Контрольная сумма⁠⁠

я не уверен, но мне кажется, это из-за того что платежа на такую маленькую сумму быть не может, и скорее всего не учтен один платеж в расходе, а другой в приходе.
Но я не понимаю, почему они  тогда так уверенны, что не может быть ошибка в сумме платежа. 

Дебет кредит та еще ебала. Скорее всего дело вот в чем. Вбивая данные в базу мы скорее всего ошибемся в последних десятках. Сам по себе знаю, забивая приход в 1с. В итоге когда цирфа расходится на копейки тебе надо перебрать каждую единицу товара а не операцию, коих меньше.
Ведь если ты оишбся в операции/проводке/приходе/расходе, то там цифра будет уже более близка к повседневным и ты ее скорее найдешь опираясь на опыт такой херни. То есть:
Купил на:
1000
3000
5000
Продал на :
2000
6000
У тебя сразу не сходится сумма на полноценный товар, если сравнить разницу, то есть инфа, где искать. Даже логически понять можно.
А когда там появятся копейки и портянки номенклатуры в 1000.... Кол-во товара, это сложнее.
Я не бухалтер, но знакомая хрень

Не знаю как там в фирме, в которой происходит действие, но могу описать как было у меня.

Работал немного в расчётном центре, с БД: приёмка платежей из отдельных таблиц, занесение их в общую БД и прочая в т.ч. Естественно тесно взаимодействовал с самими бухгалтерами, и нередко была весёлая пляска и поиски потерянного.

Так вот. В нашем случае те же 12 копеек не обязательно означало как минимум две ошибки (хотя, что характерно, нередко было именно так), но зато обязательно означало нехилую поеботу.

Если не сошлось на крупную сумму - обычно всё просто. Ищем тупо сумму по базам, смотрим есть или нет. Скорее всего транзакция тупо не записалась (причины, конечно, потом тоже ищутся, но обычно они хотя-бы очевидны), записываем, ура. Нет суммы?! Ищем, например, удвоенную - может записей случайно стало две. В крайнем случае можно поискать в диапазоне. Но в любом случае большие суммы находились весьма быстро, просто потому что регулярность появления каких-то конкретных относительно больших сумм весьма мала (что логично), да и ошибки, как я уже говорил, очевидные.

Но если не хватает каких-то копеек... Ууу~ Логично что никто сами копейки не платит. Значит скорее всего где-то опечатка, или описка у кого-то была. Но где?! От какой суммы искать разницу? Когда (т.е. за какой период)? Это всё неизвестно.

Казалось бы что мешает взять "те" и "эти" данные, да тупо сравнить построчно?! Вот только в бухгалтерию приходят уже готовые суммы, да и собирать данные вместе, приводить их в единый вид было тупо долго и муторно. Да и записей много. Операция хоть и простая по своей сути, но сидеть весь день напрягая сервер тоже плохо. Ещё, например, один раз при переходе с одной системы на другую обнаружилось, что у них по-разному округляются величины. Плюсом как показывает практика эти копейки нередко складываются из более мелких сумм, причём как тех, что "в плюс", так и тех, что "в минус". И всё такое. Сейчас уже не упомню всего.

Извините за сумбурность текста, но может мне Вам хоть как-то что-то удалось пояснить.

возможно, просто где-то в проводках переставлены цифры в сумме. при больших оборотах такие ошибки крайне тяжело искать, глаз "замыливается"