NieR является спин-оффом серии Drakengard, её действие разворачивается на постапокалиптической Земле спустя более чем тысячу лет после мирового катаклизма. Главный герой игры и его спутники пытаются найти лекарство для девушки Ёны, эти поиски сталкивают героев с Тенями — загадочными существами, живущими рядом с людьми