Интересное о ДНК

Можно ли отличить близнецов по ДНК? А составить портрет преступника? Найти дальних родственников?

Интересное о ДНК Биология, Генетика, Биотехнологии, ДНК, Наука, Длиннопост, Фонд эволюция, Гены

Оборудование для чтения генома становится все изящней и совершенней. Например, маленькое устройство, подключенное к ноутбуку на фотографии – это секвенатор третьего поколения, нанопоровый MinION, способный прочитать до 2 млн нуклеотидов за один проход. А как это можно применить, например, в криминалистике?


Однояйцевые близнецы развиваются из одной клетки, разделенной пополам, и изначальный набор генов у них был одинаков. Но в ДНК происходят мутации еще с самых первых дней зародыша, и продолжаются всю жизнь. Полногеномное сканирование может выявить отличия всего в несколько нуклеотидов! Так можно выявить преступника. Правда, в случае установления отцовства это не поможет)


Чтобы иметь возможность составить портрет по ДНК, нужно собрать огромные массивы данных. Геном не сканируется полностью в каждом случае, лишь анализируются характерные кусочки и сопоставляются с внешними признаками. Есть сложность: для каждой популяции надо создавать свою базу. В итоге можно определить пол, цвет кожи, предположить рост и склонность к полноте, примерный возраст и генетические заболевания. Для черт лица пока что есть лишь вероятность в процентах. Но какие-то признаки могут быть «точно не»: не карие глаза и не вьющиеся волосы, к примеру. В США с помощью этой технологии уже удавалось найти преступников. В странах СНГ с 2017г. тоже работает аналогичный проект «ДНК-идентификация».


Генетика помогает не только криминалистике, но и истории. Y-хромосома, в отличие от других, почти неизменная передается по мужской линии. Исключение – совсем небольшие участки, где происходит обмен, и точечные мутации, которые накапливаются из поколения в поколение. С ее помощью можно отследить родственные связи аж на несколько тысячелетий! А общие характерные признаки (гаплотип) могут рассказать, какой группе принадлежит эта хромосома – европейцы, африканцы, азиаты… Правда, если чей-то забытый прапрапрадедушка приехал издалека, его потомков будет ждать сюрприз) Но в областях, где народ жил обособленно на протяжении долгого времени, может сформироваться свой уникальный гаплотип. Это помогло в 2011 г. узнать имя террориста-смертника, взорвавшего бомбу в Домодедово.


А что у нас по женской линии? А по ней есть митохондрии – энергетические станции клетки, имеющие свой небольшой геном (около 16 тысяч нуклеотидов, в отличие от ядерного генома, в котором около 3 млрд). В большинстве случаев они все передаются от матери вместе с яйцеклеткой. Таким образом, родственные связи по женской линии тоже можно отследить.


Данная статья представляет собой краткий обзор книги Е.В. Клещенко "ДНК и ее человек", 2019г. Уточнение по наследованию митохондий: в 2018 г. был установлен факт возможности их наследования от обоих родителей в редких случаях: https://www.pnas.org/content/115/51/13039

Наука | Научпоп

7.7K постов78.5K подписчиков

Добавить пост

Правила сообщества

Основные условия публикации

- Посты должны иметь отношение к науке, актуальным открытиям или жизни научного сообщества и содержать ссылки на авторитетный источник.

- Посты должны по возможности избегать кликбейта и броских фраз, вводящих в заблуждение.

- Научные статьи должны сопровождаться описанием исследования, доступным на популярном уровне. Слишком профессиональный материал может быть отклонён.

- Видеоматериалы должны иметь описание.

- Названия должны отражать суть исследования.

- Если пост содержит материал, оригинал которого написан или снят на иностранном языке, русская версия должна содержать все основные положения.


Не принимаются к публикации

- Точные или урезанные копии журнальных и газетных статей. Посты о последних достижениях науки должны содержать ваш разъясняющий комментарий или представлять обзоры нескольких статей.

- Юмористические посты, представляющие также точные и урезанные копии из популярных источников, цитаты сборников. Научный юмор приветствуется, но должен публиковаться большими порциями, а не набивать рейтинг единичными цитатами огромного сборника.

- Посты с вопросами околонаучного, но базового уровня, просьбы о помощи в решении задач и проведении исследований отправляются в общую ленту. По возможности модерация сообщества даст свой ответ.


Наказывается баном

- Оскорбления, выраженные лично пользователю или категории пользователей.

- Попытки использовать сообщество для рекламы.

- Фальсификация фактов.

- Многократные попытки публикации материалов, не удовлетворяющих правилам.

- Троллинг, флейм.

- Нарушение правил сайта в целом.


Окончательное решение по соответствию поста или комментария правилам принимается модерацией сообщества. Просьбы о разбане и жалобы на модерацию принимает администратор сообщества. Жалобы на администратора принимает @SupportComunity и общество Пикабу.

Вы смотрите срез комментариев. Показать все
11
Автор поста оценил этот комментарий
Да, работала с таким. Удобная штука, но пока дороговато конечно. Съёмный картридж на него стоит 1000 долларов и он одноразовый! Хотя если сравнивать сколько раньше стоило секвенирование, то уже все стало гораздо дешевле
раскрыть ветку (21)
5
Автор поста оценил этот комментарий

Большое спасибо за коммент, а то я уже хотел на алиэкспрессе что-то подобное искать чтобы дома поиграться

раскрыть ветку (8)
2
Автор поста оценил этот комментарий

К сожалению не помню название, но продавались в СШП наборы для школьников для выделения днк. В этом же наборе можно было проамплифицировать ген (в комплекте была миниПЦРня и праймеры) и сделать электрофорез (агароза и камера была тоже в комплекте) разумеется с интсрукциями for dummies и объяснениями. Стоило около 2к$, но не могу найти ссылку :(

раскрыть ветку (2)
Автор поста оценил этот комментарий
Про набор юного химика знаю, но чтобы такое... Не слышала
1
Автор поста оценил этот комментарий
Мне Яндекс стал тулить аппараты для УЗИ под USB. Надоело закрывать эту рекламу, думаю, так, ладно, если дешевле $200 то может и куплю поиграться.
в общем, там пока от $10000 ценник за нормальную модель.
1
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий
Ну так купи 15кк деревом, и по 60к за картридж, фигня.
раскрыть ветку (3)
2
Автор поста оценил этот комментарий

Не так всё просто. Ещё нужно ДНК выделить, почистить. (=условия создать, ламинары, реактивы, форез чтоб посмотреть чистоту)

Если хочешь посмотреть конкретный ген, то нужно заказать праймеры (ещё правильно их написать), поставить пцр. Помимо реактивов, опять таки, нужны условия.

раскрыть ветку (2)
2
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий
Т.е. пцр лаба с оборудованием и практикантками?
раскрыть ветку (1)
Автор поста оценил этот комментарий

Ага, бакалявры вполне сойдут ;)

1
Автор поста оценил этот комментарий

Ну одноразовый он весьма условно :)

Пока не дегредируют поры вполне можно использовать. 2 бактерии с покртыем 140х делали и по остаточному принципу что-то ещё там собирали, но уже не мы (говорят собрали ещё сколько-то данных)

Ну и в скайджине 1 ячейка сейчас 90к₽ стоит, расходники дорогие (всякие растворы для лигирования) - суммарно starter pack с 3 ячейками, самим миниином, набором расходки и MinIT (комп за 300к, включен в общую стоимость) вышел в 1.1кк₽

В нашем случае это минимум 6 бактерий



Вот точность пока хромает, без иллюмины пока полногеномую сборку делать опасно. Но говорят новая версия реактивов повышает точность на ~0.5%, мб и доберётся миниион по точности до иллюмины когда-нибудь :)


Хотя типы ошибок у них разные, всё таки идеально совмещать их, сегодня это, имхо, лучший тандем (хотя с пакбио не работал, может он лучше таки)

раскрыть ветку (6)
Автор поста оценил этот комментарий
Лучше так не делать. Даже во время транспортировки очень большое количество пор погибает. Если погибло больше половины, то с таким картриджем лучше не работать.
По идее, изготовитель возвращает деньги, если меньше половины пор погибли... НО только если вы работаете в Европе или Америке. А в России уже никто деньги не возвращает
Автор поста оценил этот комментарий
Из группы Лапидус или института биоинформатики? Думаем сами над тем, чтобы провести полногегомную сборку амёбы (порядка 200 мегабаз) с экзоном, но финансирования под такое ещё нет.
раскрыть ветку (1)
Автор поста оценил этот комментарий

Казань, кфу :)

Ну 200 мегабаз наверно да, в таком случае ячейка точно одноразовая)


А сделать на стороне? В нашем случае 1 образец стоит порядка 100к по знакомству и 350к прайс для исследовательских работ. Если 1 прогон то вполне хватает даже умника. А иллюмина так вообще 10-15к стоит. (Хотя, наверно, может и 2-й прогон понадобится, все таки в 100 раз больше, чем наши геномы :D)


Но это если без пост-обработки данных, просто риды fastq, без тримминга и фильтрации по качеству. если чтоб собрали ещё тогда спокойно х5 ценник для минииона и х50 для иллюмины

Автор поста оценил этот комментарий

сколько же денег криминалистам так каждый раз приходится на один анализ днк преступника тратить?

раскрыть ветку (2)
1
Автор поста оценил этот комментарий
Возможно секвенированием по Сенгеру. Это самый первый вид секвенирования и на данный момент все равно самый точный
1
Автор поста оценил этот комментарий

Они пользуются другими способами, более старыми (так как их надо ведь ещё валидировать) и дёшевыми (поток всё таки). Пост пару недель назад был, про методы криминалистов, думаю если загуглите то найдёте :)

1
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий
А на сколько 1 картриджа хватает? На 1 исмледование 1 образца?
1
Автор поста оценил этот комментарий

А какими китами пользовались?

раскрыть ветку (1)
Автор поста оценил этот комментарий
К сожалению я не помню, так как мне давали готовое все для обучения
Автор поста оценил этот комментарий

у меня вопрос , я давно очень, лет 10 назад как то пыталась узнать к какой все же национальности у меня больше принадлежность и мне сказали, ну вот у тебя родной брат, лучше он пусть днк пусть сдаст на анализ.

только дело в том что мы совсем не похожи, как будто от разных родителей и я хотя бы на отца похожа, а он на тетю))), т.е. мама и ее сестра тоже совсем разные внешне.

у нас в семье почему то все сыновья похожи на сестер матери или брата.

что там с днк  происходит?))

раскрыть ветку (1)
Автор поста оценил этот комментарий
Рандом😅. Не знаю...
Вы смотрите срез комментариев. Чтобы написать комментарий, перейдите к общему списку