А красный горел уже 3 секунды...⁠⁠

> еще раз: уступать только тем, у кого есть приоритет.

Вы ошибаетесь. Ещё раз: "уступить дорогу транспортным средствам, движущимся со встречного направления прямо или направо." Никаких ссылок на сигналы светофора тут нет.

Видимо потому что нарушение 6.13 не повлекло бы за собой ДТП, если бы поворачивающий выполнил требование 13.4 уступить дорогу проезжающим перекресток прямо. Логика примерно следующая - если поворачивающий не соблюдает 13.4, то ДТП произойдет вне зависимости от того, на какой цвет едет движущийся прямо.

Кроме того, есть пункт 6.14, в отдельных случаях разрешающий продолжать движение на желтый. Экстренное торможение с 60 км/ч при идеальных условиях (чистый сухой асфальт, хорошая резина, хорошие тормоза) - более 20 метров (формула отсюда http://vodi.su/tormoznoy-put/). Плюс какое-то время на реакцию водителя (не все светофоры мигают зеленым или оснащены таймером, желтый может включиться внезапно), плюс условия отличающиеся от идеальных, мы можем получить остановочный путь свыше 40 метров при экстренном торможении. При не экстренном - еще больше. Так что если за 50 метров до перекрестка включится желтый, автомобиль преодолеет это расстояние за 3 секунды, и выедет на перекресток как раз под включающийся красный.

В общем, ситуации могут быть разные, в том числе - асинхронный светофор, когда Вам уже красный, а встречке еще зеленый, и неисправный светофор. В этих случаях избежание ДТП целиком и полностью будет зависеть от соблюдения поворачивающим требований 13.4.