Найди лекарство с помощью распределенных вычислений Boinc
Найди лекарство с помощью распределенных вычислений Boinc
О проекте
Проект Find-a-Drug создан и поддерживается Кейтом Дейвисом, руководителем
компании Treweren Consultants. Find-a-Drug имеет английские корни.
Проект использует ПО THINK для распределенных вычислений, созданным тем
же Кейтом Дейвисом. Проект является не коммерческим и преследует
несколько целей: поиск и разработка доступных по цене (!) лекарств от
рака, ВИЧ, респираторных заболеваний и прочих, а так же рекламирование
собственного ПО.
Проектов с схожей целью достаточно, однако Find-a-Drug качественно
отличается от всех, т.к. уже на данный момент имеет конкретные
результаты и исследования в лабораториях.
Другие проекты
Существуют достаточное количество других проектов, но большинство
людей выбирает именно FaD, из-за этических соображений. Зачем тупым перебором
взламывать алгоритм шифрования в distributed.net, если можно помочь
умирающим людям. Так же можно упрекнуть цель самого популярного проекта
- SETI@home, в том, имеет ли смысл искать инопланетян где-то в другой
галактике, если на нашей собственной планете в сутки умирает тысячи
людей от ВИЧ и рака.
Принцип работы
Для начала расчетов клиент скачивает с сервера задание ("Job"), размером
50-100 Кб, которое представляет собой 100 молекул, на основе каждой
клиент генерирует еще 100. Дальше клиент по специальному алгоритму моделирует соединение (в Windows
версии вам покажут каждое соединение в 3D) и пытается связать его с
белком-целью, если связывание прошло успешно, то данная молекула
является предположительным лекарством ("Hit"). Количество хитов
неравномерно, т.е. в одном задание оно может быть 10, в другом свыше
400, в третьем вообще 0. После обработки задания, результаты о найденных
хитах закачиваются обратно на сервер (траффик 30-50 Кб).
Хиты влияют на белки цели, но характер взаимодействия можно установить
только при лабораторных исследованиях. Например, некоторое соединение
действительно позволяет приостановить рост раковых клеток, но при этом
является ядом для человека. Как видно, данный процесс
позволяет облегчить дорогостоящие лабораторные исследования,
убирая гарантированно бесполезные соединения.
Find-a-Drug сотрудничает с несколькими небольшими фармакологическими
компаниями, которые финансируют проект. Характер сотрудничества
следующий - либо полученные хиты с одного проекта, либо уже на основе
лабораторных исследований компании изготавливают лекарства и реализуют
их по конкурентоспособной цене. Т.е. если лекарство попадет в одну
компанию, то оно будет стоить заоблачную цену, как это происходит и
сейчас на эксклюзивные препараты от фармацевтических гигантов.
Все деньги полученные от проекта Find-a-Drug будут направлены на
дальнейшие исследования.
Работа с клиентом
Существует версии под Windows и Linux, по функциональности они
практически схожи, разве что виндовый клиент обладает графическим
интерфейсом и предоставляет возможность просмотреть обрабатываемые
соединения в 3D с помощью OpenGL (очень красиво ;). Клиент можно скачать
с http://findadrug.org.uk/download.
Ферма
В распределенных вычислениях существует такое понятие, как "Ферма".
Например, у вас есть локальная сеть из 20 машин в которой только одна
машина имеет доступ в интернет.
Ферма подразумевает, что инсталлируется только одна копия клиента,
собственно на машину, которая имеет доступ в интернет - "сервер фермы".
Остальные машины пускают клиент с "сервера фермы", следующим образом
\\СЕРВЕР_ФЕРМЫ\ПУТЬ\loader.exe
Дальше server.exe сам распределяет задания между машинами, скачивает
свежие задания, закачивает обработанные результаты. Т.е. в общем понятии
ферма - наш локальный кластер Где нет необходимости следить за всем
парком машин, лишь только за главной. Способность организовывать фермы относится именно к ПО, в данном случае
THINK обладает необходимой функциональностью. В некоторых проектах ПО не
позволяет организовывать фермы, из-за этого уже на 3-х машинах
появляются огромные проблемы...
Статистика
Статистика доступна на http://stats.findadrug.co.uk, в среднем
обновляется раз в 6 часов. Существует несколько видов статистики,
например командная, личная, по странам и прочие. Так же существует
местами удобнее неофициальная статистика (см. ссылку в конце статьи).
Так же в статистике можно просмотреть ваши/чужие сертификаты от проекта
с личной подписью руководителя. Сертификаты выдаются автоматически при
достижении некоторых круглых значений, например, обработал 1.000.000
молекул - получил сертификат, что некий Вася Пупкин исследовал 1.000.000
молекул в проекте в Find-a-Drug. Некоторые особо мощные кранчеры
оклеивают ими стены вместо обоев
Соревновательный элемент
За участие в проекте начисляются очки. Например AMD Thourobred с
реальной частотой 2200 Мгц приносит 210 очков в час,
соответсвенно за 10 часов работы такая машина приносит хозяину 2.100 очков. На рейтинг
влияет только частота процессора, другие характеристики как объем и тип
памяти, частота системной шины и прочее - ни коем образом не влияют.
Далее приведена сводная таблица усредненых рейтингов и процессоров,
полученная участниками "TSC! Russia"
Celeron 333MHz=22
Celeron 'Coppermine-128' 700MHz=70
AthlonXP 'Barton' 2500+=170
AthlonXP 'Barton' 3200+=210
Athlon 750MHz=72
Celeron 2.0@2.9GHz=180
Pentium4 3.2GHz=220
Celeron 'Tualatin' 1.4GHz=131
PentiumIII 700MHz=56
Athlon 850MHz=81
Pentium4 2.4GHz=168
AthlonXP 1800+=154
PentiumII 350MHz=27
PentiumIII 1.0GHz=78
PentiumIII 650MHz=53
Celeron 433MHz=31
PentiumIII-m 1.0GHz=85
PentiumII 450MHz=30
PentiumIII 800MHz=65
PentiumIII 1.3gHz=112
Celeron 2.0GHz=120
В данный момент Find-a-Drug примечателен и тем, что в нем большую роль
играют участники из стран СНГ, а первое место занимает команда из России
("TSC! Russia"). Первое место среди участников занимает наш
соотечественник "Joker!", собственно участник "TSC! Russia"
Для того, что бы вступить в команду необходимо в настройках клиента
(fadsetup.exe) указать "Team Number". У "TSC! Russia" - 2094 . Заметьте,
что команду вы можете поменять в любое время.
Единственное, где мы не первые - это зачет по странам, где USA - первые,
а Россия только вторая... Нам очень нужна ваша помощь, указывайте в
настройках клиента родную страну.
Заключение
Участвовать или нет в распределенных вычислениях - личное дело каждого.
Однако поучаствовав недельку - другую, начинается привыкание и
зависимость Соревновательный элемент - переходит в наркоманию... К
вычислениям начинают подключать не только домашние компьютеры, но и
рабочие, университетские (без ведома администраторов ;), компьютеры
бабушек и дедушек.
