У винды изначальные огромные проблемы в системной архитектуре (дизайне), еще со времен когда ее разрабатывали индусы по цене $1 за килограмм кода.
Откуда известно про качество кода? Есть утечки исходного кода Win XP, и там, мягко говоря, все крайне плохо, при том что XP одна из наиболее "удачных" версий.
От туда же огромное количество дыр (и как следствие развитие целой отрасли в виде антивирусов), и сложности дальнейшей разработки. Разработка софта очень схожа со строительством. Если у вас изначально плохой фундамент, то дальнейшее строительство будет очень очень трудно добавлять новые этажи.
Представьте что вы построили небоскреб (WinXP) который всеми правдами и неправдами, но стабилен и стоит. Да кривой, косой, но стоит. Вы не хотите переписывать все с нуля. Вы хотите исправить текущий. Собственно эти попытки и принимает Майкрософт. В новых версиях допиливает, перерабатывает, изменяет этот небоскреб. Некоторые версии получились неплохими (XP, 7, 10), некоторые не очень (Виста, 8). Они движутся в правильном направлении, но это невероятно долгий и дорогой процесс.
С другой стороны, в меня сейчас будут кидать камнями, но Винда на порядок более функциональна чем Юниксы (юниксы стабильнее, проще, логичнее, но менее функциональны) и гораздо более универсальна чем МакОС (которая нормально работает только на продуктах от Эппл, под которые она и разрабатывалась). Можно сколько угодно хейтить Винду и искать в ней недостатки, но это доминирующая пользовательская ОСь, и вряд ли что-то изменится в обозримом будущем.