Пол зарплаты⁠⁠

Добрый день!
Заранее призову лигу юристов, хочу вашей мудрости

С 2011 года я работал в своём университете. Был у нас комплекс лабораторий, не учебных, а очень даже научных. Соответственно и я там не чай преподам готовил или пробирки мыл, а гордо занимался наукой. Конечно, пока я был студентом, мне, по первости, давали работать со всякой мелочью. Но со временем, конечно, была уже своя большая лаба (до жопы ей гордился).
Но суть не в этом
Не помню точно дату, но кажется с января 2013 года, человек без вышки не мог работать инженером. Но меня (и ещё пару мозговитых и рукастых) не хотели выгонять из лаб. Во-первых, мы правда были совсем не плохи, во-вторых, студенты много денег и не просят. Да и работал я там более полутора лет.
И было решено так: раз наш контракт всё равно на один год (в декабре, 31го, кончается, а с января подписываем новый), то в январе 2013го года нас устраивают не по трудовому договору, а по гражданско-правовому контракту. Вполне себе законная мера. Налоги за нас платили, копии контрактов есть. Если будущий работодатель усомниться - всегда можно показать. Так что мы и не были против (особенно учитывая, что альтернатива это увольнение).
Теперь, наконец, к сути.
В середине 13го года пишу я заявление на отпуск. Брал всегда весь месяц сразу.
Пишу, что бы мне дали ЕЖЕГОДНЫЙ ОПЛАЧИВАЕМЫЙ ОТПУСК В РАЗМЕРЕ 28 ДНЕЙ
Ну даты там, подписи, всё понятно.

В отпуск ушёл, потом вернулся, и мне платят....ровно пол зарплаты. Бухгалтера развели руками, мол у нас просто табель, иди к руководителю.
Пошёл я к руководителю научно исследовательского сектора. А он, с глазами полными невинности и говорит
"Нууууууу, ты же у нас только с начала года работаешь, мы же вас перевести на другую форму. Поэтому тебе только две недели. А остальное мы тебе за свой счёт отписали"
Побороть эту ситуацию я тогда так и не смог. Да и директор нашего объединения потом мне мимо кассы выплатил почти всю недостачу, понимая, что так не делается.

Ситуация уже стара, и мне просто любопытно, а на сколько законно было меня вот так кинуть тогда?
И даже если действительно мне полагалось только две недели, разве в бухгалтерии не должны были завернуть заявление, как не верное? Ведь не могли же без моего ведома мне дать две недели за свой счёт.
Навеяло постами о работе, долгах, зарплатах.

P.S. пишу с телефона, простите за ошибки, мне неудобно писать.