Норы гребнепалого тушканчика, как правило, располагаются на открытых участках песчаной гряды, нередко на подветренной стороне бугров и барханов, причем часто она имеет открытое выходное отверстие, или слегка засыпанное сползающим по склону бархана песком. Ход норы гребнепалого тушканчика имеет до 10 сантиметров в диаметре. Галерея проходит в относительно влажном горизонте песка. Лишь начало хода тушканчику приходится прокладывать в сыпучем поверхностном слое, который в ночное время все же несколько связан так называемой адсорбционной влагой, образующейся из-за резких перепадов суточных температур. Для убежищ гребнепалого тушканчика характерен очень длинный (до полутора метров) выброс. Вход в нору зверек закрывает песчаной пробкой длиной от десяти до сорока сантиметров, В отличие от большинства тушканчиков гребнепалый лишь изредка устраивает запасные выходы. Нора заканчивается гнездовой камерой на глубине одного-двух метров в зависимости от наклона хода по отношению к склону бархана или песчаной гряды. Нора единственное выходное отверстие, через которое зверек прячется в нору и выходит вечером на поверхность как это нами было установлено по следам. Обычно уже в самом начале раскопки жилой норы можно слышать, приложив ухо к песку, характерное постукивание в виде правильно чередующихся двойных ударов, которые производит зверек, пытающийся уйти от преследования вглубь бархана.