Молекулярный редактор⁠⁠

Шикарный молекулярный редактор с кучей настроек. Да, англоязычный, но это не проблема.

Можно не только нарисовать сложную молекулу в 2D, но и увидеть ее пространственную структуру в 3D (можно повертеть и так и сяк).

Можно отобразить дипольные моменты, Ван-дер-Ваальсовы сферы, заряды, распределение электронных облаков (визуально как прозрачных, так и непрозрачных), сменить стили прорисовки в 3D и так далее.

http://molview.org