нет. это разные вещи.
К примеру: Женщина Кошка (DC) антигерой, но не злодей, Красный Колпак в лице Джейсона Тодда (DC) тоже антигерой.
В чём отличие: их мнения часто разнятся с мнением главного героя, но они готовы бороться против настоящих злодеев (типа Джокера, Пингвина и прочих конкретных мудаков).
так антигерой может быть и протагонистом.
Например, "Декстер", "Тетрадь смерти" и другие истории, где главный герой - совершает преступления во имя справедливости, а полиция, которая действует по букве закона, его ловит.
И даже иногда есть случаи, когда злодей - протагонист, которому противостоит герой-антагонист, например,
книги "Парфюмер" и "Американский психопат,
фильмы "Прирождённые убийцы", "Талантливый мистер Рипли"
игры Dungeon Keeper, Overlord, Evil Genius
Надо просто сказать, что протогонист и антогонист - это не добро и зло, а главный персонаж и противопоставленный персонаж.