А вообще дыр много.
Ну не каждый день все же их пытаются взорвать, так что небольшой ступор это нормально, да и кроме прочего есть шансы что не понимая что происходит Джон и Шерлок замешкаются даже если выполнят команду "бегите" видя пример убегающего Майкрофта. Быть всегда начеку и готовым отразить удар утомляет, в большинстве своем те кто не свихнулся на фоне паранои могут быть застигнуты врасплох.
Желай их убить закинули бы обычную гранату, или заминировали незаметно комнату, так что были шансы что их просто хотят припугнуть или скажем в дроне могло быть переговорное устройство и с ними хотели поговорить с применением силы. Такая граната вместо минирования здания или снайпера на крыше это обычно не столько желание нанести вред сколько продемонстрировать свои возможности. А когда пугают обычно есть шанс на переговоры, а вот дергаться уже опасно.
Майкрофт наверное наделся что от них что то хотят, а не просто устроят бум. Ну не угадал, бывает.