Ночью 19 сентября 1984 года выполняя задачи боевой службы при прохождении Гибралтарского пролива К-53 столкнулась с сухогрузом "Братство". Преодолев пролив, лодка всплыла на перископную глубину, чтобы затем всплыть на поверхность для проведения сеанса радиосвязи. Около 01:30 корабельного времени (23:30 18 сентября по местному времени) штурман в перископ обнаружил ходовые огни надводного судна, но доложил об этом командиру только через три минуты одновременно с сигналом от гидроакустика об очень сильном шуме гребных винтов. Была отдана команда начать срочное погружение, но уклониться от столкновения не удалось.

В результате К-53 получила повреждения носовой части легкого корпуса, обтекателя средств гидроакустического комплекса, волнорезных щитов торпедных аппаратов и выдвижных устройств. На сухогрузе "Братство" было оторвано 100 м борта начиная от третьего трюма до машинного отделения, потерян стояночный дизель-генератор. Третье отделение и трюм полностью затопило водой. Судно осталось на плаву благодаря наличию зерна в трюме и благоприятным погодным условиям.

Жертв при столкновении удалось избежать. Моряки сухогруза покинули судно и были приняты на борт теплохода "Капитан Медведев". После столкновения К-53 в подводном положении покинула место происшествия, доклад о нём на ЦКП ВМФ был произведён с опозданием на 9 часов. В сопровождении прибывшей на помощь плавмастерской ПМ-24 лодка направилась в тунисский порт Хаммамет, откуда в сопровождении сторожевого корабля "Разительный" своим ходом отправилась к месту базирования для дальнейшего ремонта.

Сухогруз "Братство" был отбуксирован порт Альхесирас, где с него было перегружена остававшаяся неповреждённой часть зерна, а само судно продано на металлолом.
По результатам расследования вина за столкновение была возложена на командира подводной лодки К-53 капитана 2 ранга Юрия Скатова, который "пренебрег мерами предосторожности, выработанными хорошей морской практикой, осуществил безграмотный и необоснованный выбор места и времени всплытия в море Альборан, расположил Курс всплытия поперёк генеральному направлению потока судов в Гибралтарском проливе".

Среди других причин названы низкая организация службы, отсутствие должного взаимодействия членов экипажа, необоснованное назначение и бездействие старшего на борту капитана 1 ранга И.И. Пахомова. Капитан 2 ранга Ю. Скатов был снят с должности, лишился своего поста КОМАНДИР ДИВИЗИИ подводных лодок контр-адмирал В.А. Горев, строгий выговор получил командующий Северным флотом адмирал А.П. Михайловский.

Своё несогласие с официальной версией событий, изложенной выше, выразил капитан сухогруза "Братство" В.Ф. Демченков, (бывший подводник). По его мнению, К-53 в момент столкновения находилась не на перископной глубине, А в НАДводном положении, что следует из характера полученных лодкой и сухогрузом повреждений.