Потенциально опасные штаммы коронавируса распространяются по миру. Британская разновидность, по предварительным данным, в 1,65 раза увеличивает риск смерти. Мутант, обнаруженный в ЮАР, ускользает от антител. Новую линию выявили в Бразилии, еще один вариант — в США. К чему ведет эволюция SARS-CoV-2 ?
Что такое мутация
При репликации вирусного генома часто случаются ошибки, обычно это точечные мутации — замены, перестановки букв генетического кода, удаления. Особенно это характерно для РНК-вирусов, к которым относится и SARS-CoV-2. Для исправления ошибок есть специальные ферменты, но они не всегда успешно срабатывают, так что вирусы постепенно эволюционируют.
В геноме возбудителя COVID-19 зашита информация о белках, отвечающих за репликацию и воздействие на клетки организма-хозяина, а также формирующих вирусную частицу, включая — поверхностный белок-шип. С его помощью вирус цепляется к клетке и проникает внутрь.
Защитная система организма распознает в белке-шипе чужака и вырабатывает особые белки-антитела, нейтрализующие инфекцию. По этой причине многие виды вакцин — векторные, мРНКовые, субъединичные — тренируют иммунитет, имитируя белок-шип. На него настроены и ПЦР-тесты для обнаружения возбудителя.
Изменения белка-шипа могут приводить к ускользанию коронавируса от тестов, сформированного иммунитета и некоторых вакцин. Поэтому исследователи с самого начала эпидемии выборочно секвенировали геном возбудителя, чтобы следить за его эволюцией. Результаты со всего мира загружают в базу GISAID. Сейчас там уже более полумиллиарда образцов.
Первая мутация коронавируса, которая привлекла большое внимание, возникла в начале пандемии в Китае. Это D614G, что расшифровывается как замена в молекуле белка 614-й по счету аминокислоты аспартата (обозначается буквой D) на глицин (G). Предполагали, что именно благодаря этой мутации вариант быстро распространился по всему миру. Но на опасность вируса она не повлияла.
Британский вариант B.1.1.7
Осенью прошлого года ученые зафиксировали возникновение нового мутанта. Произошло это в английском графстве Кент, отсюда и название — кентский, британский. Подскочила заболеваемость, многие страны прекратили сообщение с Соединенным Королевством. Эксперты признали, что этот вариант возбудителя более заразен. Ему присвоили код — VUI-202012/01: он включает аббревиатуру термина Variant Under Investigation (вариант на рассмотрении), а дальше по порядку — год, месяц и номер.
Уже в середине января 2021-го на брифинге в Агентстве здравоохранения Великобритании заявили, что новый вариант доминирует в стране и, по предварительным оценкам, он более опасен. Код изменили на VOC-202012/01, где VOC — Variant of Concern (вариант, вызывающий тревогу).
VOC-202012/01 произошел от D614G и уже сформировал собственную линию — B.1.1.7. Всего в нем 14 мутаций, из которых значимы три — и все в белке-шипе.
Белок-шип (S-белок) очень большой, это цепь из 1273 пептидов, скрученная и перевитая. Его головная часть служит, фигурально выражаясь, отмычкой от замка в клетку человека. За изменениями этой отмычки ученые наблюдают особенно тщательно, поэтому их сразу насторожила мутация N501Y. Всего лишь замена одной аминокислоты на другую — но вирус стал более заразным.
Еще одна мутация — P681H — обнаружена в том месте, где расщепляется белок. Само по себе это расщепление — новация SARS-CoV-2. Считают, что она делает патоген более вирулентным. К чему приведет ее изменение, еще предстоит выяснить.
Третье значимое изменение — делеция 69-70, удаление шести оснований в гене, кодирующем аминокислоты 69 и 70. Как выяснилось, это сбивает с толку некоторые ПЦР-тесты, в частности системы TaqPath фирмы ThermoFisher Scientific — их широко используют в Великобритании. Они дают положительный результат, если в образце обнаружены сразу три следа возбудителя — из белка-шипа, нуклеокапсидного белка (внутренняя оболочка вируса) и неструктурных белков. Делеция 69-70 приходится как раз на тот участок, который анализирует тест, поэтому результат получается ложноотрицательным.
Однако этот "прокол" тест-систем британцы обернули в свою пользу. Поскольку в 99,6 процента случаев ложноотрицательный результат совпадает с делецией 69-70, а она, в свою очередь, служит маркером VOC-202012/01, то по числу тестов можно буквально в реальном времени следить за распространением нового варианта возбудителя. Сейчас он доминирует в Великобритании и быстро идет по миру.
Отслеживая контакты зараженных этой версией коронавируса, ученые выяснили: скорость распространения у нее на 25-40 процентов выше, чем обычно. И риск смерти больше в 1,65 раза, уточняют эксперты из группы по отслеживанию новых вирусных угроз NERVTAG. Впрочем, оценки предварительные, по мере накопления данных их пересмотрят.
© Freunde von GISAID e.V.
Мутации в спайк-белке. Синие — найдены более ста раз, серые — менее ста раз, розовые — в сайтах гликозилирования, желтые — мутации на участке, цепляющемся за мембрану клетки. Зеленая спираль — человеческий рецептор ACE2
Новый мутант из ЮАР
Большинство вариантов коронавируса возникает точечно и быстро вымирает, лишь немногие формируют линии, способные находить новые жертвы. Долгое время ученые не могли сказать, имеет ли какая-то из мутаций эволюционное преимущество, закрепится ли в популяции или исчезнет. Теперь ситуация иная. В ЮАР обнаружили вариант, который содержит три значимые мутации в белке-шипе. Одна из них аналогична британскому N501Y. Вторая — E484K — также расположена в "отмычке". Как показали лабораторные эксперименты, этот мутант легче ускользает от действия нейтрализующих антител плазмы переболевших.
Сейчас южноафриканскую версию — B.1.351 — встречают более чем в двух десятках стран. А точечную мутацию E484K регистрируют в разных вариантах и многих регионах. Вероятно, возбудитель меняется, приспосабливается к растущему коллективному иммунитету.
Довольно живучий — мутант P.1, выделенный в конце прошлого года в Японии у путешественников из Бразилии. У него 17 мутаций, включая три в белке-шипе: K417T, E484K, N501Y. В городе Манаус, где наблюдалась большая вспышка, его нашли в почти половине тестов. Это указывает на повышенную заразность. В январе бразильский вариант обнаружили в США.
На днях пришла новость об еще одном варианте коронавируса, выявленном в Южной Калифорнии — части самого густонаселенного штата США. Его обозначают как 20C/S:452R. Нужно изучить, насколько быстро он распространяется, предупреждают авторы заметки в "Журнале Американской медицинской ассоциации", среди которых эпидемиолог Энтони Фаучи из Центра исследования вакцин. Кроме того, в калифорнийской версии есть мутация L452R в белке-шипе, сообщают эксперты, и это может помешать лечению ковида некоторыми моноклональными антителами.
В чем опасность новых мутантов
О том, что некоторые мутации не случайны, а появились в результате направленного отбора, пишут российские ученые. В январе они опубликовали результаты расшифровки генома коронавируса, выделенного у женщины, болевшей COVID-19 четыре месяца. Из-за онкологии у нее был понижен иммунитет.
За это время вирус эволюционировал в организме и приобрел две важные мутации в белке-шипе: Y453F и делецию 69-70HV. Раньше такую комбинацию находили у зверьков на норочьих фермах. Уже известно, что она усиливает способность вируса к репликации и ускользанию от защитных и некоторых терапевтических антител. Есть вероятность, что такой вариант возбудителя попадет из больного или норочьего организма в общую популяцию.
Татьяна Пичугина.
https://ria.ru/20210218/koronavirus-1597889299.html
Первая заповедь при эпидемии:
лучше промочить горло чем промочить ноги
Я тоже уверен в этой теории. Ибо 100 человек молчат.
Кем? Схуяли?
сегодня взял "больничный без больничного", написал своему терапевту в вотсапе с описанием симптомов, говорю что пока больняк не нужен, просто сижу дома, ни каких процедур больше не надо?
нет, можешь выпить БАД с принципом гомеопатии, горчицей ноги растереть...
тестов нет, ни чего нет. На работе карантин не вводят, хотя половина подобных компаний ушло.
ну вот как то так. Может это и ОРВИ, а может и нет. 92 человека зараженных явно не может быть, они проебали чувака в Думе с Франции вернувшегося, что уж говорить о всех остальных.
думаю что просто не хотят наводить панику. Типа всей страной переболеем, все бабки которые должны получать премию, просто помрут.
15 тысяч под подозрением.
а, сезонным ОРВИ (риновирус) переболел буквально в начале февраля.
а болею оч редко.
и нет разницы, как часто болеешь. Хоть каждый день. С иммунитетом это связано опосредовано: люди со слабым иммунитетом болеют очень часто, люди с нормальным иммунитетом болеют только при контакте с большим количеством патогенных вирусов. Т.е. если не болел 2-3 года (как я, к примеру) - это всего лишь значит, что иммунитет более-менее в норме и не было контакта с вирусами. Любой человек заболеет, если ему подсунуть вирус, на который нет антител. Даже если пару дней назад человек уже переболел ОРВИ.
Прикол в том, что статистика смертности по коронавирусу не учитывает вот таких отлежавшихся дома им больных.
Отсюда получается «ужасающая» смертность 3,5 %
А таких как этот чувак запишут в больных «каким то там орви» и смертность по ним само собой вследствие этого снижается (кол-во больных увеличилось, умерших не изменилось)
И вот именно из-за такой системной ошибки в подсчетах нам со всех СМИ орУт что у гриппа смертность ниже процента, а у корона вируса аж 3,5.
Кручу верчу и т.д.
Основной момент в том, что 20% - это с одной стороны мало, но уже и много. Каждый может оказаться в числе "счастливчиков". Недооценивать вирус тоже не стоит.
Я живу в Бельгии, у меня один из коллег - испанец, и там правда всё очень плохо. Поэтому лучше перестраховаться.
Ещё стоит понимать, что пока смертность учитывается с учётом людей, которым оказывается помощь. При переполнении клиник смертность может возрасти.
Ну давайте рассуждать логически.
Да нам действительно сообщают о нехватке коек и т.п. ужасы.
Да я не могу оспорить официально заявленный процент смертности. Хотя я с ним не согласен (но это пока не имеет отношения к тому что я сейчас хочу сказать).
Вы согласны что ВАЛОВО кол-во людей как заболевших так и умерших от остальных видов ОРВИ на порядок больше? Ну хотя бы в прошлом году. Даже самые скромные цифры нам говорят о 200 тысячах. Количество же заболевших при декларируемом ими же проценте смертности достигает сотен миллионов человек (при чем чем больше они занижают процент смертности от гриппа, тем больше число заболевших получается в итоге. Кол-во то смертей не уменьшить).
Итак зафиксируем:
- коронавирус заболело 160 000 умерло 6500. Коек не хватает. Запомним это!
Теперь возвращаемся в прошлый год (я бы рад сравнить с данными этого, но как я сказал нам в ЭТОМ году особо их не дают) и смотрим на грипп и прочие орви:
Количество заболевших сотни миллионов, количество умерших ОТ 200 000. И млять удивительно, но КОЕК ТО ХВАТАЛО!!!!!!
Вы помните в прошлом году что бы хоть кто то вякнул что коек не хватало?
А в этом вдруг бац и стало не хватать.
Ок, вы скажете, ну не могут же они вот так цинично врать. А я отвечу: а они и не врут цинично, они врут очень изощренно.
Конкретно про койки вам рассказывают про какую либо конкретную больницу в которой действительно коек не хватает, просто вам не говорят о том что речь идёт об одной, двух, да хоть десяти таких больниц, вам просто журналист пол фразы произносит: коек не хватает и точка.
Вот на ТАКОМ принципе и построена вся эта ложь про весь коронавирус.
Само собой он есть и люди действительно гибнут, в ЭТОМ нам навряд ли врут. Врут нам о контексте, нагло его замалчивая. А контекст таков что они может и отличается в худшую сторону от ОРВИ всех типов (средне), но не принципиально.
Это и называется - сеять панику.
И если хотите, в кои то веки в России поступили верно и не стали этим заниматься. Эта игра явно не Российская, как и глобальное потепление.
Согласен, как и умерших от рака, проблем с сердцем и от автокатастроф.
Осложнения от гриппа или других ОРВИ не так часто возникали. 20% для ОРВИ - это крайне много. Конечно, я не врач, но я не слышал ни разу о недостатке аппаратов для ИВЛ, которые сейчас нужны.Я был такого же мнения. И во всех странах, в которых сейчас началась паника, думали так же. К сожалению, моё мнение поменялось. В Испании (где ситуация получше, чем в Италии) больницы переполнены. Я могу уточнить, хотя это не очень этично, т.к. у моего коллеги там все родственники.
Сейчас Бельгия вводит карантин при количестве заболевших чуть больше тысячи.
Поверьте, из европейцев, по менталитету, бельгийцы - одни из самых близких к нам. То есть реально паникуют не так сильно.
Считаю ли я любые меры по усилению карантина сейчас чрезмерными?
Нет. Чем серьёзнее меры - тем слабее последствия. Это уже не шутки. Заболеть может каждый. Каждому может потребоваться аппарат для ИВЛ, которых крайне мало.
Лечения нет (кроме антибиотиков для уменьшения осложнений от обычной бактериальной пневмонии, но от вируса они не помогают никак).
Основной способ излечиться - ждать, пока наш иммунитет справиться с вирусом и поддерживать организм.
Проблема не в том, что люди гибнут, проблема в том, что гибнут люди из-за нехватки врачей, ИВЛ, помощи. Т.е. смертность около 3% - это при достаточном количестве мед.помощи. Без мед.помощи смертность может быть куда выше. Я буду очень рад, если ошибаюсь в этом. Но пока успокоить себя мне нечем.Я очень надеюсь на это. И правда стараюсь верить, что власти знают реальное положение дел. И да, я - путинист, т.е. провластный человек. Просто в данном случае я был бы за введение карантина. Потому что мне небезразлична судьба России и близких мне людей. С другой стороны, я вижу, что хотя бы какие-то меры по уменьшению заболеваемости принимаются (то же самое закрытие границ).
Паниковать никому не советую. Но на период карантина придерживаться рекомендаций хотя бы властей - это минимум, который можно сделать. Своим друзьям я советую общаться лично с другими людьми как можно меньше, и выходить из дома настолько редко, насколько возможно. А уж как я переживаю про более пожилых людей - не передать.
С одной стороны, я бы хотел сам переболеть и понять, что это за вирус на самом деле, с другой стороны, я уже не уверен, что точно попаду в 80% людей, которые обойдутся без мед.помощи (которой не хватает), хотя в целом я здоров. Да и задыхаться очень не хочется, честно. Другие симптомы не так страшны.
Поэтому лучше всего будет переждать. Аккуратно, обдуманно. Месяц-два изоляции не убьют так много людей, как паника и отсутствие свободных медицинских ресурсов.
Посмотрите последний ролик на ютубе Комаровского. ответы на 25 вопросов о коронавирусе. Паники у вас поубавится.
Чихал я на этот вирус.
А такая же история но только с гриппом вас не устроит? Не модно?
а при чём тут грипп?
Конечно не при чем, от него же не 6500 человек умерло а каких-то 200 - 400 тысяч в год.
т.е. до изучения процентов/соотношения вы уже в школе не доучились?
Научился и похоже лучше чем вы.
В этом и прикол, что вас кормят процентами (при чем лживыми), а смотреть надо на количество умерших людей. Этим и только этим определяется опасность.
А про процент я тоже могу вам сказать.
От кого он считается в случае с коронавирусом?
Исключительно от тех кто сделал специфичный анализ.
А ничего что для большинства людей он проходит в форме обычного орви и люди такие просто дома лечатся даже не думая о коронавирусе?
Это так то слова доктора Комаровского. Мне то понятно что вы не поверите.
И вот получается что такие люди уменьшают смертность по обычным орви т.к. их относят к ним. И в это же время увеличивают смертность по коронавирусу т.к. их случаи не идут в счёт излечившегося по нему. (Это как раз то что ВЫ в школе пропустили, база расчёта называется)
Или вы начнёте мне сейчас утверждать что по всей планете нет проблем с диагностикой?
Об этом даже в США было заявлено ВОЗ.
Так что реальная статистика доступная на сегодня человечеству это статистика смертности от ОРВИ всех видов.
Вот и посмотрим как она «увеличится» по результатам года.
Сильно ее изменят это 6500? (А это называется доля в общем явлении, ее вы тоже в школе пропустили)
Ну и к слову о процентах: у ВИЧ он знаааачительно выше. Не вижу паники по этому поводу в прессе.
Общий коэффициент смертности (число зарегистрированных смертей, деленное на число зарегистрированных случаев заболевания) от коронавируса составляет 3-4%. Для сезонного гриппа смертность обычно значительно ниже - 0,1%.
Так что ваши цифры лишь "наклейка" на упаковке информации.
П.С. и от гриппа есть вакцина, в конце-концов, а эти 200-400 тысяч в год происходят совсем не в крупных и "передовых" странах, а в странах "третьего мира".
Откуда вот эти 0,1%? Через неделю полагаю будет уже 0,01%? Я уже не первый раз наблюдаю ретроспективное изменение статистики смертности по гриппу.
И какая разница в каких странах погибли 200 - 400 тысяч человек, если ВСЕГО по миру от коронавируса погибло 6500?
Ну и так на секундочку. Если брать этот ваш 0,1% то при 400 000 погибших это 400 миллионов заболевших. Не многовато для не развитых стран?
Или вы про Китай? В котором на данный момент больных коронавирусом меньше чем в остальных странах?
Вы мне тут пытаетесь рассказать как нечто убившее 6,5 тысяч в десять раз страшнее того что ежегодно убивает сотни тысяч?
При чем, уже сейчас в 2020 году грипп убил намного больше чем каоронавирус. Хоть 0,1% там ставьте, хоть 0,00000000001% но в абсолютных цифрах грипп во много раз больше смертелен для человечества чем этот ваш супер смертельный коронавирус.
Откуда вот эти 0,1%?
это округлённые данные, 0,03 во время "средненькой такой эпидемии", 0,14 при "ахуеть какой злой эпидемии", вы вольны взять числа и пересчитать - числа имеются в свободном доступе, нет, искать вам не буду, я заебался каждого "умника" в них тыкать, пока сами не найдут всё равно не поверят:/
Да срать, даже при этих ваших 0,1 200 000 умерших никуда не денутся. И это минимальная на сегодня валовая оценка. Так то и 650 000 встречается.
И как вы можете утверждать что 6500 круче этих 200-т?
Вы по существу можете анализировать информацию или нужно кричать и орать "онетмывсеумрем"? Где пруфы, Билли? Откуда у вас статистика по смертности за 2020, когда её за 2019 еще не обнародовал росстат?
Я вам информацию из открытых источников, вы мне белиберду о том, что вода мокрая, а камень твердый.
От гриппа есть вакцины и его смертность и заболеваемость с каждым годом стремительно уменьшается.
В России, например, в среднем 450 человек в год (за последние 3 года) умирает от осложнений из-за гриппа, на более миллиона\год заболевших! - это 0.04%.
Если интересна иная информация по статистике смертности и заболеваемости, то гугл в помощь.
И вот вам пруф от ВОЗ:
«По всему миру около 3,4% от зарегистрированных случаев COVID-19 привело к летальному исходу. Для сравнения, сезонный грипп обычно убивает меньше чем 1% инфицированных»
Подробнее на РБК:
https://www.rbc.ru/rbcfreenews/5e5e9fc19a79474e88d1a5db
Откуда у вас статистика по 2020 году?
Так то это и есть мой ВАМ вопрос.
Как вы можете говорить о том что коронавирус на порядок опаснее не имея данных о смертности от других орви?
Ещё раз, судя по предыдущим годам, на данный момент от всех видов орви померло около ста тысяч человек. Но об этом ни слова от СМИ, мы обсуждаем 6,5 тысяч.
Вот это и есть такая форма лжи: развернуть внимание к вопросу менее значимому и твердить что он и есть центр вселенной.
Что же вы, аки еврей, вопрос разворачиваете? Ответа не имеете? Вы же заявили, цитирию, - "При чем, уже сейчас в 2020 году грипп убил намного больше чем каоронавирус."
Я же в свою очередь в скобках уточнил, что данные за последние три года, в среднем, да и вообще говорил исключительно о России.
О чем толково говорить с вами, коль и официальных лиц из ВОЗ вы не слушаете?
До сих пор ни одного пруфа на свое болобольство не предоставили. Ясно все с вами.
Если вы внимательно прочитаете все что я пишу, то поймёте что мое несогласие сводится к однобокому освещению этого процесса.
И в огромном перегибе в сторону явления менее опасного.
На нас валят ежедневно кучу информации по коронавирусу и совсем не дают информации по остальным орви.
Люди бегают в панике боясь умереть от коронавируса, а между тем во все времена риск умереть от любого орви у них был есть и будет значительно больше. Но об этом никто не говорит, никаких голивудских звёзд не показывает.
Что это если не пропаганда?
Ну и я ВООБЩЕ о России ни разу не говорил.
Описываю ситуацию в целом по планете.
Глупо отрицать, что идёт массовое нагнетание в СМИ этого вопроса.