В 1990-х годах дом с флигелями был приватизирован Инкомбанком, несмотря на действоваший в то время указ № 341 президента Бориса Ельцина, прямо запрещающий приватизацию памятников федерального значения. В 2000 году после банкротства банка усадьбу приобрело ЗАО «Эсида-М», которое через четыре года перепродало её ООО «Карс». Как и при предыдущих частных владельцах, реставрация здания не проводилась. От длительного запустения усадебные строения начали разрушаться, декор фасада осыпался, из-за протекающей крыши началось обрушение перекрытий.

В 2007 году между ООО «Карс» и Мосгорнаследием было заключено соглашение об охране памятника федерального значения, но из-за невыполнения владельцами здания охранных обязательств в 2009 году началось судебное слушание об изъятии дома в федеральную собственность с компенсацией за изъятое имущество. Решение в пользу изъятия было принято в 2011-м. Однако стороны не смогли договориться о размере компенсации, ООО «Карс» подало иск с требованием заключить договор купли-продажи с устраивающей его суммой. Положительное решение по этому иску было принято в 2013 году, однако требуемая сумма была выплачена ответчику Министерством финансов только через два года, после выступления координатора движения «Архнадзор» на Президентском совете по культуре.

В 2016 году Мосгорнаследие издало Приказ об утверждении охранного обязательства владельцев здания, после чего были выполнены и по результатам общественного обсуждения Акта государственной историко-культурной экспертизы согласованы эскизный проект реставрации и проект приспособления ( в т.ч. проект реставрации ограды, входящей в предмет охраны ОКН). Предполагается, что реставрация полностью завершится в 2018 году.