За атакующий стиль езды и ношение банданы болельщики прозвали его Пиратом. Однако его карьера была окружена слухами, после того, как он в 1999 отказался от допинг-теста на Джиро д’Италия. В 2004, в возрасте 34 лет, он умер от передозировки кокаина в гостинице «Le Rose» города Римини. Обстоятельства его смерти, как и обстоятельства его исключения из Джиро 1999 года, до сих пор являются предметом споров.
«Знаете, что помогает мне ускоряться в горах?— Каждый раз я хочу, чтобы эта пытка закончилась как можно быстрее! Я спешу, потому что мои легкие рвутся в клочья, потому что перед глазами стелется туман, потому что мир готов вот-вот исчезнуть в кромешной тьме. Я боюсь смерти, я мчусь от нее что есть сил, но старуха продолжает преследовать. Смерть везде, Чарли, она — мой главный враг, и она гораздо сильнее Индурайна, Ульриха или кого-то еще. Мне не уйти от смерти, потому что ее велосипед безупречен, и ей не нужно восстанавливаться, ведь у смерти нет сердца!»
Имя Пантани было увековечено в названии одного из горных перевалов, внизу которого установлен памятник спортсмену. Ежегодно к этому памятнику приезжают тысячи паломников из числа любителей велоспорта