Набор софта для биомедицинского исследователя или какие лицензии требовать у профессора или PI?⁠⁠

Получив свой первый рабочий laptop, и обнаружив в лучшем случае пакет MS Office (если нет Office но ваш университет подписан на сервисы Microsoft Outlook скорее всего офис можно будет установить бесплатно чрез ваш аккаунт), стоит задуматься какой пакет приложений вам понадобится для работы. В зависимости от университета и ваших отношений с завлабораторией, программы нужно либо выпрашивать лицензионные, либо доставать из других источников. При этом нужно быть осторожным, особенно в США, так как за тот же не лицензионный Photoshop на рабочем компьютере можно запросто вылететь с позиции.

Платные

Photoshop – абсолютно незаменим, для работы с изображениями, приготовления фигур в статьях и презентациях. Можно использовать и для научных измерений, например измерения расстояний, калибровке каналов иммунофлуоресцентных фотографий и так далее. Не ведитесь на более дешевую лицензию Photoshop Elements функционал там под науку не заточен. Если за лицензию придется всё-таки раскошеливаться самому постарайтесь получить академическую скидку.

http://www.adobe.com/

Endnote – настолько упрощает работу с цитатами, программа чуть-чуть не очевидна в применении. Но после работы с Endnote вернуться к ручной правке цитат становится просто невозможно. Чуть позже напишу подробно, как им пользоваться. Как и Photoshop можно сильно сэкономить на академической лицензии.

http://endnote.com/

GraphPad Prism 5 – один из лучших, на мой взгляд, пакетов для построения графиков и статистической обработки, позволяет устанавливать статистические связи прямо внутри вашего графика, которые будут изменяться, если изменяется data set. При минимуме усилий создает профессионально выглядящие графики, которые на ура принимают в зарубежных журналах (при соответствующих данных, разумеется). Позволяет экспортировать растровые изображения высокого разрешения, что очень удобно для публикаций. Готовые графики, как правило, либо не требуют доработки вовсе, либо самый минимум в Photoshop.

http://www.graphpad.com/

FlowJo – пожалуй, лучшее приложение для работы с данными для flow cytometry. Понадобится, если только вы работаете с Flow Cytometry. FlowJo открывает практически все форматы данных потоковых цитометров на рынке. Программа требует некоторой сноровки в применении. Несколько позже о ней напишу отдельно.

https://www.flowjo.com/

Бесплатные и условно бесплатные.

Image J – мультитул от Национального Института Здоровья США. Не самая user frendly программа, но позволяет открывать многие форматы файлов, проводить измерения, автоматически подсчитывать объекты на фотографиях и многое другое. Советую использовать вместе Youtube руководствами для решения специфических задач.

https://imagej.nih.gov/ij/

Zen Light – позволяет работать с czi файлами Карл Цейсовских микроскопов. По возможности всегда сохраняйте ваши фотографии в czi так можно потом очень удобно работать с каналами. Проводить измерения размеров и многое другое. При сохранении в tiff очень многие метаданные теряются. Разуется имеет смысл иметь только если в вашей лаборатории или core facility есть микроскопы которые работают с этим форматом.

http://www.zeiss.com/microscopy/us/downloads/zen.html

NIS Viewer – практически, то же самое, что и Zen Light, но для микроскопов Nikon.

https://www.nikoninstruments.com/en_EU/Products/Software/NIS-Elements-Advanced-Research/NIS-Elements-Viewer

Biorad Image Lab – если работаете с любым из хемилюминесцентным или флуоресцентными imager от Biroad. Если есть устройство со Stain Free очень удобно делать автоматическое распознание сигналов и маркеров с автоматической же нормализацией. Если Stain Free нет, то работает достаточно плохо, но нужна, для конвертации изображений в более привычные tiff.

http://www.bio-rad.com/en-us/product/image-lab-software

Notepad++ - для удобной работы с протеиновыми или нуклеотидными сиквенсами. Пригодится так же для очистки текста от форматирования, особенно если копируете фрагменты текста и браузера в Word. Просто скопируйте предложение в Notepad, текст останется, а форматирование пропадает.

https://notepad-plus-plus.org/

Team Viewer – спасет массу времени и нервов, когда какие-то файлы оставались на рабочем компьютере, а нужны они прямо сейчас или наоборот. Очень помогает, когда нужно загрузить статью из университетской сети, а при работе из дома за статью просят деньги, так как адрес не покрыт библиотечной подпиской организации. Для личного пользования программа бесплатная. Тоже следует ознакомиться с правилами безопасности сети университета, в некоторых учреждениях за Team Viewer можно огрести.

https://www.teamviewer.com

Предлагайте ваши варианты и альтернативы в комментариях.