krasbraf

пикабушник
поставил 56163 плюса и 4233 минуса
отредактировал 0 постов
проголосовал за 0 редактирований
107К рейтинг 53 подписчика 8288 комментариев 7 постов 4 в "горячем"
1188

ДНК-тест - взгляд через пробирку.

В настоящее время на Пикабу наблюдается некие фазовые колебания, связанные с темой разрушительного воздействия на судьбы блюдей такой скромной лабораторной услуги, как ДНК-тест “на отцовство”. В связи с этим возникла мысль углубиться в техническую сторону вопроса, и попытаться простым языком объяснить что же это за тест и с чем его едят. Итак, поехали - да пребудет со мной дух Якова Перельмана!


С древних времен было известно, что ребёнку передаётся часть признаков каждого родителя, поэтому у приглашённой на крестины родни возникали - иногда обоснованные, иногда не очень вопросы “в кого это он так?”


“У волка родился волчонок. Он его укачивает:

- Спи малыш, спи, мой серенький!

- А чьи у тебя глазки? Мамины. А чьи у тебя зубки? Папины. А чьи у тебя ушки?... Ну заяц, погоди!” (анекдот)


Позднее официальная научная общественность постановила, что “во всём виноваты гены” и понеслось… В каждой человеческой клетке на физический носитель в виде ДНК записана информация - половина информационного массива пришла от мамы, половина от папы.


Информация записана четверичным кодом в виде последовательностей нуклеотидов 4-х видов. В коде как прямые инструкции как синтезировать тот или иной белок или РНК (гены), так и ремарки разработчика, битый код, куски вирусных программ итд.


Если не касаться половых хромосом, информация от папы и информация от мамы в общем-то дублирует друг друга - вот ген цвета глаз от папы, а вот версия аналогичного от мамы, они могут выпасть абсолютно одинаковые, могут отличаться и, взаимодействуя давать тот или иной цвет глаз (картинка ниже имеет больше декоративный характер).

ДНК-тест - взгляд через пробирку. Днк-Тест, Лаборатория, Длиннопост, Длиннотекст

Великое эволюционное разнообразие генов, накопленное и заботливо сохраняющееся из поколения в поколение, делает каждого из нас уникальным на генетическом уровне. Варианты одного гена, отвечающего у разных людей за один и тот же признак называются аллелями.


Со временем, научившись в этих своих лабораториях анализировать что за код несёт ДНК индивидов вида хомо сапиенс, учёные поставили вопрос о возможности выяснения родства более объективными, чем традиционные индийские методики способами.

ДНК-тест - взгляд через пробирку. Днк-Тест, Лаборатория, Длиннопост, Длиннотекст
Теория проста и понятна - надо найти уникальную пару генов, имеющихся у отца и не встречающихся больше ни у кого на Земле. Вот прямо так: есть, предположим, варианты гена, отвечающего за выпадение тридцатого волоска на левой ноге ровно на двадцатилетие (не важно за что отвечает ген, главное уникальность его кода, который мы сможем “прочитать” в лаборатории) и у всех людей на Земле есть только вариант Й. Только у предполагаемого дедушки варианты ХЙ, у предполагаемой бабушки - УЙ, у предполагаемого отца выпало ХУ (дедушку с бабушкой я тут привёл просто для полноты картины). Соответственно, если у ребёнка найдётся любой из генов Х или У, то понятно, что его отцом является уникальный мужчина с генотипом ХУ (дедушку для чистоты мысленного эксперимента сделаем к моменту зачатия ребёнка бесплодным, и бабушку заодно).


Стоит ли говорить, что описанная мной фантазия про “уникальный вариант какого-либо гена” - чистой воды безумие и ничего такого на практике мы не увидим. Кроме того, хоть и интересует зачастую нас только “отцовство”, так как проблема с определением “кто мать ребёнка?” возникает на порядок реже, но хорошо бы было и для матери найти такие “уникальные варианты” какого-либо гена.


На помощь могут прийти гены, имеющие несколько вариантов “в-ассортименте”. Вспомним хотя-бы теорию наследования группы крови - Три распространённых варианта генов в ассортименте - A, B и 0 (ноль) дают, комбинируясь, четыре вида групп крови.

ДНК-тест - взгляд через пробирку. Днк-Тест, Лаборатория, Длиннопост, Длиннотекст

В связи с этим возникают подозрения, если у пары с группами крови А (генотип у каждого супруга AA или A0), родился ребёнок с группой АВ (откуда ген B взялся, если у “отца” его нет?!). Думаю понятно, что если любовник жены тоже с группой крови, например, А, АВ, или 0 то может получиться ребёнок с группой крови, не вызывающей подозрений.


Есть гены с огромным “ассортиментом” вариантов. Например - гены главного комплекса гистосовместимости, которые так любят исследовать трансплантологи в надежде подобрать б/у запчасть для своего пациента.

Шесть видов генов HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-DR, HLA-DQ, HLA-DP

ДНК-тест - взгляд через пробирку. Днк-Тест, Лаборатория, Длиннопост, Длиннотекст

N.b! шесть именно отдельных генов, несмотря на одинаковое начало их названия - и каждый имеет десятки вариантов (аллелей), по два варианта каждого гена есть у каждого из нас. Чистая теория вероятности с учётом распространённости разных аллелей генов даёт нам уже приличную вероятность 99,99%, или около того, что именно тот мужчина, половина вариантов генов главного комплекса гистосовместимости которого присутствует в ребёнке, является его отцом. Однако данный метод именно для установления отцовства, не прижился...

ДНК-тест - взгляд через пробирку. Днк-Тест, Лаборатория, Длиннопост, Длиннотекст

Более прост технически и дёшев метод, получивший название Анализ Длинны Малых Тандемных повторов (STR) ДНК. Не переживайте читатели - почерпнутая ранее информация пригодится нам и тут, дело в том, что эти самые малые тандемные повторы ДНК наследуются по тому же принципу, что мы рассмотрели выше.


Эти самые тандемные повторы не являются отдельными генами - это отдельные фрагменты генетического кода, разбросанные по всем хромосомам, появившиеся, очевидно, когда Великий Программист падал лицом на клавиатуру в изнеможении.


Выглядят они, например, так: TTATTATTATTATTATTATTATTATTA, или так: AGAGAGAGAGAGAGAGAGA - повторяющиеся мотивы, в подавляющем большинстве случаев не несущие смыслового кода, что самое главное - у разных людей могут иметь разную длину. И эту длину можно измерить. Выделяем и умножаем интересующий нас фрагмент ДНК методом ПЦР, делаем электрофорез в капиллярах специального прибора и он нам показывает длину с точностью практически до одной буквы. Получаем такую вот картинку: Для примера проанализированы два STR-маркера D10S1248 и D16S538 - видно, что у данного человека есть два варианта первого маркера - длинной 14 и 16 (один от мамы, один от папы - напоминаю), и два варианта второго - длинной 9 и 11.

ДНК-тест - взгляд через пробирку. Днк-Тест, Лаборатория, Длиннопост, Длиннотекст

Теоретически может выдать один пик, что означает присутствие STR-маркера одинаковой длины на обеих гомологичных хромосомах.


Как уже было сказано - такие повторяющиеся высоковариабельные последовательности - STR-маркеры, встречаются в изобилии по всему геному, поэтому не составляет труда подобрать 12 -19 таких. Зная частоту встречаемости разных вариантов этих маркеров в  популяции можно выдать один из двух вариантов теста “на отцовство” - “отцовство гражданина А в отношении Б исключено” или “Гражданин В является отцом Г с вероятностью….” Насчёт вероятности - она расчитывается исходя из популяционных данных, и насколько я знаю, отдельно для каждого случая, но я уверяю, что обычно для таких тестов вероятность, что В не отец Г….

ДНК-тест - взгляд через пробирку. Днк-Тест, Лаборатория, Длиннопост, Длиннотекст

Вот пример анализа с заключением. Если хотите - можете поискать какие варианты каждого из STR-маркеров передались ребёнку от мамы, а какие от папы). Всё что есть у ребёнка - есть у одного из (предполагаемых) родителей. Одна цифра в графе обозначает наличие двух аллелей одинаковой длины.

ДНК-тест - взгляд через пробирку. Днк-Тест, Лаборатория, Длиннопост, Длиннотекст

В общем то, пост не претендует ни на на всестороннее раскрытие темы анализа родства по ДНК-тесту, ни на альтернативное использование этих же методов для других целей.


Да, забыл добавить - для выделения ДНК и анализа подойдёт любая часть тела, имеющая ядросодержащие клетки - кровь, соскоб с щеки, выбитые потенциальным тестем  зубы.

Показать полностью 8
2825

Как мне машину заблокировали

Всё началось с моего комментария в одной из тем

"Я через 112 решил проблему с чудаком, который заблокировал мою машину во дворе. Процесс от набора номера до получения нужной информации занял минуты 2. Если интересно, могу запилить пост"

Последовал ответ

Конечно, делайте пост. Позитивных мнений должно быть больше

(спасибо @certero), собственно постом хочу выдать несколько квантов позитива в окружающую нас ноосферу.

Так же на личном примере хочу рассказать об опыте (позитивном) общении с ГИБДД.

Итак. Однажды зимним утром я выхожу в подмосковный двор и вижу, что мою машину "заперли". Дело житейское, возможно человек приехал поздно ночью, поставил машину на дороге перед носом моей и ушёл, еле живой от усталости, домой - высыпаться. Сзади моей машины огромный обледенелый сугроб, по бокам - другие машины. "Коробочка", короче, и внутри коробочки моя машина.

Осмотр авто показал отсутствие каких либо признаков номера телефона или других способов связаться с владельцем. Нежное попинывание по колёсам, покачивание, покусывание за бампер  выдали отсутствие сигнализации. Что делать? Советы из интернета гласят "вызывайте эвакуатор, переставляйте машину в другой двор - пущай падла помучается", или советы про пшено и голубей. Но это не наш метод, мы же законопослушные и вежливые граждане, не так ли? Поэтому применяем другой совет - звоним в ГИБДД.

Следует отметить - время действия - воскресенье. Ребят из ГИБДД беспокоить жутко неудобно, повод кажется смешным, однако проблема решилась очень просто. По номеру 112 просим оператора связаться с ГИБДД, уточнив в каком городе мы находимся. Дежурному в ГИБДД, снявшему трубку, рассказываем о проблеме коротко и по делу: "заперли машину", связаться с хозяином не могу. В ответ на просьбу дежурного говорим номер заблокировавшей машины, почти мнгновенно дежурный уточнив модель и цвет, сообщает, что номера мобильного телефона владельца в базе нет, однако зарегестрирован он в том самом доме, во дворе которого и попала в плен моя машина. Узнав адрес и поблагодарив дежурного, бодренько бегу к домофону и вызываю владельца машины. Хэппи энд.


Желаю всем позитивных моментов общения с ГИБДД

Как мне машину заблокировали ГИБДД, Парковка

Чем глубже изучаешь мозг, тем больше возникает вопросов. Истории успеха, достойные «Горячего» на Пикабу #3

Чем глубже изучаешь мозг, тем больше возникает вопросов. Истории успеха, достойные «Горячего» на Пикабу #3

Вячеслав Лебедев – сотрудник и аспирант МГУ им. М.В. Ломоносова. При знакомстве с трудами нейроученых понял, что мозг – целая вселенная внутри человека, и при более глубоком его изучении возникает еще больше вопросов. Вячеслав создал центр нейрофизиологической немедикаментозной помощи детям NeuroFuture, где уже несколько лет занимается развитием внимания и концентрации у детей.


Такие истории успеха вдохновляют, заставляют искать профессию мечты и посвящать свою жизнь тому, что любишь.

Отличная работа, все прочитано!