, две графини, одна виконтесса и многочисленные нетитулованные дворяне, казнена была только маркиза де Бренвилье. Остальные либо получили штрафы, либо уехали на время из страны, либо вообще отделались легким испугом. Мадам де Монтеспан не получила никакого наказания, но король окончательно охладел к ней.

Порошок наследников: охота на отравительниц в эпоху Людовика XIV Париж, Сатанисты, Черная месса, Людовик XIV, Знать, История, Длиннопост

Мадам де Монтеспан с детьми от короля



А вот простонародье пострадало гораздо больше. Казнили тридцать шесть человек, в основном изготовителей ядов. В их числе на костер отправилась «Соседушка». Она до последнего отбивалась от охраны и даже пыталась затушить костер. На ее казнь привели посмотреть ее четырнадцатилетнюю дочь, чтобы она не повторила судьбу матери.


Гибур же, как и другие священники-сатанисты, которые были арестованы по этому делу, отправились в тюрьмы, где и умерли.


В 1682 году король объявил вне закона деятельность всех магов, колдунов и ворожей. И если это и дало какой-то эффект, то временный. Еще при жизни «короля-солнце», в 1702 году полиция разгромила новую сеть колдунов, ворожей и отравительниц, возглавляемую Марией-Анной де Ла Вилле. В детстве она увлекалась оккультизмом, и пыталась вызвать демонов.


Затем создала команду из охотников на сокровища, которые пытались искать их с помощью заклинаний. Позже она открыла свои «салоны магии», где занималась тем же, за что в свое время казнили десятки человек.


Во время расследования выяснилось, что частью высокопоставленных клиентов Ла Вилле были бывшие клиенты «Соседушки», все еще нуждавшиеся в черной магии и «порошке наследников».

P S:  Баянометр ругался на схожий пост

https://disgustingmen.com/history/yady/

Показать полностью 10
41

Генетическая картина викингов

На днях вышло масштабное исследование эпохи викингов (Population genomics of the Viking world) - было изучено 442 геномов древних людей со всей Европы (в т.ч. Фарерских островов, Эстонии), Исландии и Гренландии от бронзового века (около 2400 г. до н.э.)  до периода около 1600 года. Российские образцы были взяты в основном из Ладоги и Гнёздово,

Все древние образцы делятся на 5 категорий: Бронзовый век (BA) - c 2500 до н. э. - 900 до н. э.; Железный век (IA)  c 900 до н. э. до 700 г. н. э.; ранний век викингов (EVA) - c 700 до 800 CE; Эпоха Викингов (VA) c 800 до 1100 ; средневековье c 1100 до 1600 .

Генетическая картина викингов Викинги, Генетика, Варяги, Скандинавия, Популяционная генетика, Швеция, Ладога, Длиннопост, Геном

"Ядром" эпохи морских набегов считают Данию, Норвегию и Швецию.К концу железного века в 8 веке н. э. Скандинавия образовала лоскутное одеяло конфликтующих и конкурирующих земель с общим культурным фоном. За несколько веков  эти войны достигли Северной Америки (Wallace, B. The discovery of Vinland. in The Viking World 604–612 -Routledge London, UK, 2008), заселили Гренландию и Исландию, попали на Русь, а также отметились в Византии в составе "варяжской стражи". Принято считать, что миграцию и набеги на запад осуществляли в основном люди из тех мест, где сейчас находятся Норвегия и Дания (9-10 века нашей эры.) В отличие от западных движений, обычно считается, что экспансия на восток осуществлялась шведскими викингами, торговавшими по судоходным речным системам и сухопутным караванным маршрутам . Шведским викингам также приписывают участие в формировании первого русского государства.

Eriksen, M. H., Pedersen, U., Rundberget, B. & Axelsen, I. Viking Worlds: Things, Spaces and Movement. (Oxbow Books, 2014).
Sindbæk, S. M. & Trakadas, A. The World in the Viking Age. (Viking Ship Museum in Roskilde, 2014).

Итоги: исследователи сделали вывод, что компоненты из Норвегии, Швеции и Дании всё же можно различить между собой. В то время как в целом особи из большинства скандинавских поселений ЭВ имеют смешанные (датские, норвежские и шведские) генетические корни, особи ва из Ютландии (Дания) не имеют значительных шведских или норвежских генетических компонентов. Юго-западная часть Швеции в Эпоху Викингов генетически более похожа на датские популяции VA, чем восточные районы материковой Швеции (т. е. область вокруг долины Меларен), вероятно, из-за географических барьеров, которые препятствовали потоку генов в Швеции.

Генетическая картина викингов Викинги, Генетика, Варяги, Скандинавия, Популяционная генетика, Швеция, Ладога, Длиннопост, Геном

Викинги-британцы. "Датско-подобный" компонент родословной более выражен в современной Англии. Важно, отметить, что в настоящее время сложно отличить датское происхождение на Британских островах от англов-саксов-ютов-фризов, которые мигрировали в 5-6 веках нашей эры из Ютландии и Северной Германии. Иначе выглядят 4 образцы (VK201, VK202, VK203 и VK207) которые примерно на 85% имеют местных предков и генетически похожи на современные ирландские и шотландские популяции.

Датчане как авангард викингов. Результаты соответствуют палеодемографическим исследованиям, основанным на данных топонимики и археологических данных, свидетельствующих о том, что плотность населения в Дании была выше, чем в других странах Скандинавии эпохи викингов  . Поток генов из Дании на север также параллелен языковому сродству средневековых скандинавских языков: в исландском тексте 12-го века Grágás говорится, что общим языком шведов, норвежцев, исландцев и датчан был dǫnsk tunga ("датский язык"). Наличие датского происхождения у древнего образце из Гнездова (Восточная Европа - Россия) указывает на то, что восточные миграции не были полностью составлены викингами из Швеции.

Викинги-пикты. Интересными выглядят и результаты с самого севера Великобритании. 4 образцв обладали местными генетическими предками с небольшим скандинавским вкладом. VK204 и VK205 - показали 50% норвежских и датских предков.  Тем не менее, аналогичный индивид был найден в Ирландии (VK545) и 5 в Скандинавии, подразумевая, что пиктские популяции были интегрированы в скандинавскую культуру в эпоху викингов.

Генетическая картина викингов Викинги, Генетика, Варяги, Скандинавия, Популяционная генетика, Швеция, Ладога, Длиннопост, Геном

Викинги с саамскими корнями. Хотя большинство геномов викингов в Скандинавии и Европе показывают родство с датским, норвежским, шведским или британским населением, есть некоторые заметные исключения. Индивилы (VK518 и VK519), происходящих из северных районов Норвегии имеют сходство с современными саамами.


VK519  является смешанным индивидуумом как с норвежскими, так и с саамскими предками - представляется, что генетические контакты между этими группами уже происходили в Норвегии.

Эланд и Готланд. Выбиваются из общей картины шведские острова в Балтийском море - Эланд и Готланд. Вероятно, из-за того, что они были важными торговыми пунктами еще  с римского периода [Andersson, K. I skuggan av Rom: romersk kulturpåverkan i Norden. (Atlantis, 2013).]. На Готланде гораздо больше датских, британских, балтийских и финских генетических компонентов, чем шведских, что подтверждает мнение о том, что остров, возможно, был отмечен обширными морскими контактами во время VA. На Эланде в Швеции  высокое генетическое разнообразие и самые изменчивые образцы.

Миграции в Скандинавию в эпоху Викингов. Обратные миграции должны были принести не-скандинавский компонент. Западные регионы Скандинавии имеют гораздо более высокий вклад  из  Британских островов, по сравнению с восточными регионами Швеции. В Швеции же сильнее вклад из региона Балтики. Несколько особей эпохи викингов отмечены большим количеством южноевропейских предков  - в Дании и Юго-Западной Швеции.

Первые набеги: в Сальме (Эстония) более 40-ка мужчин-викингов похоронены в двух лодках в сопровождении оружия . Важно отметить, что погребение лодки Сальме предшествует первому текстуально документированному набегу (в Линдисфарне в 793 году). Сравнивая геномы 34 особей из погребения Сальме с помощью анализа родства, мы обнаруживаем, что эти элитные воины включали родных братьев, близких родственников и людей с общими предками. Это говорит о том, что этот рейд проводился генетически однородными людьми высокого статуса. Изотопный анализ показывают, что рейд вышел из района Меларен на востоке Швеции.

Родственники, разделенные морем. (VK279) был найден в Дании, а его близкий родственник (VK144) был найден в Великобритании (Оксфорд). Родственные узы  у мужчина на острове Эланд (VK342) и женщина из Skämsta, Уппсала (VK527) - причем у них было одинаковое аномальное развития скелета.

Пигментация. фенотип пигментации у скандинавов VA, возможно, не сильно отличался от современных жителей региона. Тем не менее, важно подчеркнуть, что существует довольно много вариаций образцов и что поэтому сложно выделить "фенотип Викинга". Самый качественных охват генетических данных у 2 образцов: VK42 из Скары, Швеция, имеет аллели, связанные с карими глазами и более темной окраской волос, в то время как VK1 из Гренландии, вероятно, имел голубые глаза и светлые волосы.

Гаплогруппы. Это по истине фундаментальная работа дает очень много информации. Поэтому дам некоторые результаты из России и Польши. (Male - мужчина, Female - женщина)

VK14 Russia_Ladoga_5680-12 Russia Ladoga Ladoga 10-12th centuries  Male I1 J1c1a

VK158 Russia_Pskov_7283-18 Russia Pskov Pskov 10-11th centuries CE  Female N/A N1b1a

VK159 Russia_Pskov_7283-20 Russia Pskov Pskov 10-11th centuries CE  Male R1b1a1b1a1 U2e2a1d

VK160 Russia_Kurevanikka_7283-3 Russia Kurevanikha Kurevanikha 10-13th centuries CE  Male R1a1a1b1a1a1c1c C4a1a+195

VK161 Russia_Kurevanikka_7283-4 Russia Kurevanikha Kurevanikha 10-13th centuries CE  Male F T2b

VK20 Russia_Ladoga_5680-1 Russia Ladoga Ladoga 1062 ± 27  Male I1 H6c

VK21 Russia_Ladoga_5680-18 Russia Ladoga Ladoga 10-12th centuries CE Female N/A H5a1

VK22 Russia_Ladoga_5680-13 Russia Ladoga Ladoga 10-12th centuries CE Male I T2b

VK23 Russia_Ladoga_5680-9 Russia Ladoga Ladoga 10-12th centuries CE  Male I1 U4a1a

VK200 Poland_Czersk gr. 609 Poland Czersk Czersk 11-12th centuries CE  Male R J1b1a1b

VK211 Poland_Cedynia gr. 435 Poland Cedynia Cedynia 11-13 centuries CE  Male R1b1a1b W6

VK212 Poland_Cedynia gr. 558 Poland Cedynia Cedynia 11-12th centuries CE  Male R1a1a1b H1+152

VK218 Russia_Ladoga_5680-4 Russia Ladoga Ladoga 10-12th centuries CE  Male R1b1a1b1a1a2c H5

VK219 Russia_Ladoga_5680-10 Russia Ladoga Ladoga 992 ± 27 1.581 Male I1a1b1 T2b6a

VK220 Russia_Ladoga_5680-11 Russia Ladoga Ladoga 10-12th centuries CE  Male I1a1 J2b1a

VK221 Russia_Ladoga_5757-14 Russia Ladoga Ladoga 911+-27  Male I1a1b1 K1d

VK223 Russia_Gnezdovo 75-140 Russia Gnezdovo Gnezdovo 10-11th centuries CE Male I1a H13a1a1c

VK224 Russia_Gnezdovo 78-249 Russia Gnezdovo Gnezdovo 10-11th centuries CE  Male N1a1a1a1a1a H7a1

Показать полностью 2
525

В Москве собрались ведущие генетики мира. Их доклады.

Международная конференция Российской академии наук «Столетие популяционной генетики человека» («Centenary of Human Population Genetics») состоялась в Москве с 29 по 31 мая 2019. Конференцию – открыли заместитель декана биофака МГУ Александр Рубцов и научный руководитель ИОГен РАН, академик Николай Янковский.

История популяционной генетики человека отсчитывают с публикации  статьи Людвика Хиршфельда (Hirschfeld, 1919). Это было первое исследование, открывшее разную частоту групп крови у разных этносов.

В Москве собрались ведущие генетики мира. Их доклады. Генетика, Популяционная генетика, Человек, Гены, Конференция, Балановский, Наука, Длиннопост

Крис Тайлер-Смит (Институт Сэнгера, Великобритания) рассказал о том, как формировалось представление о генетической изменчивости населения Земли. Он остановился на доказательствах африканского происхождения современного человека по изучению разнообразия митохондриальной ДНК и отметил динамику методов исследования – от однородительских генетических маркеров к полногеномному секвенированию. По его словам, полногеномное секвенирование дает возможность «в одном геноме увидеть отражение всей популяции».

В Москве собрались ведущие генетики мира. Их доклады. Генетика, Популяционная генетика, Человек, Гены, Конференция, Балановский, Наука, Длиннопост

Олег Балановский (ИОГен РАН, председатель Оргкомитета конференции) рассказал об истории генетики в СССР и России. Профессора Московского университета внесли огромный в развитие этой науки:  Сергей Четвериков обратил внимание на скрытую изменчивость в человеческих популяциях,  Николай Дубинин, открыл явление «генетического дрейфа» (независимо от Сэмюэля Райта), Александр Серебровский ввел термины «генофонд» и «геногеография»,. Вспомнил он и Феодосия Добржанского, одного из основателей синтетической теории эволюции.

Во времена Лысенковщины для генетики наступили плохие времена, но в 1969 состоялось повторное открытие Медико-генетического научного центра. Виктор Бунак и Яков Рогинский исследовали вариации групп крови в человеческих популяциях. Выдающийся генетик Юрий Рычков вместе с антропологом Георгием Дебецом создал первый картографический атлас вариабельности в популяциях; его дело продолжили ученики: И. Перевозчиков, Виктор Спицын, О. Курбатова и Елена Балановская. Рычков и Балановская разработали первые компьютерные базы данных – еще в 70-е годы, когда не было компьютеров. Картографический подход к генетике развивался параллельно в Советском Союзе и в западных странах

1990-е это период ДНК. В стране возникли 4 ведущие лаборатории: В Москве, Бориса Малярчука в Магадане, Вадима Степанова в Томске, Эльзы Хуснутдиновой в Уфе. Настоящей Меккой для Восточной Европы был Эстонский биоцентр в Тарту, прорывными - труды Рихарда Виллемса.

Балановский рассказал и о работе его команды:  в лаборатории проводятся от 5 до 10 экспедиций ежегодно. За 20 лет работы обследовано 300 популяций коренных народов, собраны 30 тыс. образцов и создан Биобанк Северной Евразии. Он охватывает регионы: Кавказ (75 популяций), Волго-Уральский (56 популяций), Центральная Азия (53 популяции), Сибирь и Дальний Восток (48 популяций), Ближний Восток (73 популяции). Биобанк работает с программным обеспечением GENEGEO – это картографическая программа, разработанная для анализа генофондов. На обобщенных картах Олег Балановский продемонстрировал генетическое разнообразие по мтДНК и по Y-хромосоме. Представил также и карту широкогеномного разнообразия популяций человека, включающую 914 популяций и 6356 образцов – собранных по 31 опубликованным статьям и неопубликованным данным лаборатории.

В Москве собрались ведущие генетики мира. Их доклады. Генетика, Популяционная генетика, Человек, Гены, Конференция, Балановский, Наука, Длиннопост

Вольфганг Хаак (Институт наук об истории человека Общества Макса Планка, Германия) рассказал об исследованиях древней ДНК и реконструкции генетической истории Европы. Один из основных вопросов, которые пытаются решить палеогенетики – происходил ли переход от охоты и собирательства к оседлому образу жизни и производящему хозяйству путем миграции людей или идей?

Поскольку анализ древней ДНК показывает, что ранние европейские земледельцы генетически отличались от местных охотников-собирателей, данные говорят в пользу миграции людей, то есть диффузии. А в последующий период среднего неолита произошло увеличение генетического компонента охотников-собирателей на большей части Европы. Хаак перечисляет три основных источника европейского генофонда и переходит к четвертому, самом бурно обсуждаемому. Это генетический компонент степных кочевников ямной культуры, который достиг Центральной Европы около 4500 лет назад и составил 3/4 генофонда населения культуры шнуровой керамики в Центральной Европе. Этот компонент в дальнейшем достиг как Южной, так и Северной Европы, сохранился он и у современных европейцев.

По мнению Хаака, распространение этого степного генетического компонента можно связать с экспансией групп населения, говорящих на индоевропейских языках. Таким образом, генетические данные согласуются со степной гипотезой распространения ИЕ языков, но не с анатолийской гипотезой. О том же говорят и данные генетических исследований древнего возбудителя чумы – палео-эпидемиологический сценарий согласуется с реконструкцией генетической истории Евразии.

Мартин Сикора (Университет Копенгагена) напомнил, что в 2010 г. был секвенирован первый древний геном палеоэскимоса, образец Саккак. Он изложил материалы недавно вышедшей статьи в Nature. В работе были секвенированы 34 древних генома из Северо-Восточной Сибири и Юго-Восточной Азии. У образцов с Янской стоянки (31 тыс. лет назад) на севере Сибири обнаружена генетическая близость к западноевразийским охотникам-собирателям (геном со стоянки Сунгирь). В то же время образец Тяньянь в Китае (40 тыс. лет назад) генетически близок к восточным евразийцам. Авторы делают вывод, что основная ось генетического разнообразия Евразии (восток-запад) была создана около 40 тыс. лет назад. Более поздний образец Колыма-1 (9800 лет назад) оказался генетически близок к современному населению Камачтки и Чукотки, а также к американским индейцам. Еще более молодые сибирские геномы обнаруживают большую близость к восточноазиатскому населению. Исходя из этого, в статье предложена демографическая модель заселения северо-востока Евразии, состоящая из трех волн.

В Москве собрались ведущие генетики мира. Их доклады. Генетика, Популяционная генетика, Человек, Гены, Конференция, Балановский, Наука, Длиннопост

Яли Сью (Институт Сэнгера, Великобритания).

Рассказывала о работе, в которой было изучено 929 генома из 54 популяций,-проеккт Human Genome Diversity Project. Результаты говорят о глубоком и постепенном разделении популяций в пределах Африки, о сильной генетической дифференциации за пределами Африки, о наличии ранее не известных генетических вариантов в Африке, Океании, Северной и Южной Америке. Выявлена контрастная история изменения размеров популяций между группами охотников-собирателей и земледельцев за последние 10 тысяч лет. А также глобальный рост численности популяций в процессе заселения Северной и Южной Америки. Авторы также нашли множество континентально- и популяционно-специфических структурных вариаций генома, которые могли быть поддержаны отбором. Некоторые из них, вероятно, происходят от заимствований из геномов древних видов человека (неандертальцы и денисовцы), последние получили распространение в современных популяциях Океании.

Будет продолжение..

Показать полностью 3
600

Сколько у человека хромосом?

Сейчас на этот вопрос многие знают ответ со школы. Кто запамятовал, может легко узнать это на Википедии — 23 пары или 46 хромосом. Но более 30 лет весь учёный мир был уверен, что хромосом 48 и никто не удосуживался их пересчитать!

Сколько у человека хромосом? Биология, Генетика, Эволюция, Человек, История, Хромосомы, Человек наук, Длиннопост

Число 24 возникло в 1921 году, когда техасец Теофилус Пейнтер пытался посчитать количество хромосом в срезах семенников трёх казнённых преступников. Значительно позже будут изобретены методы, которые позволят отделить хромосомы в ядре друг от друга, сделав задачу их подсчёта простой даже для ребёнка. Но тогда учёному приходилось смотреть на скучившиеся нити в ядрах крошечных клеток. «Я пришёл к убеждению, что это число верно» в конце концов говорит он про 24 пары

Сколько у человека хромосом? Биология, Генетика, Эволюция, Человек, История, Хромосомы, Человек наук, Длиннопост

Фото хромосом разделённых современным методом. Сможете посчитать самостоятельно? ;)

Ни у кого не было мысли оспорить установленный факт. Доходило даже до того, что группа учёных прервала исследование клеток печени человека, насчитав в них 23 пары хромосом!

Ситуация напоминает забавную историю с Аристотелем, который утверждал, что у мухи 8 ног, хотя само насекомое уверенно сказало бы, что их 6. Авторитет великого философа во времена Средневековья был так высок, что никто не смел оспорить этот факт! Если же кому-то удавалось поймать муху и посчитать количество ног, то скорее делался выход, что это какая-то неправильная муха, чем что авторитетнейший источник мог ошибаться

Сколько у человека хромосом? Биология, Генетика, Эволюция, Человек, История, Хромосомы, Человек наук, Длиннопост

Но ошибка с количеством человеческих хромосом была ещё менее очевидной. Ведь у наших ближайших родственников — обезьян, их именно 48! Люди в этом плане уникальны. Дело в том, что наша 2 хромосома — это две соединившиеся вместе хромосомы приматов

Сколько у человека хромосом? Биология, Генетика, Эволюция, Человек, История, Хромосомы, Человек наук, Длиннопост

Это произошло потому что небольшая группа наших предков была отделена от большей части своей популяции — возможно, каким-то природным препятствием: наводнением или расколом суши. Среди этих особей происходили близкородственные скрещивания, что приводило к накапливанию мутаций. В генетике это называется эффектом бутылочного горлышка

Сколько у человека хромосом? Биология, Генетика, Эволюция, Человек, История, Хромосомы, Человек наук, Длиннопост

В какой-то момент 2 хромосомы в клетке объединились, что раз и навсегда отделило наш вид от других приматов! От родителей с разным количеством хромосом уже не может родиться здоровое потомство

Сколько у человека хромосом? Биология, Генетика, Эволюция, Человек, История, Хромосомы, Человек наук, Длиннопост

Вот такая непростая история стоит за очевидным школьным фактом. Всегда помните, что в науке необходимо мыслить критически!

Моя группа ВК и телеграм

Показать полностью 5
34

Генетический портрет нанайцев

Нанайцы - коренной народ Дальнего Востока, численностью 11-12 тысяч человек. Исчезающий нанайский язык относится к тунгусо-маньчжурской общности. Народы с "близкими" языками - эвенки, орочи, ульчи.

Генетический портрет нанайцев Нанайцы, Популяционная генетика, Генетика, Генофонд, Дальний Восток, Коренные народы, Гены, Длиннопост

Генофонд двух крупнейших родовых групп самар и бельды был  исследован специалистами Медико-генетического научного центра и Института общей генетики РАН при участии коллег из российских научных организаций (Комсомольск-на-Амуре, Новосибирск, Кызыл, Уфа) и Казахстана. Авторы статьи в журнале "Генетика"  Ю.В. Богунов и  Е.В. Балановская.

Судя по историческим данным кланы бельды (бэлдай) и самар (самагир) формировались независимо друг от друга. Этнографы и историки предполагают, что клан бельды сформировался на основе трех компонентов: автохтонного, тунгусоязычного и приморского (включая айнов). Считается, что самагир образовался с помощью миграций тунгусоязычных популяций Забайкалья, ассимилировавших аборигенное население левого притока Амура.

Генетический портрет нанайцев Нанайцы, Популяционная генетика, Генетика, Генофонд, Дальний Восток, Коренные народы, Гены, Длиннопост

По анализу Y-хромосомного генофонда бельды (70 образцов) были выявлены 3 доминирующие гаплогруппы: N3, C2 и О - вместе 98%. «Североевразийская» гаплогруппа N3 (39%) представлена характерной для популяций Приамурья ветвью N3a6 (36%). Другие ветви: N3a2, характерная для Северо-Восточной Сибири, Центральной Азии и Дальнего Востока, + восточноевропейская N3a3 – представлены единичными носителями. (Разделение ветвей N3 началось 13 тыс. лет назад)

«Восточноевразийская» гаплогруппа С2 (37%) у бельды представлена четырьмя субветвями  С2b1a, характерной для коренных народов Сибири и Дальнего Востока. «Восточноазиатская» О (22%) представлена в основном субветвью О1 (12%).

У мужчин самар (38 образцов) преобладает приамурская субветвь N3a6 — 84%. Остальные 16% их генофонда представлены  носителями гаплогрупп О1b, С2b1a и J2a1a.

Несмотря на то, что кланы этнографами не считаются родственными, их генетические портреты показывают преобладание Амурского варианта N3a6, а небольшое генетическое расстояние также указывает на близость (d = 0.11). При этом оба клана находятся на значительном генетическом расстоянии от остальных изученных авторами народов Приамурья - ульчей и негидальцев.

Исследователи построили филогенетическую сеть N3a6 каждый из кланов образовал свои собственные генетические кластеры.(актанко и перменко - крупные рода внутри бельды)

Генетический портрет нанайцев Нанайцы, Популяционная генетика, Генетика, Генофонд, Дальний Восток, Коренные народы, Гены, Длиннопост

На основе этого авторы выдвинули гипотезу о двух независимых путях миграции носителей N3a, сформировавших два самых крупных клана нанайцев. Причем по времени эти миграции были разделены: возраст γ-кластера клана самар (1400 ±500 лет) почти вдвое превышает возраст α-кластера бельды (800 ± 500 лет). На то, что клан самар более древний, чем бельды, указывает и более высокое  разнообразие вариантов N3a у самар.

Богунов Ю.В., Жабагин М.К., Богунова А.А., Каменщикова Е.Н., Мальцева О.В., Беленикин М.С., Короткова Н.А., Дамба Л.Д., Юсупов Ю.М., Янковский Н.К., Балановский О.П., Балановская Е.В. Генофонд коренных народов Дальнего Востока: генетическая реконструкция происхождения нанайских родов (бельды и самар) // Генетика. 2018. Т.54. Приложение. с. S99–S102. DOI: 10.1134/S0016675818130052.

Показать полностью 1
Похожие посты закончились. Возможно, вас заинтересуют другие посты по тегам: